1937年9月參加革命,同年加入中國共產黨。
抗日戰爭和解放戰爭時期曾任甘寧邊區魯迅師範學校教務主任,陝甘寧邊區教育廳編審室副主
任、陝甘寧邊區黃龍分區地委、大荔地委宣傳部長等職。
解放後, 歷任西北人民革命大學第一部主任, 新疆教育廳副廳長、黨組書記, 國家教育部機關報《教師報》總編輯, 國家教育部高教一司司長, 中山大學黨委第二書記、副校長;南師範大學黨委書記、校長等職。
1982年, 馬肖雲同志積極回響中央號召, 退居二線, 擔任華南師範大學顧問。
1985年, 馬肖雲同志離休後, 擔任廣東省高等教育學會第一屆理事會名譽會長, 並
完成體現祝的教育思想的專著《中國封建主義革命論稿》一書。
1992年8月31日在廣州逝世,享年88歲。

