全真上人常說：『很感恩靈師師祖伽藍菩薩的啟蒙，若沒有伽藍大菩薩的叫醒，今日仍然還在為自己的事業打拚。』在靈性相會之初，伽藍菩薩開示上人：「人生有二條路讓你選擇，一是凡業，多事多勞多煩心，一是道業，說法度眾，成就聖事。」全真上人在伽藍菩薩多次提點下，選擇荷擔如來聖業，才有今日玄空法寺之創立。伽藍菩薩真是佛教的大護法，為了護持佛法及度化眾生而顯神威並現各種菩薩身。玄空法寺的起源地～金朝陽宮，現今仍矗立在本寺北邊，同修大德感念關聖帝君忠孝節義和慈悲濟世的精神，而信徒也常感應到師祖之慈威，所以每到該寺必定前往金朝陽宮禮佛參拜。
民國七十七年農曆叄月初，有善信大德虔誠至台北行天宮請求關聖恩主分靈至楠西供奉，遂搭建木屋叄間，裝設佛堂，即今之金朝陽宮舊址也。供奉金佛字匾一幅 關聖恩主 觀世音菩薩。關聖恩主聖示名為「金朝陽宮」，並明示修行宗旨「以忠孝節義教化眾生，明心見性，返本修元;以大慈大悲廣度有緣，傳佛法燈，永歸佛乘。」民國七十九年農曆四月十七日，天公爐安座，成立管理委員會。自此，該寺成為十方眾生共修及救世度生的道場。而天公爐安座後，金佛字匾陸續示現八個金法輪及無數指印。
民國八十年農曆四月叄日，關聖恩主聖示『叄山繞宮前，五嶽左右分，朝陽集聖靈，轉性來完命，共修極樂行，有事宮前稟，可比奏天庭。』對於本寺之地理、位置、任務、定位有明確的聖示。民國八十一年農曆二月六日舉行新建佛堂安座大典(該寺北邊之金朝陽宮舊址)，由上人親自主持安座，典禮氣氛莊嚴肅穆，在眾多信徒觀禮中，歷經一小時圓滿完成，從此該寺進入另一個修持的新紀元。
全真上人倒駕慈航，演說「玄空般若妙法」度化眾生之因緣時機已成熟，在管理委員會積極規劃下，克服土地變更程式及相關問題，在道場旁購得近二公頃土地，做為興建玄空法寺之建地，提供日後眾同修修行「玄空法門」之道場。於九十一年叄月起陸續完成先期工程，包括明聖亭、心經亭、金剛亭、奇石景觀造建及四大天王殿，同年叄月叄十一日觀世音菩薩聖誕日舉行「玄空法寺」奠基動土典禮，「玄空法寺」之興建為道場開啟了另一新的里程碑。而九十一年伽藍菩薩聖誕日舉行「佛心印聖石」揭幕大典，增添了「玄空法寺」獨樹一格的面貌。「佛心印聖石」重約一五○噸，經叄天叄夜由東部花蓮運回本寺，倍極艱辛。上刻大佛字及心經全文，勉勵世人「佛即是心，心即是佛，佛心相印，功德圓滿」。「佛心印聖石」乃為本寺鎮寺之寶，具有無量無邊金剛智慧之妙喻。
楠西玄空法寺
