雲南航空公司主營國內、國際(地區)航空運輸業務，航空器維修業務，航空公司間的代理業務，兼營宣傳廣告，航空快件傳遞，以及與航空運輸有關的服務及地面設備維修業務。雲南航空公司機隊從成立之初擁有4架波音737飛機發展到曾經擁有20餘架飛機，其中17架波音737，3架波音767。開闢國內、國際航線70餘條。1998年完成總周轉量3.5億噸公里，旅客運輸量331萬人次，貨運量7.3萬噸。
雲南航空公司於2002年10月11日與中國東方航空集團公司聯合重組，成為中國東方航空集團公司下屬航空運輸企業，改組中國東方航空雲南分公司。2005年6月完成主業資產注入中國東方航空股份有限公司，正式更名為中國東方航空股份有限公司雲南分公司。作為東航的“西北、雲南兩翼”之一，按照“依託上海、立足雲南、面向全國、輻射東南亞、南亞”的發展戰略和“以昆明為中心，對內輻射全國，對外面向東南亞，逐步連通省內各點 ”的航線布局構想，主要經營經批准的國內、國際（地區）航空客、貨、郵、行李運輸業務、航空器維修業務以及航空運輸代理業務。
