金燕任浙江桐鄉縣令時,因地處海濱,沒有城池,海寇猖獗,縣民常受襲擾。他到任後,立即著手組織建城,當城建成後恰逢海寇到來,金燕指揮若定,海寇攻城40餘日未果,退遁時,又被他設奇計全殲。
當時總兵胡宗憲率兵防海患,權勢很大,其一幕客看中了桐鄉縣衙里的古柏,屢次想砍伐但被金燕嚴詞拒絕。一次,金燕因此事謁見胡宗憲,胡偏向幕客,金燕見幕客躲在屏後偷窺,便正色對幕客說道:“鼠輩敢如此,我將奏汝!”胡宗憲見狀連忙撫慰,砍柏之事作罷。
金燕因政績優異,升為禮部給事中,後因參奏嚴嵩被貶為夷陵判。隨又升貴溪縣令,1567年,被任命為永康縣令,隨後又升太僕丞,改尚寶丞,不久因病辭歸。
