習慣命名法
1961年以前使用的酶的名稱都是習慣沿用的，成為習慣名。主要依據兩個原則：
根據酶作用的底物命名
如催化水解澱粉的酶叫澱粉酶，催化水解蛋白質的酶叫蛋白酶。有時還加上來源以區別來源不同的同一類酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶。
根據酶催化反應的性質及類型命名
如水解酶、轉移酶、氧化酶等。有的酶結合上述兩個原則來命名，如琥珀酸脫氫酶是催化琥珀酸脫氫反應的酶。
習慣命名法比較簡單，套用歷史較長，儘管缺乏系統性，但現在還在被人們使用。
命名原則
國際系統命名法原則，是以酶所催化的整體反應為基礎的，規定每種酶的名稱應當明確標明酶的底物及催化反應的性質。如果一種酶催化兩個底物起反應，應在它們的系統名稱中包括兩種底物的名稱，並以冒號將它們隔開。若底物之一是水時，可將水略去不不寫。
表一 示例
| 習慣名稱 | 系統名稱 | 催化的反應 |
| 乙醇脫氫酶 | 乙醇：NAD'氧化還原酶 | 乙醇+NAD'——>乙醛+NADH |
| 谷丙轉氨酶 | 丙氨酸：α-酮戊二酸氨基轉移酶 | 丙氨酸+α-酮戊二酸——>谷氨酸+丙氨酸 |
| 脂肪酶 | 脂肪：水解酶 | 脂肪+H2O——>脂肪酸+甘油 |
編號
國際酶學委員會，根據各種酶所催化反應的類型，把酶分為6大類，即氧化還原酶類、轉移酶類、水解酶類、裂合酶類、異構酶類和連線酶類。分別用1、2、3、4、5、6來表示。再根據底物中被作用的基團或鍵的特點將每一大類分為若干個亞類，每一個亞類又按順序編成1、2、3、4……等數字。每一個亞類可再分為亞亞類，仍用1、2、3、4……編號。每一個酶的分類編號由4個數字組成，數字之間由“.”隔開。第一個數字指明該酶屬於6大類中的哪一類；第二個數字指出該酶屬於那一個亞類；第三個數字指出該酶屬於那一個亞亞類；第四個數字則表明該酶在亞亞類中的排號。編號之前冠以EC(為Enzyme Commission的縮寫)。例如：EC1.1.1表示氧化還原酶，作用於CHOH基團，受體是NAD+或NADP+；1.1.2表示氧化還原酶，作用於CHOH基團，受體是細胞色素；1.1.3表示氧化還原酶，作用於CHOH基團，受體是分子氧；編號中第四個數字僅表示該酶在亞亞類中的位置。這種系統命名原則及系統編號是相當嚴格的，一種酶只可能有一個名稱和一個編號。一切新發現的酶，都能按此系統得到適當的編號。從酶的編號可了解到該酶的類型和反應性質。下面的圖冊列出了酶的分類，指明了酶的編號、系統名稱、習慣名稱及所催化的反應。
酶分類示例