主要研究內容
植物分子系統學和分子進化、物種形成和適應進化的機制：利用分子生物學手段，結合形態學、細胞學等證據和生態、生物地理格局，探討植物類群的系統發育關係、物種形成機制和進化歷史；同時，基於特定的植物類群，探討基因和基因家族的進化式樣和規律。目前的研究類群是以蓍草屬（ Achillea）為主的菊科春黃菊族植物。蓍草屬廣布北溫帶，是雜交多倍化物種形成和適應性進化的典型代表，關於其進化問題，前人在系統學、細胞學以及居群遺傳學等方面積累了較好的研究基礎。
近幾年來，基於多種分子標記和DNA序列分析，揭示出網狀和多倍體進化是該屬物種形成和輻射適應的主要機制，已發表論文多篇，均得到很好的引用。目前正從基因的核苷酸變異式樣和表達式樣等不同角度探討多倍體物種複合體的表型多樣性和適應性進化的機制。
代表性論著
Guo Y-P, Saukel J, Ehrendorfer F. 2007. AFLP trees versus scatterplots: evolution and phylogeography of the polyploid complex Achillea millefolium agg. (Asteraceae). Taxon (in press).
Guo Y-P, Vogl C, Loo M van, Saukel J, Ehrendorfer F. 2006. Hybrid origin and differentiation of two tetraploid Achillea species in E Asia: molecular, morphological and eco-geographical evidence. Molecular Ecology 15: 133–144.
Guo Y-P, Saukel J, Mittermayr R, Ehrendorfer F. 2005. AFLP analyses demonstrate genetic divergence, hybridization, and multiple polyploidization in the evolution of Achillea (Asteraceae-Anthemideae). New Phytologist 166: 273-290
Guo Y-P, Ehrendorfer F, Samuel R. 2004. Phylogeny and systematics of Achillea (Asteraceae-Anthemideae) inferred from the nrITS and plastid trnL-F DNA sequences. Taxon 53: 657–672.
Ehrendorfer F. & Guo Y-P. 2006. Multidisciplinary studies on Achillea sensu lato (Compositae-Anthemideae): New data on systematics and phylogeography. Willdenowia 36: 69–87.
