個人作品
単著
《支那の天文學》（恆星社厚生閣 1943年）
《中國の天文學》（恆星社厚生閣 1949年）
《支那數學史概說》（山口書店 1944年）
《支那數學史》（山口書店 1944年）
《隨唐歴法史之研究》 東方文化研究所東洋暦術調査事業報告 （三省堂 1944年、増訂版臨川書店 1989年）
《ギリシヤ科學の精神》（全國書房 1946年）
《近世天文學史》（恆星社厚生閣 1947年）
《自然科學史 第1》（恆星社厚生閣 1952年）
《天文學史》（朝倉書店 1955年）
《一般天文學》（恆星社厚生閣 1963年、新版1981年）
《中國古代の科學》 （角川新書 1964年/講談社學術文庫 2004年）
《中國の科學文明》（岩波新書 1970年）－度々復刊
《中國の天文暦法》（平凡社 1969年 増補版1990年）
《中國文明の形成》（岩波書店 1972年 復刊1994年）
《中國の數學》（岩波新書 1974年 復刊1991年、1996年）
《中國の科學と日本》（朝日新聞社 1972年/朝日選書 1978年）
《歴史はいつ始まったか》（中公新書：中央公論社 1980年）
《科學史から見た中國文明》（NHKブックス：日本放送出版協會 1982年）
合著
《地球と月・地球及び月の運動》（恆星社厚生閣 圖說天文講座 1937年）
《漢書律暦志の研究》（東方文化研究所研究報告）能田忠亮共著（全國書房 1947年/新版臨川書店、1979年）
《星座・中國・朝鮮・日本・印度の星座》、野尻抱影編 （新天文學講座1：恆星社厚生閣 1964年、新版1977年）
《天文學の歴史・東洋天文學》（新天文學講座12：恆星社厚生閣、1964年、新版1977年）
《科學史概說》 石蔵甚平共著 （朝倉書店 1965年、新版1982年）
《元號を考える》 桑原武夫ほか （現代評論社、1977年）－元號法制定反対の目的で刊行
《授時暦 訳注と研究》 中山茂共著 （新版アイ・ケイコーポレーション 2006年）
《立杭窯の研究 技術・生活・人間》 京都大學人文科學研究所研究報告、（恆星社厚生閣 1955年）
編著
《世界の名著 中國の科學》（中央公論社 1975年、新版1979年）
《科學の名著 中國天文學・數學集》（朝日出版社 1980年）
《天工開物の研究 京都大學人文科學研究所研究報告》（恆星社厚生閣、1953年/改訂版は、平凡社東洋文庫）
《中國中世科學技術史の研究》（角川書店 1963年、新版臨川書店 1998年）
《江戸時代の科學器械》 宗田一共編（恆星社厚生閣 1964年）
《宋元時代の科學技術史》 京都大學人文科學研究所 （臨川書店 1967年/新版朋友書店、1997年）
《明清時代の科學技術史》 吉田光邦共編：京都大學人文科學研究所 （臨川書店 1970年/新版朋友書店、1997年）
《明治前日本天文學史》（日本學士院同刊行會編、1960年、復刊1979年）
譯著
《神秘の宇宙》（ジェイムズ・ホプウッド・ジーンズ 恆星社厚生閣 1937年）
《新物理學の宇宙像》（ジェイムズ・ホプウッド・ジーンズ 恆星社厚生閣 1937年）
《支那數學史》（李儼 生活社 1940年）
《アルマゲスト》（プトレマイオス 恆星社厚生閣 1948年、1958年/新版1993年）
《時間の測定》（ジュン・グランエ、文庫クセジュ：白水社 1953年）
《星界の報告、太陽黒點論 ガリレオ・ガリレイ》（世界大思想全集.第2期31巻、「社會・宗教・科學思想篇」、河出書房新社、1963年）
《天工開物》（宋應星、平凡社東洋文庫 1969年）
《數の世界》（デビッド・バーガミニ、タイムライフブックス 1973年）
《ヘベリウス星座図絵》 （地人書館 1977年、新版1993年）
《中國の印刷術 その発明と西伝（全2巻）》（T.F.カーター、石橋正子共訳 平凡社東洋文庫 1977年）
《墨子》（平凡社東洋文庫 1996年 ISBN4-582-80599-X） 元版、平凡社「中國古典文學大系」の改訂版
監修
《中國の科學と文明》（ジョセフ・ニーダム 思索社 1991年）、大著
《中國科學の流れ》（ジョセフ・ニーダム 思索社 1984年） 、解說
《東洋の科學と技術 藪內清先生頌壽記念論文集》（同朋舎出版 1982年）
個人其它信息
一顆1953年由德國天文學家卡爾·威廉·威爾穆特（Karl Wilhelm Reinmuth）發現的小行星，被命名為2652 Yabuuti (1953 GM），以藪內的名字命名。
