大多數的苯丙酮尿症都有可能在產前得到診斷.診斷包括家族史；以及從培養的羊水細胞或絨毛膜標本中分離出DNA,而後通過限制性片段長度多態性進行分析,並將其與雙親或先證者的片段特性進行比較.對某些家庭,也可以進行直接的基因突變的分析.
由於通常在新生兒中缺乏症狀,實驗室篩查是強制性的.早期診斷是根據檢測血漿苯丙氨酸濃度升高而酪氨濃度正常或降低.雖然有人提出以血漿苯丙尿酸濃度20mg/dl(1.2mM/L)作為標準,用以區分典型的苯丙酮尿症和其他的高苯丙氨酸血症但確切的血漿濃度標準還沒有確定.不能單用血漿苯丙氨酸濃度作為區分典型的苯丙酮尿症與其他嚴重的高苯丙氨酸血症(見下文)的指標.準確地區分需要分析肝臟苯丙氨酸羥化酶的活性,在典型的苯丙酮尿症中這種酶活性完全缺失,而在高苯丙氨酸血症中還有正常的5%~15%的活性.正常情況下,肝臟是唯一可以測得苯丙氨酸的臟器.需要尋找更好的區分方法.
在攝入中等量奶(苯丙氨酸的來源)以後至少48小時,所有新生兒都應進行苯丙酮尿症篩查.一般用Guthrie抑制試驗.在苯丙氨酸依賴的草桿菌培養基中,放入滴有新生兒血的濾紙片,用另幾張含有不同量苯丙氨酸的濾紙作為對照,圍繞濾紙片的草桿菌生長範圍的大小與苯丙氨酸含量成比例.另一種篩選方法是在尿標本中或濕尿布上滴幾滴10%的氯化鐵(有市售的測試紙),呈現深藍綠色表示有苯丙酮酸存在.
如果嬰兒有PKU家族史,尿的檢查在新生兒期後即可進行.應在1歲內定期檢查,一般每周一次.4~6周齡後,異常高水平的苯丙氨酸的代謝產物可能在尿中出現,包括苯丙酮酸,苯乳酸,苯乙酸以及正羥苯乙酸.
篩查結果必須通過更精確的試驗加以證實,例如螢光法或離子交換柱色譜法.
治療的目的是通過限制患兒苯丙酮酸的攝入,使必需胺基酸的攝入既能滿足需求而又不過量,這樣就可以使患兒既能正常生長發育,同時又防止了苯丙氨酸及其代謝產物在體內積蓄.由於所有天然的蛋白質都含有4%左右的苯丙氨酸,所以既要滿足蛋白質的需要而又不超過苯丙氨酸的需要量是不可能的.因而應該以酪蛋白水解產物(已處理去除苯丙氨酸)或胺基酸的混和產物組成食譜中主要的蛋白部分.Lofenalac已在美國廣泛使用,它是不含有苯丙氨酸的完全食物,可用以代替牛奶.低蛋白的天然食物,如水果,蔬菜,某些穀類等是可以進食的.通過測定自然蛋白質中的苯丙氨酸含量和Lofenalac中殘餘的苯丙氨酸含量(75mg/100g乾粉)來確定達到苯丙氨酸需要量的補充量.苯丙氨酸需要量隨體重,年齡而變化,從出生第一個月的每天40~70mg/kg,降到第一年末的20~40mg/kg.不含苯丙氨酸的飲食是有效的,它們既可以有效地控制血苯丙氨酸的水平又允許在選擇天然食品時有更大的餘地.XP類似物,PhenexⅠ,PhenexⅡ,Pheny-Free是其他一些不含苯丙氨酸的完全食物；PKU-1,PKU-2,PKU-3以及Maxamum不含脂肪,提供的能量比其他配方少.必須檢測患兒的血漿苯丙氨酸水平.
治療必須在出生後第一天就開始,以免發生智慧型發育遲緩.早期的和達到良好平衡狀態的治療可以使發育正常,並防止中樞神經系統受影響.在2~3歲後開始的治療,可能僅對控制極端的好動和頑固的癲癇有效.治療時間的長短還沒有完全解決.雖然以前認為當腦髓鞘完全形成以後停止治療是安全的,然而有關智商(IQ)下降以及學習和行為問題發生的報導導致對這一建議的重新考慮.目前的資料提議,飲食控制應該是終生的.
母親苯丙酮尿症,如果未經治療,對胎兒有嚴重的影響.這種妊娠的結果是絕大部分的嬰兒有智慧型和體格發育延遲,小頭畸形和先天性心臟病的發病率也高.在妊娠前控制母親的苯丙酮酸水平可以預防這些後遺症,經驗也表明這種治療是有效的.
