創始
武昌首義後，同盟會高要支部加快了策劃駐肇清軍的反正步伐。
高要同盟會負責人陳子忠以其老戰友姚雨平指派同盟會會員、虎門講武堂時的同學�傳范到肇慶做清軍的策反工作。�傳范在同盟會高要支部的領導下，利用其與駐肇清軍巡防營統領（相當於團長）隆世儲的同鄉關係開展策反工作。曾對其分析形勢，曉以大義，策動其駐肇3個營反正。經多次奔走遊說，隆終於答應相機起事。
同盟會高要支部得知高要人譚潤黎與駐新興巡防營管帶（相當於營長）李耀漢有師生之誼，故又通過譚潤黎策動其學生李耀漢反正。譚曉以大義，李終被說服。又兼武昌首義成功，李的意志更堅，而且表示負責聯絡隆世儲一致行動。
農曆辛亥年九月十九日（公元1911年11月9日）隆世儲率駐肇慶府3個營，李耀漢率駐新興巡防營1個營，共4個營，還有革命黨人組織發動的民軍顏啟漢3個營、熊長卿2個營和孔祥輝的二三百人共同在肇慶舉事，宣布獨立，脫離清廷，歸附民國。清廣肇羅道王良弼遁逃，知府賴清�、知縣吳鴻飛被民軍捉捕。
11月中旬，隆世儲設肇羅軍政分府於原肇慶府署，接管行使肇慶府的軍政職權，結束了清朝在肇慶的封建統治。
發展
清軍在肇慶反正後，12月8日，隆世儲率部分官兵參加廣東的早期北伐，由周之貞接管肇羅軍政分府職權，李耀漢接管所遺營勇，並經廣東水陸軍務督辦朱執信批准，李耀漢將所部擴充為巡防營標統（即團），李華秋、邱可榮、翟汪、蕭士計分任各營管帶（即營長）。
1912年3月，陳炯明設廣東總經略處，同時，肇羅軍政分府改稱肇羅經略處，周之貞仍任肇羅經略。並沿用前清做法，將部隊編為鎮統（相當於師），協統（相當於旅）、標統（相當於團）三級建制編定軍隊，並將肇慶巡防營改為“肇軍”。肇軍分為三標：李耀漢為第一標統，駐防高要、德慶、四會、新興一帶；賀蘊珊（前清三羅巡防營管帶）為第二標統，駐防羅定、東安（即雲浮縣）、西寧（即鬱南縣）一帶；趙定國（前清督標右營參將）為第三標統，駐防陽春、陽江、恩平、開平、台山一帶，肇軍正式成立。
周之貞以民軍督辦名義遣散顏啟漢、熊長卿、孔祥輝等民軍。
袁世凱篡奪大總統職位後，廢除孫中山時期的《中華民國臨時約法》。1913年5月1日，廣東都督胡漢民通電反袁，被袁免職，由陳炯明繼任。孫中山策動廣東都督陳炯明獨立反袁，袁則任命廣西龍濟光為廣東宣撫使。德慶縣知事羅邁同李耀漢反對廣東獨立，大開方便之門，助龍從水路經肇慶入粵，並將陳炯明封鎖封川江口之江防炮艦奪獲，泊於該地的安南、瑞和等艦也同時倒戈擁袁。
羅因助龍入粵有功，受已入廣州就任廣東宣撫使的龍濟光重用，接管周之貞擢升為肇羅綏靖處督辦（其時，經略處改稱綏靖處）。
羅邁將肇軍擴充成5個團15個營，翟汪、李華秋分任統領（團長），三羅賀蘊珊辭職，陳均義繼之，兩陽（陽江、陽春）趙定國辭職，古日光代之。各轄3個營。
李耀漢升任肇軍總司令，彭華絢為參謀長。李耀漢公開打出“肇軍”旗號，修築炮台，加固肇慶城牆，疏浚城壕，加強肇慶防衛，並不斷拓展地盆，師至順德、香山（今中山）一帶。肇軍活躍在廣東歷史舞台。
1916年5月，在廣東先後成立了兩廣都司令部、軍務院，將討袁軍隊整編，肇軍被編為第四軍，總司令李耀漢，參謀長彭華絢，第三旅旅長李華秋，第一團團長溫其鍇。第二團團長邱可榮，第四旅旅長翟汪，第三團團長古日光，第四團團長陳均義，炮兵團團長黎章鴻。
1916年10月，李耀漢又被任命為廣東省長兼廣東督軍，他乘機擴充軍隊，把肇軍發展成10個團。並抓住時機，著力加強部隊建設，提高肇軍素質，在肇慶創辦了肇軍講武堂，舊址在西校場（今市第五中學與衛生學校一帶），訓練下級軍官。學員約四、五百人，分學員班和軍士班，並分成四個學員隊。學制半年。“講武堂為肇軍培養了大批軍事幹部和骨幹，肇軍的戰鬥力得以很大提高。”此乃肇軍的全盛時期。
演變
肇軍在1919年的粵桂戰爭中被桂軍沈鴻英部和林虎部所敗而一蹶不振。率肇軍東山再起的是陳銘樞。1920年9月，陳銘樞乘桂軍在西江的防務空虛，率駐陽江的原肇軍的4個營在李耀漢的策動下，興兵重打“肇軍”旗號，配合孫中山指揮的粵軍，攻克肇慶，將桂系逐出廣東，趕回廣西。陳銘樞被任命為粵軍第1軍第1師第4團團長，戴戟為中校團副，第1營營長陳濟棠，第2營營長李時欽，不久由謬培�新成立的一個營編入第3營。連長也有蔡廷鍇、黃質勝、香翰屏、范德星、黃質文、李佛成、李林、張君嵩、李桂高、沈超如等一批擁孫派軍人，並在肇慶組織粵軍俱樂部，取名“廣東軍警同袍社”。
是年底，陳銘樞任西江善後處處長（是時，陳炯明在廣東創設10個善後處），原肇軍統領陳銘樞成了肇慶民眾的父母官。這樣，東山再起的肇軍成為粵軍（後來編成國民革命軍第4軍）第1師的重要組成部分。第1師後來相繼在師長梁鴻楷、鄧鏗、李濟深的悉心整訓，成為頗具戰鬥力的擁孫派的中堅力量。在駐肇的第1師中，還有郭學雲、戴戟、繆培�、陳式恆、李振球、李潔之等一批擁孫派將領，第1師成為粵軍中的一支勁旅。國民政府將所部改稱國民革命軍時，原粵軍第1師改編成國民革命軍第4軍，軍長李濟深。第4軍在北伐戰爭中成為“鐵軍”而彪炳青史。而肇軍出身的高級將領北伐名將陳銘樞、抗日名將蔡廷鍇、被譽為“南天王”的陳濟棠更是顯赫一時。
