索引文檔

索引文檔是GROMACS最重要的概念檔案，使用他能在模擬過程中為所欲為。舉一個簡單的例子，比如想周詳了解HIV整合酶切割DNA的反應機理，使用量子力學模擬反應位點的反應過程，而分子其他部位使用一般分子動力學模擬。於是我們就面臨一個對模擬系統進行分割定義的問題，在gromacs中，就要用到索引檔案。