起源
1729年，米凱利（Micheli）首次用顯微鏡觀察研究真菌，提出了真菌分類檢索表。1735年，林奈在《自然系統》等書中將真菌分為10屬。以上工作即為真菌分類研究的起點，當時設定的一些屬名至今仍沿用。1772年，林奈“雙名法”的採用，對真菌分類學的發展起了巨大的推動作用。在很長一段時間裡，依據林奈最早提出的兩界說，真菌一直被列入植物界。現代分類學家已趨向於將真菌劃分成一個單獨的界——真菌界（KingdomFungi），在界下設真菌門和粘菌門。
分類系統概況
歷史上的學者們根據各自不同的觀點建立了許多分類系統，在近30年中就出現了10多個新分類系統。其中幾個影響較大的分類系統如：
貝塞（1950）
將真菌界劃分為粘菌類、藻狀菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌綱。
惠特克（1969）
在界下設立三個亞界：裸菌亞界、雙鞭毛亞界、真菌亞界；在真菌亞界下又設了後鞭毛分支和無鞭毛分支；在後一分支下才劃出了接合菌門、子囊菌門和擔子菌門。
安斯沃思（Ainsworth，1971、1973）
在真菌界下設立兩門：粘菌門和真菌門。與以往不同的是，他將藻狀菌進一步劃分為鞭毛菌和接合菌，將原來屬於真菌門的幾個大綱，在門下升級至亞門，共有五亞門：鞭毛菌亞門、接合菌亞門、子囊菌亞門、擔子菌亞門和半知菌亞門。
馬古利斯（1974）
其分類系統把粘菌排除在真菌界之外，將地衣包括進來，在界下直接設接合菌門、子囊菌門、擔子菌門、半知菌門和地衣菌門。亞歷克索普羅斯（Alexo-poulos）（1979）將真菌界分為裸菌門（即粘菌門）和真菌門，後者又分為鞭毛菌門（分單鞭毛菌亞門、雙鞭毛菌亞門）、無鞭毛菌門（分接合菌亞門、子囊菌亞門、擔子菌亞門、半知菌亞門）。
阿爾克斯（1981）
將前人歸入鞭毛菌亞門（綱）的一些種類獨立提出，將其升級至門，設立了粘菌門、壺菌門、卵菌門和真菌門；在真菌門劃出六綱：接合菌綱、內孢霉綱、焦菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌綱。
產生多個分類系統的原因，是學者們在考慮真菌的親緣關係時，對一些有用的標準評價不一。
一個理想的分類系統應該能正確反映真菌的自然親緣關係和進化趨勢。在現今已有的眾多分類系統中，還沒有一個被世界公認而確定合理的分類系統。在將多個分類系統加以比較之後，多數人認為安斯沃思和亞歷克索普羅斯二人的系統較為全面，接近合理，又反映了新進展的內容，已被越來越多的人所接受。安斯沃思將真菌門分為5亞門，18綱，68目。
真菌分類系統資料 