歷史沿革
1973年
廣東省環境保護研究所成立，與廣東省環境保護監測中心站合署辦公，由省環境保護辦公室領導。
1984年
廣東省環境保護研究所更名為城鄉建設環境保護部華南環境科學研究所，實行部、省級雙重領導，以部為主的領導體制。
1988年
原城鄉建設環境保護部撤銷，更名為國家環境保護局華南環境科學研究所。
1998年
原國家環境保護局升級為國務院直屬總局，更名為國家環境保護總局華南環境科學研究所。
2003年
在國家科技體制改革中，保留為部屬公益性科研機構。
2008年
國務院機構改革，成立環境保護部，更名為環境保護部華南環境科學研究所
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機構設定
華南環境科學研究下設8個二級機構：辦公室（人事處），科研處（國家環境指示創新（華南）基地辦公室）、技術開發處（國家環境技術創新（華南）基地辦公室）；區域環境管理研究中心，企業環境管理諮詢中心、環境工程設計研究中心、物業管理經營服務中心、華南環境保護督查中心辦公室
。
科研條件
華南環境科學研究所辦公場地分為東區和西區，西區占地2.5公頃，建有科研辦公樓、綜合實驗樓，東區占地3.3公頃，1.8萬平方米的科研、督查、核安大樓及配套專家公寓。建有多媒體學術報告廳、多功能會議室和圖書檔案室等
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所區占地面積27畝，建有科研辦公樓、綜合實驗樓、重點實驗室、多用途試驗場地等業務建築8000多平方米，擁有各類大型精密儀器設備、野外監測儀器設備和3S開發軟硬體平台以及大氣監測系統，具有完備的環境觀測、測試、模擬和數據處理條件；華南所科學城綜合業務樓建設項目總建築面積近1.8萬平方米
。
華南環境科學研究所有重點實驗室包括國家環境保護水環境模擬與污染控制重點實驗室、國家環境二惡英監測中心華南分中心、廣東省農業環境綜合治理重點實驗室、環境與健康聯合實驗室（與中科院生態中心共建）等，籌建國家環境保護城市環境生態重點實驗室。此外，擁有1座大氣污染觀測超級站，以及多個水環境與生態環境研究野外工作檯站。華南環境科學研究所配置各類分析儀器和線上監測儀器設備共200餘台（套）（不含5萬元以下儀器），總價值超過6000萬元，其中100萬元以上儀器設備4台（套），50萬元以上19台（套），30萬元以上有41台（套）。擁有HRGC-HRMS、GC-MS、ICP-MS、LC-MS、原子螢光光度計、全自動大氣測汞儀、剖面流量測量儀、雷射粒度分析儀、實驗室土壤呼吸測定儀、電位滴定儀等大型精密環境分析測試儀器設備，以及雷射雲高儀、大氣濁度儀、氣溶膠雷射剖面儀等各類現場環境監測設備，具有完備的環境分析、監測、測試、模擬和數據處理條件
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擁有1000M高速區域網路和54M無線網路，實現了辦公自動化，開通了國內外電子期刊線上查閱服務，配備2台TC5000曙光天潮高性能計算機、專業圖形工作站、GIS（ArcInfo、MO、AO、Mapinfo等）、RS（Erdase、PCI等）、DHI環境模擬系統及各類開發軟體，同時有大量的電子地圖、遙感圖像等基礎數據
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單位資質
建設項目環境影響評價資質證書（國環評證甲字第2801號）
廣東省清潔生產技術服務單位證書（證書編號：20101002）
環保產品檢測機構證書（中環協認檢（2006）15號）
環境污染治理運營資質證書（生活污水甲臨）（國環運營證1947）
環境污染治理設施運營資質證書（工業廢水）（國環運營證0974）
質量管理體系認證證書（環境工程）（註冊號：02109Q11168R0S）
工程設計證書(甲級)（0097）
建設項目水資源論證資質證書（水論證甲字第04403071號）
計量認證證書（CMA）（2011002209U）
工程諮詢單位資格證書（市政公用工程）（工咨丙22320070005）
工程諮詢單位資格證書（生態建設和環境工程）（工咨甲22320070005）
水土保持方案編制資格證書（水保方案乙粵字第027號）
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科研人員
華南環境科學研究所有職工253人，科技人員218人，其中研究員31人，高級工程師（副研）77人，中級職稱80人；博士66人，碩士124人，享受政府特殊津貼專家9人
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