成立條件
特偵組第一種由公檢法中的某一家組成，這種情況下，因為任何一個案件的辦理都不是一個人能完成的，由幾個人組成的辦案組都可以廣義地叫做特偵組。但是，這裡所說的特偵組指的是不同於常規情況下的辦案組織，其不同之處在於往往由領導牽頭專門辦理某一個案件，成員在辦案期間全部或者主要的時間和精力用於辦理某一案件，因而也可以叫做特偵組。
第三種是由某一級的政法委或者某一個政法機關牽頭，由一級或者幾級公檢法人員共同組成的一個辦理重大案件的臨時性機構。
合法情況
在以上三種特偵組中，第一種情況雙可分為兩種情況：對於公安和檢察機關而言，由於內部分別實行個人服從組織、下級服從上級的上命下從的領導體制，辦理一個具體案件時採用什麼樣的形式，其內部有決定權，因而組成特偵組是合理合法的。但對於法院而言，以特偵組的形式辦案就會存在問題。根據司法的性質，在西方要求法官個人獨立；在我國要求合議庭獨立，這儘管沒有法律的直接依據，但根據刑事訴訟法中關於合議庭權力的內容來看，一般情況下應當由合議庭獨立辦案。
在重大案件中，審判委員會有對案件的決定權，但這並不是說法院內部也是上命下從的行政化領導體制。因為法律規定審委會是在合議庭經過審理後無法作出裁決時才參與案件的討論。在此之前，僅僅因為案件是重大案件，就在一開始審理就由審委會成員和其他成員參與案件的審理，形成一個特偵組，這是沒有法律依據的。當然，我們談論審委會的職能也是以現行法為前提的，如果從法理角度說，審委會審而不判，違背了審判的基本原理，將來應當廢除。
所以，在三機關內部分別組成的特偵組，只有公、檢兩家是合法的。
對於第二種情況，檢察機關和公安機關是大控方，兩個機關的工作目的都是為了起訴作準備，檢察機關有行政機關與司法機關的雙重性質，因而當其履行起訴準備職能時，提前介入到公安機關去，是符合法律規定的職能的。當然，作為具有法律監督機關職能的檢察機關，合二為一時就變成了自己監督自己，使監督職能流於形式。但是這個問題檢察機關辦理自偵案件時同樣存在。理論上對於這種情況認為是通過檢察機關的內部分工來實現，即由檢察機關專門設立的法律監督部門監督內部的偵查機關的偵查活動，同時也監督公安機關的偵查活動，各地的檢察院還專門設立了 “偵監科（處）”。從這個意義上來說，檢察機關的偵查、起訴部門與公安機關聯合組成特偵組也具有法律上的依據和合理性。
當然，就程式監督權而言，作為大控方的檢察機關來監督屬於自己一方的公安機關；甚至於本來就屬於一個機關的內部的一個部門來監督另一個部門，具有嚴重的缺陷，其出路是由中立的機構——法院來行使程式裁量權，即通過司法令狀來解決，這一制度我們現在還沒有設立，是將來的一個發展方向。將來有了司法令狀制度以後，檢察機關和公安機關的內部監督當然還可以存在，但它只是內部制約的一種形式，而不是超然的程式監督。
對於第三種情況，由政法委牽頭，與公檢法三家分別派出的代表組成特偵組，這種情況是通過政法委，將控審兩方即公檢法三家合併到一起，形成的四家聯合辦案的組織，這種做法也是目前特偵組辦案的主要形式，其問題很多。
辦案本質
特偵組不懈破案特偵組辦案，有濃厚的傳統根基。我國古代，行政與司法不分，這些有審理刑事案件的行政機構還進行會審。在南朝陳時就有會審制度。在唐代叫三司推事，遇重大案件，由大理寺、刑部、御史台共同審理案件。在明朝，有三司會審，由刑部、大理寺、都察院共同審理要案，另外還有九卿圓審，即由六部尚書加上大理寺卿、左都御史、通政使一起審理案件。而清朝的三司會審、九卿會審、秋審、朝審都是特偵組辦案的典型形式。
封建社會的辦案形式，不是靠完善的機制，靠公開、公平的對抗制訴訟，而是人治來完成的，這樣做的結果，既缺乏權力內部的制約，也缺乏人民權利的制約，唯一可能帶來公正的是一級高過一級的建立在個人品質、個人智慧基礎上的 “明察”。所以皇帝對於下屬明察的能力越來越不放心，會審班子的規模就越來越大，越來越離皇帝本人的距離靠近。元世祖曾說：“中書朕左手，樞密朕右手，御史台是朕醫兩手的”，到明代，皇帝覺得這些人可能還是不能讓他放心，於是就讓皇帝的秘書機構“通政使司”中的通政使一起參與案件審理，依靠一級級的金字塔式的更高權力進行反覆測試來達到公正，但它是建立在個人的品質與能力基礎上的，是典型的人治型司法。
在現代社會，經過無數思想家的理論探索和很多國家的立法、司法實踐，已經逐漸形成了一套能夠最大限度上保證法律實施公正的刑事司法機制，那就是在行政與司法分立的前提下，確立了無罪推定、司法獨立、審判公開等基本原則，律師辯護、沉默權、迴避、疑罪從無等基本制度，法官中立、控辯對抗、集中審理等嚴格的程式，也形成了新聞監督、公民表達權等基本的保證公正司法的環境。這樣的司法要求以形式正義或者程式正義這一最不壞的形式來實現實體正義。在清朝末年沈家本等人倡導的法制改革中就已經在名義上規定了其中的大部分內容。
特偵組辦案是幾個機關的聯合辦案，我們無法否認其良好的出發點，但是實現其良好出發點的方式是行政與司法不分、控訴與審判不分，甚至於黨的領導與公安司法機關的辦案職能不分。司法區分於行政的根本標誌是其中立性和裁判性，沒有一個中立的機構對控訴行為中的實體問題和程式問題進行裁判，整個辦案過程就與行政行為無異，與封建社會中的辦案機制沒有區別，司法維護公正與保護人權的那些品質不能發揮出來。因此，特偵組辦案的本質是司法的行政化，它具有行政所具有的權力集中、高效的優點，但同樣也有行政權力處理刑事案件時容易導致錯案、侵犯人權的缺點。
辦案弊端
現代司法程式的設計是權力制約權力和權利制約權力的結合，但是特偵組作為一種行政化司法的典型形式，是在單方、秘密、超職權的形式下完成對案件的審理的。
首先，它是一種單方的審理。在訴訟程式中，從偵查、起訴到審判，不應當只存在審理方和被審理方，而應當有第三方的參與。在前審程式中，應當有檢察機關作為法律監督機關或者法院作為控辯兩方之外的的第三方參與監督；在審判程式中，則控、辯、審三方形成一個正三角結構，控辯兩方是這個三角結構的底端，審判者居於中立的第三者地位。完善的程式都規定了公民參與訴訟的具體形式，如被追訴者的隨時辯解、律師的參與和當庭辯論等。而在特偵組辦案時，在審前程式中沒有第三方的參與，被調查者成了純粹的被調查對象，沒有法定申辯機會；在審判中，往往審判是形式，因為特偵組已經未審先定。因此，特偵組辦案形成了事實上的單方審理。
其次，它是一種秘密的審理。在正式的審理中，即使是不公開審理，也會有律師的參與，從這個意義上說，不公開的審理也不是絕對秘密的審理，因為對律師是公開的。特偵組辦案是秘密審理，這是顯然的，除了調查者和被調查者，其他人無法了解案件情況和被調查人的處境，容易侵犯被調查者的權利。
第三，它是一種超職權的審理。特偵組的超職權有兩層含義。一方面是指它實質上自審自判，違背了司法中控辯審三方各行其職的要求，有人會說，特偵組只是初步調查和對公檢法機關的協調、指導，最終對案件的起訴、審判由公公檢法機關按照法定程式完成，問題是，很多冤案就是在特偵組的指導下協調、指導完成的。它實際上是公檢法之上的一個領導機構，它是實際的辦案者，公檢法所走的程式只是一個形式而已。另一方面是指它往往採用很多不經過法定程式的法外非常措施，披著合法的外衣行刑訊逼供、超期羈押之實，因此從公民參與權來看，特偵組辦案缺乏公民參與司法的法定形式。
除了上述審理方式上的特徵以外，特偵組審理案件還有裁判之後的問題：一旦出現錯案，無人負責。特偵組是一個集體，在犯下彌天大錯之後，任何人都可以在集體負責的幌子下自慰。“組織”，在中國是一個很多人感到可以依靠的力量，在很多時候，我們也從它的身上得到安全感和歸屬感，可是，它又是一個很可怕的名詞，每一個人殺人的時候，都可以用它洗儘自己手上的鮮血。
特偵組辦案依靠的是封建糾問式或者超職權主義的模式去解決問題。因此，在佘祥林案件糾錯過程中，發生潘余均自殺這樣的悲劇續集也是情理之中、意料之中。現在潘案沒有明確的結論，但從特偵組辦案的情況來看，只少有一點是可以肯定的：潘余均這位當年的特偵組成員，又在接受特偵組辦案這種違背刑事訴訟法程式的審理，我們現在還不能說他是因為什麼原因而自殺，但受特偵組調查時過程不公開、律師不參與，在程式上受到了不公正的待遇，這一點是無疑的。
辦案的過渡性
特偵組有關書籍特偵組辦案存在這么多問題，從司法改革的大方向上來看，當然應當廢除，但是還應當注意的是，在司法程式不完備的情況下，特偵組辦案還有存在的必要。
這是一個悖論：它是不完善的，是司法行政化的表現；但在司法體制不合理、司法程式不完善，大量案件不能得到公正、獨立的審理的情況下，這種錯誤的行政化方式是整個行政化司法體系中不可缺少的糾錯機制。理由是，沒有特偵組這個行政化的組織妨害獨立、公正的司法，也會有其他方式導致司法事實上的行政化，這是一個有目共睹的現實，在這個現實前提下，特偵組辦案是行政化辦案形式中相對來說更慎重、權威的方式，因為它集中了各機關的辦案精英、也有財力、物力的保障，能夠集中精力解決重大案件。
對於重大案件，用特偵組辦案，是一種無奈的選擇。全面的獨立、公正的司法體系建立以前，還不能廢除這一問題重重的特殊辦案形式。很多人用紛繁複雜的理論所論證的我國司法的“本土資源”、“中國特色”，理由就在於此。這是用一個錯誤的體制為這一體制中錯誤的具體機制辯解，在邏輯上是循環論證，就象在一間囚牢里選擇了靠窗的地方：在不能撤除囚牢的情況下，把窗子封閉當然是不妥的；但是，不能用有一扇視窗的存在作為不能撤除囚牢的理由。因此，司法改革不能再修修補補了，否則，永遠不能跳出冤案發生的怪圈。
因此，中國司法公正的治本之策不是靠特偵組辦案，而是靠自上而下的司法改革，去建立一個獨立、公正的現代司法體系，使刑事司法真正能實現打擊犯罪、保護人權的雙重目的。
