歷史沿革
澎湖天后宮公元1563年（嘉靖四十二年），俞大猷剿倭勝利，擴建媽祖宮。
公元1592年，倭寇侵襲沿海及澎湖。朝廷派兵圍剿占澎的倭寇，大勝，都說是媽祖神佑，所以官兵及移民便再重建娘宮。或有一說，認為媽祖宮是這時才開始新建的。
公元1624年，清政府派人驅逐荷蘭人，收復了澎湖，又改建媽祖宮而成為現今之貌。當時地名為“娘宮”。
公元1682年（清康熙二十二年），福建水師提督施琅率領軍隊進攻澎湖，打敗明軍。當時施琅認為能進攻取勝，全靠媽祖顯靈相助，於是奏請康熙皇帝加封。清庭據奏許準，並且特派禮部郎中雅虎專程來澎湖致祭，表示敬意。第二年，就正式加封為媽祖為天后。從此，媽祖宮又稱為“天后宮”，地名“媽宮”。
1920年日據時期，改地名媽宮澳為“馬公街”，從此“媽宮”成了“馬公”。
修繕
日據時期所攝的澎湖天后宮天后宮曾於1750年（乾隆十五年）、1792年（乾隆五十七年）、1818年（嘉慶二十三年）、1845年（道光二十五年）以及1885年（光緒十一年）等多次重修。
1919年由於天后宮牆垣傾毀，且遭中法戰爭及甲午戰爭破壞，狀況殘缺。遂由台廈郊及士紳富商發起募款重建，買下廟旁店鋪擴大地基，並增加前進和後殿。重修過程中，在地下挖出“沈有容諭退紅毛番韋麻郎等”碑，印證前述1604年沈有容迫使荷蘭人離開的事跡。這是台灣地區第一座漢人所立之碑。1922年天后宮改建完成，奠定今日澎湖天后宮建築之基礎。
1983年澎湖天后宮動工整修，至1985年完工開放。
2011年天后宮長年風雨侵襲早已造成廟宇本體受損嚴重，清風閣更成為危樓建築，早有整體大幅修復之必要。7月16日，修復工程開工，預計2013年完成。
質疑
天后宮修復案2011年7月由澎湖縣府發包施工，張玉璜建築師事務所監造、升皇營造公司執行，應於2013年底完工，目前尚在驗收階段。
“立委”段宜康2013年11月25日在“立法院”質詢表示，澎湖天后宮的屋瓦被工人以電鑽刨除，內部水泥裸露；屋脊及牆面塗成白色，被網友戲稱“台灣古蹟變希臘古蹟”；原本用來擋煞、位於廟前的照壁，內部硓古石凌散一地，令人痛心。
張玉璜說，天后宮30年前就歷經整修，屋頂大量使用水泥，容易漏水，因此決定將屋瓦全部換掉，以防內部木造工藝造到更大損害。原有屋瓦材料是紅磚瓦及上釉陶瓦，年久破損，新屋瓦全部按原有形式，只是以新紅磚瓦及陶瓦代替。
至於顏色從原有灰色變成刷白顏色，張玉璜表示，為了更趨近傳統工法，施工材料是石灰加貝殼沙；若要講究，必須使用瑚瑚礁岩燒制的石灰。但顧及環保，改用關子嶺石灰，因此看起來顏色顯得比較白，但施工後3至5個月，就會呈現既有的陳舊感。
張玉璜表示，台灣古蹟修復有一個觀念上最常犯的問題，就是以為最好都不要動、維持舊貌，或修得跟舊的一樣比較好。其實這牽涉到工法的傳承，有些工法已失傳，如一味執著修成舊貌，可能不利公共安全。
建築
目前的澎湖天后宮格局與樣貌奠定於1922年之重建。主持建造者為原籍廣東潮州的匠師藍木，這使得澎湖天后宮具有潮州風格，和台灣多數寺廟以閩南風格為主不同。
布局
澎湖天后宮面向港口，座北朝南，顯示地位極高。廟順坡而建，前水後山，有風水意義。建築布局為三殿式二院，即三川殿、正殿以及清風閣（後殿），分別順著地形升高。廟埕與三川殿交接處設有多角形的石階，香客需循階而上進入廟中，這在台灣廟宇中為獨一無二的設計。
三川殿為三開間，殿左右與護龍相接，是多風的澎湖地區建築之特色。正殿奉祀金面媽祖，左右護龍分別奉祀註生娘娘以及供奉當地節孝烈婦的節孝祠。
清風閣又稱公善樓，為當地文人聚會之所。
木雕與彩畫
參與細部裝飾的匠師，有木雕師黃良與蘇永欽，彩畫師陳玉峰、朱錫甘與潘科，都是當時台灣的一流匠師。
天后宮的木雕反應近代台灣寺廟雕刻的精緻和寫實路線，多用樟木以利細節表現。木匠受到嶺南畫派影響，使用內枝外葉手法做出凹凸的層次。
正殿神龕左右兩側，有四幅廣東匠師朱錫甘的擂金畫，即以金箔粉畫在尚未完全乾燥的黑漆之上，藉由金粉的疏密表現濃淡。前殿彩畫由台南畫師陳玉峰負責，展現和廣東畫師不同的風格。其中前殿後步口的木柱上有錦紋畫，以繪畫模仿錦布包住柱子的裝飾，在台灣十分少見，具有珍貴价值。
