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科學研究的許多基本方法同樣適用於流行學，如對比法、歸納法、演繹法等。流行學研究又特別注重如下方法。
觀察(調查)法 認識始於對客觀事物的觀察。要想認識植物病害流行客觀規律，首先要通過感覺器官建立主客觀之間的聯繫。病害自然發生狀況和自然發生過程是一切信息的源泉，最真實、全面地反映了其內在的規律性。所以現場觀察和記載就成為流行學最首要的方法。已經發展了病情調查、病害分級、孢子捕捉、環境監測等技術方法，將來也會不斷開發新技術。
實驗法 由於實驗者可以控制某些因素，設定單因素或多因素，不同水平的處理，所以實驗法在分析複雜現象和檢驗假設方面有著特殊的意義。由於植物試驗材料比較容易獲得和可以隨意處理，在植物病害流行學中生物學實驗的地位尤其重要(和醫學相比)。廣泛採用的有田間接種誘發、人工控制環境和物理或化學實驗技術方法。
數理統計法 整理監測到的數據、分析流行因素的作用和建立數學模型等方面都離不開數理統計。據此建立的某一流行過程的數學模型，較文字描述更為準確和便於比較。常用的方法如回歸和相關分析、聚類分析、判別分析等。
系統分析與系統仿真法 病害流行是一個複雜的動態系統，時空跨度又往往很大，僅用傳統的實驗生物學方法不可能完整地認識全部流行過程和規律。近代已經採用實驗生物學和系統分析相結合的研究方法。系統分析方法將病原物、寄主、病害和所處的環境看成一個整體，從總體的行為和功能出發，將整個系統分解成若干子系統、子過程、組分或環節，通過實驗進行定性分析和定量研究，然後再組裝成總體的模型。如果經檢驗，證明這種模型是符合實際情況的，就可以利用模型進行種種試驗。
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基礎方法現代醫學
