人員組成
巴斯德研究院有2561名來自60多個國家的研究院、工程師、技術師與行政人員，另有1000名博士生於實習生，並在世界各地擁有30所分院。巴斯德研究院自1997年至2005年陸續協助成立14間新興公司，其中13家為生物科技公司。該院2006年的預算為2.23億歐元，其中國家補助32.3%。
研究領域
生物學研究
最早巴斯德研究院畫圖
1、主要目的在於研究傳染病的防治（微生物學）：
（1）病毒感染：肝炎、流行性感冒、愛滋病、出血熱等
（2）細菌感染：結核、百日咳、腦膜炎、霍亂、腹瀉相關疾病等
（3）寄生蟲感染：瘧疾等
2、研究範圍還包括其他病歷學如癌症、遺傳疾病、神經病變、過敏。
3、主要研究領域：微生物學、免疫學、分子生物學、神經生物學、基因體與後基因體的研究。
教學
每年紐約有250名來自世界各地的研究生至該院從事微生物與免疫學研究，來自60多個國家，800多名人員在此實習於學習。
大眾健康服務
巴斯德研究院創始人：路易斯-巴斯德
1、巴斯德研究院國際網路在全世界設有30所獨立研究院，特別在其所處國家內提供以下公共服務：
（1）旅客預防接種建議（流行感冒、破傷風、肝炎、白喉等）
（2）傳染病與熱帶疾病
（3）遠航醫學
（4）過敏疾病
（5）狂犬病防禦中心
（5）檢驗中心（愛滋病、C型肝炎）
（6）化驗室
2、20所國家參考中心與8所世界衛生組織合作中心，負責觀察法國與世界的傳染性疾病。
3、為了能讓研究成果、新產品、科技或服務儘快造福大眾，該院緊密結合下列領域的合作夥伴（1）人類健康：藥物改善與調整、接種（預防結核、百日咳、瘧疾、胃潰瘍等）或是診斷測試（針對登革熱、李氏桿菌、結核等）
（2）環境
（3）農產品
（4）衛生學
4、該院同時擁有4個合作產業：
（1）預防接種： Sanofi Pasteur （ 法國賽諾菲藥廠）
（2）診斷：BioRad 儀器公司
（3）治療（寄生蟲、結核病、院內感染）： Sanofi Aventis （ 賽諾菲安萬特藥廠）
（4）蛋白功能（傳染病）： Hybrigenics 生物信息公司
研究所
研究院下設146個研究單位與小組，分屬10個研究所：
現在的法國巴黎巴斯德研究院外景
1、分子生物與傳染病
2、基因組和遺傳
3、微生物學
4、病毒學
5、發展生物學
6、免疫學
7、神經科學
8、結構生物學與化學
9、傳染病與流行病學
10、寄生蟲學與真菌學
未來展望
1、加強微生物學、傳染病理學、免疫學的科學研究。
2、加強與法國境內各種研究機構、大學、醫院、醫藥廠商的合作，也透過巴斯德國際研究網與國外進行合作。
3、加強研究動力，吸取青年優秀人才以增進研究計畫的效率。
4、加強研究院的自主性，成立研究成果商品化部門，多方爭取研究資源。
國際合作
該院設有國際事務處，其任務在於與各個國際組織、私人或其他公立、私立合作機構進行研究計畫，並持續在南美、中東、非洲及亞洲發展區域園區
亞洲方面，除了太平洋地區的 新喀里多尼亞巴斯德研究中心、東南亞的高棉和越南巴斯德研究院之外， 2000 年設立香港大學巴斯德研究中心、 2004 年設立韓國巴斯德研究中心、同年亦設立中國科學院上海巴斯德研究中心。
