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楊仁山辦刻經處，一為刻印佛經，二為給佛教界提供一方研究場所。他把刻經與講學合為一體，在刻經處辦僧學堂“祗洹精舍”和“佛學研究會”，親自講授佛學，在當時影響頗大，被學者梁啓超稱為晚清思想界的一支“伏流”（地下河流）。在他的門下曾出現了歐陽竟無等佛學大師。清光緒（1875――1908年）初年，楊仁山曾作為隨員在英、法兩國“欽差署”供職。他在英國博物館中看到國內無處尋覓的中國古本佛經。甚為感慨，其刻經宏法的決心愈益堅定。這期間，他結識了日本佛學冢南條文雄，共同切磋佛學。後曾托南條文雄從日本等國尋回舊刻經卷二百八十餘部，其中有隋（581――618年）唐（618――907年）間失傳而千餘年未曾出現的典籍。他也為日本藏經書院編印的《續藏經》提供了所缺典籍百餘種，為中日佛教文化交流作出了貢獻。
“楊居士是位博學多識的開明人土”，刻經處的研究人員、83歲高齡的李安居士介紹說，“他興趣廣泛，對西方天文、測量和建築學均有研究，多次從國外帶回新儀器，並自造渾天儀、地球儀供學校教學使用。他還發起組織了測量學會。”楊居士曾給諸子留有這樣一則遺囑：“刻經處系吾三十餘年經營所成，永遠作為流通經典之所，爾等均不得認為己產。”這一開明之舉，在當時實所罕見。1911年楊仁山逝世後，門人遵照他的遺言，在經版樓前為他建造了墓塔。
楊仁山居土一生講學刻經，遺著頗豐，佛學界對他評價甚高，稱他為“近代復興佛學的一代宗師”。當代佛學家、中國佛教協會會長趙朴初先生在《金陵刻經處重印經書因緣略記》中這樣寫道：“近世佛教昌明，義學振興，居士之功居首。”
