第一次起義得到波美拉尼亞公爵希溫托佩烏克二世的支持。普魯士人起初占據上風，迫使騎士團退守區區5座最為堅固的城堡。但隨後局勢發生逆轉，公爵節節敗退，最終被迫與條頓騎士團議和。在希溫托佩烏克二世不再支持普魯士後，教皇英諾森四世的一名高級教士居中調停，雙方簽訂和約。但是，這份和約從未被遵守或實行，在1249年的克呂肯戰役後更是如此。
第二次起義被後世稱為“大普魯士起義”，這次起義在1260年，騎士團遭受其在13世紀的最大失利——杜爾貝戰役後爆發。這次起義時間最長，規模最大，對條頓騎士團威脅最大。在這次起義中，條頓騎士團再次退守其5座最為堅固的城堡。儘管教皇烏爾班四世多次催促，騎士團的援軍遲遲未到，而他們的形勢看起來會更糟。但對騎士團而言，幸運的是，普魯士人缺少團結，步調不一，且援軍最終在1265年左右到達普魯士。普魯士氏族一個接一個地投降，起義最終在1274年結束。後三次較小的起義則依靠外國援助，在1到2年內即被鎮壓。1295年的最後一次起義實際上結束了普魯士十字軍，普魯士成為了信奉基督教的德語地區，本地的普魯士人和大量來自德意志的不同邦國的定居者融入其中。
背景
| 條頓騎士團入侵時間表 | |
|---|---|
| 年份 | 普魯士氏族 |
| 1233–1237 | 波美薩尼亞人 |
| 1237 | 波格薩尼亞人 |
| 1238–1241 | 瓦爾米亞人 納坦吉亞人 巴爾蒂亞人 |
| 1252–1257 | 薩姆比亞人 |
| 1274–1275 | 納德魯維亞人 |
儘管普魯士人擊退了多布林騎士團的早期進攻，但他們在波蘭、東南方向的俄羅斯人和西方的條頓騎士團的打擊下落入下風。受馬佐夫舍公爵康拉德一世之邀，條頓騎士團來到庫爾姆蘭（海烏姆地區），康拉德一世此前對普魯士人發動多次進攻和十字軍，但後來請求騎士團保護他免遭普魯士人報復。條頓騎士團當時致力於聖地的十字軍，因而僅在1230年抵達。他們的第一個任務是在福格爾桑的維斯瓦河左岸，也就是在托倫對岸建立基地，一年後完工。在赫爾曼·巴爾克的領導下，騎士團沒有重蹈先前騎士團的覆轍，沒有向東邊的森林腹地推進。他們會沿著主要河流和維斯圖拉瀉湖修建加強的木堡（後來則用磚石建造），作為進一步擴張的根據地。在1231年至1242年間，騎士團已修建40座這樣的城堡。普魯士人在攻占城堡上困難很大，因為他們只善在開闊地作戰。大多數衝突發生在夏季或冬季。重裝騎士無法在融雪或秋雨浸濕的土地上馳騁作戰。夏季的軍事行動最為危險，因為騎士團會立刻在被征服地區建設新城堡。在10年間，騎士團的戰術被證明是成功的，7個主要的普魯士氏族中的5個被人數較少的條頓騎士團統治。但是，普魯士人會向這些入侵者發起反擊，在接下來的50年中發起5次起義。
第一次普魯士起義（1242年–1249年）
第一次普魯士起義由三起主要事件所引發。第一，條頓騎士團在1242年4月楚德湖戰役中敗給亞歷山大·涅夫斯基。第二，波蘭南部在1241年被蒙古鐵蹄蹂躪；波蘭在列格尼卡戰役中戰敗，條頓騎士團失去了其中一個經常提供部隊且最可靠的盟友。第三，波美拉尼亞公爵希溫托佩烏克二世正在與騎士團作戰，後者支持前者的兄弟登上公爵之位，將前者轟下台。這已暗示，騎士團的新城堡在維斯瓦河沿岸的貿易上，與公爵的領地存在競爭。一些歷史學家不加懷疑地接受了希溫托佩烏克-普魯士聯盟的說法，但其他人對此更加謹慎。他們指出，這些歷史資料出現在條頓騎士團的文獻上，而且騎士團很可能是要煞費苦心地說服教皇發動不僅針對異教徒普魯士人，也針對基督徒公爵希溫托佩烏克二世的十字軍。
普魯士人包圍條頓騎士團的城堡，試圖將它們都一網打盡，但未能攻下東部納坦吉亞、巴爾塔和瓦爾米亞地區的埃爾布隆格和巴爾加；西部的托倫、庫爾姆和雷登。1242年12月，騎士團足以攻下薩爾托維茨，這座希溫托佩烏克建在維斯瓦河岸上的城堡。希溫托佩烏克圍攻薩爾托維茨5周，但未能讓他收復這座城堡，希溫托佩烏克損失900人。1243年春，希溫托佩烏克又失去納克爾（諾泰奇河畔納克沃），這座城堡控制諾泰奇河貿易。在重重失利下，公爵被迫簽訂短期和約。1243年夏，普魯士人在約特溫吉亞人的協助下突襲庫爾姆蘭(海烏姆地區),並在歸途中,於6月15日在奧薩河岸擊敗追擊的條頓騎士團。400名左右的條頓騎士團士兵戰死，其中還包括他們的主帥。希溫托佩烏克在這次勝利的鼓舞下，聚集2000人的軍隊圍攻庫爾姆，但未成功。
條頓騎士團試圖建立反希溫托佩烏克陣線：馬佐夫舍公爵獲得普魯士、大波蘭公爵得到納克爾、而希溫托佩烏克的兄弟希望重獲他們繼承到的遺產。希溫托佩烏克在贊蒂爾修築城堡，那裡諾蓋河從維斯瓦河分出；他也建立一條從埃爾布隆格出發，到巴爾加的封鎖線。在這座城堡受到條頓騎士團攻擊時，封鎖線也被柯克船突破。在1245年末，希溫托佩烏克的軍隊在希維切慘敗，在1246年初再次遭受重創，其中1500名波美拉尼亞士兵戰死。希溫托佩烏克二世請求停戰，而英諾森四世派其高級教士列日的雅各，也就是後來的烏爾班四世處理和談的問題。但是，1247年條頓騎士團援軍抵達普魯士，戰火被重燃。1247年平安夜，騎士團包圍並攻下波美薩尼亞的一座主要要塞，後來他們將這座要塞命名為基督堡（傑日貢），新近抵達的梅森邊疆伯爵亨利三世征服波格薩尼亞人。希溫托佩烏克進行反擊，並摧毀基督堡，但騎士團又異地重建了基督堡。不論是普魯士軍隊，還是希溫托佩烏克的軍隊都未能攻占新城堡。布蘭登堡邊疆伯爵奧托三世突襲瓦爾米亞和納坦吉亞，迫使原住民投降。
1247年開始的和談成效寥寥，但新的和談被安排在1248年9月，和約在1248年11月24日獲簽署。希溫托佩烏克被迫將從他的兄弟那裡取得的土地歸還，允許條頓騎士團在他的領地通行，停止向在維斯瓦河上航行的船隻徵收通行費，不再向普魯士人提供任何援助。 普魯士人在1249年2月7日被迫簽署基督堡條約。這份條約向近來皈依的基督徒提供人身自由和權利。這份條約正式地結束了起義，但到了1249年11月，納坦吉亞人仍然在克呂肯戰役中與騎士團作戰，並擊敗後者。小衝突持續至1253年，有些文獻將這一年記為起義結束的時候。從這一點來說，這份條約不再有政治效力，但仍是一份令人感興趣的歷史文獻。
大普魯士起義（1260年–1274年）
準備和戰術大起義發生在1260年9月20日。這場起義的導火索是杜爾貝戰役，這場戰役中立陶宛和薩莫吉希亞軍戰勝利沃尼亞騎士團和條頓騎士團聯軍。因為這場起義遍及普魯士各地，每個氏族都推選一位首領：薩姆比亞人推選格蘭德、納坦吉亞人推選赫爾庫斯·蒙特、巴爾蒂亞人推選迪瓦努斯、瓦爾米亞人推選格拉佩、而波格薩尼亞人推選奧克圖梅。未參與起義的氏族是波美薩尼亞人。起義也得到了索多維亞人首領斯卡爾曼塔斯的支持。但是，起義方並沒有領導人來協調各路義軍的行動。赫爾庫斯·蒙特在德國受過教育，稱為諸位領袖中最著名也最成功的一個，但他也只領導納坦吉亞人。
普魯士人包圍了諸多騎士團所修建的城堡，不能向西邊派兵作戰。普魯士人並不熟悉西歐的攻城戰術與器械，而是主要依靠攻城要塞，切斷通往城堡駐軍的補給線。條頓騎士團不能發動大軍向飢餓的駐軍提供補給，小城堡開始陷落。這些城堡通常被摧毀，普魯士人只駐紮在幾個城堡中， 其中最著名的一個是黑爾斯堡（利茲巴爾克-瓦爾明斯基），這是因為他們缺少保衛其占領城堡，並向駐軍提供食物和補給的技術。1261年8月，列日的雅各（曾在第一次起義後議定基督堡條約）被選為教皇，也就是烏爾班四世。他對普魯士事務十分清楚，尤為支持條頓騎士團，在3年的教皇生涯中，他曾發出22份教宗詔書，請求援軍支援條頓騎士團。但是，援軍遲遲未至，因為波蘭和德意志的公爵忙於自身事務，而利沃尼亞騎士團正在鎮壓瑟米加利亞人起義。
條頓騎士團的第一路援軍在1261年初抵達，但在1261年1月21日的波卡爾韋斯戰役中被赫爾庫斯·蒙特擊潰。於利希公爵威廉七世率領另一路援軍從萊茵蘭出發，並在1262年抵達，亞歷山大四世曾責成他履行在普魯士十字軍的服役義務。這支軍隊破了柯尼斯堡之圍，但就在回鄉之時，薩姆比亞人重新圍城，並得到赫爾庫斯·蒙特與其麾下的納坦吉亞人的支援。赫爾庫斯隨後負傷，納坦吉亞人也撤退了，只剩下薩姆比亞人繼續圍城，但他們無法斷掉通往要塞的補給線，圍城最終失敗。普魯士人在攻占更深入普魯士地區的城堡時戰果更大（韋勞（現加里寧格勒州茲納緬斯克）除外），騎士團退守巴爾加、埃爾賓、庫爾姆、托倫和柯尼斯堡這區區五座要塞。大多數城堡在1262年到1263年間陷落，而巴爾騰斯泰因在1264年失守。普魯士人將奪得的城堡盡數摧毀，而不是用它們來鞏固自身防衛，因此圍城勝利後，普魯士大軍不必待在自己家鄉附近，可以自由地向普魯士其他地區調度， 突襲庫爾姆蘭和庫亞維亞。
1263年，傷愈的赫爾庫斯·蒙特率大軍突襲庫爾姆蘭，並得到大批俘虜。在回到納坦吉亞的路上，赫爾庫斯和他的手下與敵軍一支分遣隊遭遇，由此爆發洛保戰役，普魯士軍殺死40名騎士，其中包括條頓騎士團團長和主帥。普魯士人也得到立陶宛人和索多維亞人的支援。1262年夏，特萊尼奧塔和斯瓦爾恩進攻馬佐夫舍，殺死公爵謝莫韋特一世，並突襲庫爾姆蘭，激起波格薩尼亞人參與起義。但是，因為明道加斯遇刺身亡，隨後立陶宛政局動盪，立陶宛人未能參與之後的戰役。索多維亞人的首領斯卡爾曼塔斯分別在1263年和1265年突襲庫爾姆。.
1265年成為起義轉折點：更多支援條頓騎士團的援軍抵達普魯士，並且薩姆比亞投降。普列戈利亞河上的條頓騎士團城堡柯尼斯堡和韋勞將這一地區與普魯士的其他地方割裂開來。補給通過海路運往柯尼斯堡，同時這座城堡被用作基地用於向周邊的薩姆比亞地區發動突襲。利沃尼亞騎士團將軍隊送往柯尼斯堡，聯軍在一場決定性戰役中戰勝薩姆比亞人，迫使薩姆比亞人投降。1265年，兩路援軍從德意志出發抵達普魯士，這兩支軍隊分別屬於不倫瑞克公爵阿爾布列希特和梅森邊疆伯爵阿爾伯特二世，但未完全達到預期效果。1266年，布蘭登堡共治者奧托三世和約翰一世在巴爾加和柯尼斯堡之間的納坦吉亞地區建造城堡，命名為布蘭登堡（1945年後更名為烏沙科沃）。由於天氣惡劣，他們並未向普魯士發起軍事行動。
當公爵們返鄉時，布蘭登堡被格拉佩和麾下的瓦爾米亞人奪得。就在下一年，奧托回去重新修建城堡。但是，約翰和奧托雙雙在1267年末去世，而奧托的兒子也在一次騎士比武中身亡。接下來的布蘭登堡公爵並不和他們的前任一樣支持騎士團。1266年，第一次普魯士起義的支持者希溫托佩烏克公爵去世，他的兒子梅斯特溫和瓦爾齊斯瓦夫短暫地加入普魯士一方。1267年，波希米亞國王奧托卡爾二世終於抵達普魯士，此前他也曾在1254年參與普魯士十字軍，而教皇烏爾班四世曾承諾將他所能征服的所有普魯士土地都賜予他。他唯一的貢獻就是迫使梅斯特溫公爵與條頓騎士團和解。他的大軍不能參戰，因為早前積雪融化了，而重裝騎士在濕潤而沼澤叢生的春季幾乎不能作戰。
此時騎士團與普魯士人主要是在邊境地區打游擊戰。小股軍隊（由十幾人到一百人所構成）向農田、村莊、和崗哨等發動快速突襲。這是陣地戰，哪一方都不能幾百另一方，但條頓騎士團依靠將來從德意志和歐洲其他地方抵達的援軍，而普魯士人卻要消耗本地資源。在1249年克呂肯戰役中被俘的條頓騎士團被大規模殺害後，騎士團拒絕與普魯士人對話。而普魯士人也不能協調各路義軍，制定共同策略：每個部落都有自己的首領，而無一人指揮眾人。納坦吉亞人不得不對巴爾加、布蘭登堡、韋勞和柯尼斯堡的進攻嚴加關照，而瓦爾米亞人受到基督堡和埃爾賓駐軍的威脅。這樣看只有迪瓦努斯和他麾下的巴爾蒂亞人能繼續在西部作戰。他們每年都對庫爾姆發起較小規模的遠征。
1271年，普魯士連同波格薩尼亞人首領林卡組織一次較大攻勢。巴爾蒂亞人和伯格薩尼亞人包圍一座邊境城堡，但是被從基督堡到來的騎士團擋開。試圖逃離戰場的普魯士人加入他們的騎兵隊伍，而騎士團在達爾古內河（傑日貢河）紮營，封鎖起義軍撤退線路的終點。在晚上十字軍撤離過夜時，普魯士人兵分兩半，一半在路遠處渡河試圖從後面對騎士團發動突襲，而另一半直接渡河而去，兩路將騎士團包圍。在帕甘斯丁戰役中，12名騎士和500名士兵戰死。普魯士人立即攻打基督堡，幾乎就要將其攻下。當騎士團騎兵從埃爾賓抵達時，普魯士人仍在周圍掠奪財物。而在騎兵離開戰場時，已有很多普魯士人被殺。儘管遭受如此損失，迪瓦努斯隨後歸來，並封鎖通往基督堡的道路，希望藉此使城堡內人員受到飢餓之苦。迪瓦努斯在1273年圍攻申塞（萬布熱日諾）的一個小崗哨時被殺。
在1271年末，1272年初的冬季，伯爵狄特里希二世率領騎士團的援軍從梅森抵達。這支援軍入侵納坦吉亞，並圍攻了納坦吉亞的一座無名城堡。這次進攻使150名十字軍戰士喪生，但納坦吉亞的抵抗被削弱，這個地方被夷為平地。赫爾庫斯·蒙特帶領一小群手下被迫撤退到南普魯士的森林中。不到一年，他最終被俘，處以絞刑。最後一名普魯士人領袖，瓦爾米亞人首領格拉配，在他圍攻布蘭登堡（現烏沙科沃）時被騎士團從後方突入，最終被絞死。最後一支仍在反抗的部落時波格薩尼亞人，他們對埃爾賓發起一次令人驚訝的突襲，並伏擊了其中的駐軍。1274年，騎士團為報這遭突襲之仇，進行一次大遠征，占領位於海爾斯堡（利茲巴爾克-瓦爾明斯基）的起義軍司令部，結束整場起義。
騎士團進行重建工作，加固了被普魯士摧毀的城堡。很多普魯士人逃到索多維亞或立陶宛，或被強制遷徙。很多自由農淪落為農奴。當地貴族被迫皈依天主教，將家族成員押為人質，只有少數得到特權恢復貴族地位。從1274年到1283年，條頓騎士團又征服了斯卡爾維亞人、納德魯維亞人和索多維亞人（約特溫吉亞人）。
