研究經歷
張林琦張林琦博士畢業於北京師範大學生物系，畢業後即被英國愛丁堡大學選收為分子遺傳學系博士研究生。
張林琦博士現任清華大學愛滋病綜合研究中心常務副主任、教授，中國醫學科學院/北京協和醫學院病愛滋病研究中心主任，美國艾倫.戴蒙德愛滋病研究中心（Aaron Diamond AIDS Research Center）研究員。
主要成果
張林琦博士二十多年來主要從事AIDS的基礎和臨床研究，先後獲得美國國立衛生研究院（NIH）等科研機構的研究資助8項， 973 項目首席科學家， 科技重大專項 “ 愛滋病和病毒性肝炎等重大傳染病防治 - 創新型黏膜疫苗 ” 首席科學家。作為第一和第二申請人獲得的資助經費達1047萬美元。
他在國際上率先與何大一教授一起從HIV-1病毒學、宿主免疫學、遺傳學（如基因突變和多態性特點）等方面，闡述了HIV-1感染和發病機制，而且建立了動態模型並提出了愛滋病的客觀評價指標，對臨床療效和預後的判斷作出了重要貢獻。
1993年起在何大一教授領導的美國艾倫.戴蒙德愛滋病研究中心（Aaron Diamond AIDS Research Center），主要從事 "HIV感染者治療前後體內病毒學基因變異、宿主基因多態性和免疫學特徵"等課題的研究。首先報導了人體不同細胞中HIV-1協同受體CCR5和CXCR4的分布特點，發現T淋巴細胞群表面協同受體的表達水平最高。同時指出HIV-1病毒亞型與協同受體CCR5和CXCR4之間相互結合的關係，提出了是病毒表型而不是病毒基因型決定了病毒與協同受體CCR5或CXCR4結合。
此外他在何大一教授指導下，通過長期觀察抗病毒治療的愛滋病患者體內的靜止細胞中儲藏的殘留HIV的動態過程，提出了病毒複製及其動態變化的模型，為徹底改進抗愛滋病的藥物治療的方針策略提供了科學的依據。 研究論文分別發表在臨床醫學權威雜誌 "New England J. Medicine" 、 "Nature" 等，連續五年被 SCI 檢索為引用頻次為國際上最高的前五名論文之列。
1998年張林琦博士被洛克菲洛大學校長任命為副教授和高級研究員，承擔多項重要研究課題。由於胸腺是體內產生T淋巴細胞的主要器官，對胸腺在HIV感染過程中的研究就顯得格外地重要。他和他的同事利用實時PCR的方法，在世界上首次定量出體內胸腺的活性，並對HIV對胸腺活性的影響進行的初步的研究。這個省時、高效、高精確度的定量方法直接可以從病人的血液中得到胸腺活性的指標。
更重要的他發明了多種病毒學及免疫學定量指標和方法，特別是通過胸腺細胞中RTEs基因產物的研究，提出了RTEs基因產物減少與愛滋病患者CD4 T細胞降低的速率相關的學說。
這些成果為目前廣泛推廣的愛滋病抗病毒治療後的免疫重建模式奠定了可靠的定量依據。同時對進一步的開展藥物治療與免疫治療相結合的治療方案提供了科學的線索。這些病毒學及免疫學定量方法，對於HIV/AIDS臨床治療有著直接的指導意義。近年來他分別在國際上最著名的雜誌（如：Nature Medicine、Nature、J Clin Invest、Lancet、New England J Med, Science和J.Exp.Med）發表論文，被SCI收錄83篇。檢索其中的31篇在近五年來被引用1891次。影響因子高達293目前，張林琦教授多次被國際會議和國內大學邀請作學術報告和合作研究，是愛滋病領域年富力強的實力派科學家。
研究方向
愛滋病病毒的致病機理
愛滋病病毒與免疫系統的相互作用關係
抗愛滋病病毒疫苗和藥物的研發
抗愛滋病病毒抗體和淋巴細胞免疫反應的研究與套用
目前工作主要集中在加強中美雙方在HIV/AIDS領域的基礎與臨床研究合作。
代表文章
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擔任職務
2008年張林琦博士全職回國，現任清華大學基礎醫學系主任，清華大學病毒研究所所長，清華大學愛滋病綜合研究中心常務副主任、博士生導師，長江特聘教授。
所獲獎勵
近十年在國內所獲獎勵及資助
2003年，獲“ 海外傑出青年基金”；
2006年，在國家“十一五” 中長期規劃中榮獲國家重點基礎研究發展計畫（“973”計畫）“ 人類免疫缺陷病毒生物學和免疫學應答機制研究”任首席科學家。
2007年，先後被評為“ 新世紀百千萬人才工程”國家級人選，獲國家“ 傑出青年科學基金”資助；
2007年，受聘為教育部“ 長江學者”特聘教授；
2009年，國家“十一五”科技重大專項“ 愛滋病和病毒性肝炎等重大傳染病防治”項目中“ 創新性愛滋病黏膜疫苗的研究”的首席科學家。
