基金的投資運作可以分為三個層次：大類資產配置、行業資產配置、個股選擇。這是了解基金投資運作、預測其未來業績走勢的基礎之一。大類資產配置指的是基金管理人對基金投資於股票的資金、債券的資金、留存的現金這三大類基金資產的調配管理。
按照《證券投資基金運作管理辦法》對於基金類別的劃分，股票基金必須有60％以上的基金資產投資於股票；債券基金必須有80％以上的基金資產投資於債券；貨幣市場基金則是僅投資於貨幣市場工具的基金；混合型基金則投資於股票、債券和貨幣市場工具，且股票投資比例可以低於60％，債券投資比例可以低於80％。
就目前市場已有的基金情況來看，股票基金的股票投資比例最高可以達到95％，債券投資比例最高可以達到35％；債券基金可以100％地投身於債券市場，以及設定有少量的股票二級市場投資、新股投資；混合型基金的股票投資比例最低可以為零，最高可以達到90％左右，是資產配置策略最為靈活的基金。
行業資產配置主要在行業之間進行比例配置。
當前的國內經濟活動可以劃分為若干個行業，如中國證監會對上市公司就統一划分出了22個行業。由於行業的經濟定位不同、行業的發展特徵有區別、國內和國際不同的經濟運行周期的影響，不同的行業在不同的時候有不同的發展狀態，進而會影響到相關行業的盈利情況，然後影響到相關上市公司的盈利情況，最後影響到投資於這些行業的相關基金的績效情況。
例如，2005年年報的統計分析數據顯示，上市公司業績與巨觀經濟行業景氣關聯度進一步增強，行業分布特徵明顯。在國民經濟繼續保持穩定增長、全國工業經濟整體運行良好的大環境下，22個行業中有8個行業的上市公司淨利潤超過前一年，一些基礎行業，如採掘業、金屬非金屬、電力、交通等盈利情況良好，金融、房地產等六大行業去年均出現了高速增長。期間重點投資於這些行業的很多基金均取得了較好的收益。
個股選擇。基金的投資行為最終落實到具體的個股選擇上。鑒於各個基金公司、基金經理對於個股研究與認識的不同，不同基金對於不同個股的投資力度有很大的差別。對於同一隻股票，有的基金購買，有的基金不購買；有的基金重倉投資，有的基金買的很少。另外，在同一家基金公司的不同基金中，經常會有很多基金集中購買某隻股票的情況。
通過基金公司每個季度公布的投資組合數據，投資者可以很清晰地了解基金們截止到上個季度末期的持倉情況，即大類資產、行業，以及前10隻重點投資的股票。由於季報信息披露的時間差，以及基金經理的操作風格因素、特殊市場情況的影響，只有極少數基金到數據披露的時候持倉情況會有重大變化。在此基礎上，結合專業研究機構對於各個行業未來業績趨勢的分析，就可以為市場預測基金在“新賽季”的績效表現提供一個較為全面的參考。
就目前的市場狀況來看，經過了將近一年的牛市行情之後，部分基金在不斷的輕鬆獲利下有所麻痹，上述三大類資產的配置方面可能存在著超比例配置的現象，很多基金較為明顯地忽視了對於資產流動性風險的控制與防範。
在大類資產配置策略方面，只要是涉及到股票投資的基金，如股票型基金、偏股型基金、平衡型基金、偏債型基金，甚至包括一些債券基金、保本基金，很多基金都將對於股票資產的配置比例提高到了基金契約的上限附近。同時，由於今年以來開放式基金良好的盈利效應，使得基金的贖回壓力較以往大為減輕，這就更讓一些基金在大類資產配置方面產生了僥倖大意的思想。在這種情況下，規模越大的基金，風險相對越高。
基金投資運作過程中的超比例配置現象還表現在行業方面，在共同看好某些行業的情況下，市場上就出現了共同高比例投資某個行業的現象，其結果就是相關行業的估值偏高。由於行業配置方面的風險控制量化指標不如個股透明度高，其中所蘊含的風險可能就會相對更高。通常規模越大的基金，在規避行業風險方面的難度也就更大。
具體到了每一隻股票，無論是基金公司，還是具體的基金，超比例配置的情況當然是沒有的。但是，對於未來的共同認識常常會使很多基金公司、很多基金扎堆在少數的股票上，其中的流動性風險就不言自明了。這么多的基金公司、基金生死與共，無論對於哪一方來說都不是好事。
從大道理上講，基金的投資運作是一個長期的行為，但部分基金短期內或者淨值損失較多，或者淨值踏步不動，在就值得市場深思了，上述三種風險過大就是一個相當重要的原因。基金淨值的走勢與股票市場交易價格的走勢具有不同的內涵，投資基金與投資股票也有不同的投資策略，而投資者通過了解這些投資策略就可以從中進行套利。
