坎波-福米奧和約的簽訂使義大利軍團的活動也發生了變化，他們沿阿迪傑河在與奧地利劃定的新疆界上設定了警戒線，變成了一支占領軍。撒丁國王已經流亡國外，皮埃蒙特成了法國的一個行政區，倫巴第及其毗連的幾個公爵領地也構成了一個臣屬於法國的新的國家，名為西沙爾平共和國。巴黎督政府和羅馬教皇之間的積怨仍有增無減，因此拿破崙之兄約瑟夫被派往羅馬任大使以便在那裡激起親共和的感情，並削弱教皇的世俗許可權。由於拿破崙的勝利，法國已經擴張到了其“自然疆界”之外。
此時，督政官們又為這位擊敗了其奧地利勁敵的青年常勝將軍找到了一個新差使，即征討剩下的唯一勁敵英國。1797年10月27日，坎波-福米奧和約簽訂後的第十天，拿破崙被任命為新的英吉利軍團司令，原萊茵軍團的德塞將軍任副司令。萊茵軍團和義大利軍團的法軍精銳都撥給了這個新組建的軍團。12月初，拿破崙被督政官們召回巴黎。12月9日，貝爾蒂埃接任義大利軍團司令，馬塞納大失所望。12月5日，拿破崙到達巴黎時受到了凱鏇般的歡迎。12月10日，督政官們在盧森堡宮[譯者註：盧森堡宮，1615-1620年法國王妃瑪麗·德·麥第奇在塞納河左岸建造的宮殿，現在成為上議院。]為他舉行了正式的歡迎大會，而塔列朗[註：夏爾·莫里斯·塔列朗(1754-1838)1788年為奧頓主教，1790年為國民議會議長，1797年7月為外交部長，1806年被拿破崙封為本尼凡托親王。]則在外交部設宴招待他。他被選為法蘭西研究院院士。
拿破崙立即著手為他入侵英格蘭的新使命擬制計畫。在此之前，奧什將軍於1796年12月曾試圖在愛爾蘭西南的班特里灣登入末果；1797年2月，在彭布羅克希爾的費希加德的另一次登入企圖，因計畫不周也遭到了失敗。總之，這是自1066年以來一直未獲成功的海陸軍聯合行動的最新嘗試，不過這次規模更大些罷了。拿破崙首先著手辦的事情之一便是命令兵工廠鑄造英國口徑的火炮，以便“一旦我們在該國登入就能使用英制炮彈”。這是一位炮兵軍官所採用的明智的預備措施。不過，當他進一步探明海軍可提供的運輸船隻的數量後，他就發現他的入侵計畫不那么切實可行了。1798年2月中旬，他巡視了英吉利海峽的幾個港口以研究港口的裝載設施。返回後，他便斷定這個計畫是行不通的，因為法國海軍還不具備充分的制海權。2月23日，他就此向督政府作了匯報。
塔列朗此時向督政府提出了一個新的計畫，即出兵遠征馬爾他和埃及，因為這樣可以切斷英國與其屬地印度之間的交通線。由於事前塔列朗曾與拿破崙討論過此事，所以這個提議正合拿破崙的心意。3月5日，拿破崙向督政官們報告說，這次遠征，他估計需要二萬五千步兵，三千騎兵，六十門野戰炮和四十門攻城炮。4月12日，督政府頒令組建東方軍團，拿破崙任司令。
征服埃及是法國統治者自十字軍東征以來，一直夢寐以求的偉業。路易十四盤算過此事，路易十五的外交大臣什瓦澤爾在拿破崙誕生的那一年也做過這樣的夢。然而，這項計畫卻涉及到一個十分棘手的外交問題。這是因為自1536年以來，法國一直與土耳其蘇丹結盟，而後者又是埃及名義上的君主。1797年8月16日，拿破崙上書督政府說：“我們正確評價奪取埃及的必要性以便有效地摧垮英國的日子已為期不遠了。”他建議派機敏的塔列朗作為特使赴君士坦丁堡，勸說土耳其蘇丹容許法國人以土耳其的名義，從其實際的統治者馬穆魯克的手中收復埃及。
1517年，土耳其蘇丹薩里姆一世曾從馬穆魯克蘇丹的手中奪取埃及。“馬穆魯克”(阿拉伯語意為“奴隸”)這個詞是容易引起誤解的。馬穆魯克本是十三世紀時，埃及的阿拉伯蘇丹從高加索輸入的一批信奉***教的奴隸，其後構成了阿拉伯蘇丹軍隊的核心。馬穆魯克的勢力日益坐大，不久就篡奪了埃及的政權。直到十六世紀他們才為土耳其人所征服。但即使如此，他們還是構成了埃及的特權統治階級，只不過每年向土耳其奧托曼蘇丹納貢而已。哈里發[註：哈里發，為伊期蘭教國家政教合一的領袖稱號。]是他們有名無實的統治者，而蘇丹派往埃及的帕夏[註：帕夏，為土耳其等國的高級軍政官銜。]即土耳其駐開羅總督實際上並沒有多大權威。馬穆魯克在尼羅河三角洲及其河谷享有無可爭辯的權勢，他們只把周圍的沙漠留給貝督因遊牧部落的酋長們治理。
拿破崙把征服的矛頭對準埃及時，心中還有進一步的目標，那就是摧毀英國在印度日益增長的勢力。他想以埃及為墊腳石東進，如他所希望的那樣，與土耳其結盟，然而再與邁索[註：邁索，位於印度南部。]的蒂普蘇丹聯合起來，把英國從印度趕出去。當時恰巧有一位名叫亞瑟·韋爾斯利的英軍中校在印度組織了一支遠征軍征討蒂普蘇丹。拿破崙進軍印度的構想，也並非異想天開不可思議。法國在印度洋所擁有的領地模里西斯島也可以構成東進的另一塊墊腳石。頗有意味的是拿破崙動身前往埃及時在其圖囊里就裝有詹姆斯·倫內爾1781年出版的包括印度斯坦一側的戰區和貿易區的孟加拉灣地圖冊。
馬爾他島位於通往埃及的途中，也是一塊令人眼饞的肥肉。它控制西西里海峽，具有重要的戰略意義，當時為耶路撒冷的聖約翰騎士團所把持。聖約翰騎士團是中世紀騎士制度和十字軍東征殘存下來的騎士團的後裔。這幫人養尊處優，無所用心。俄國和奧地利當時都想染指該島。因此，防止該島落入俄奧之手，正是法國利害之所在，況且瓦萊塔港還可以構成一個優良的基地以對付英國艦隊。所以，督政官們立即批准了奪取馬爾他和埃及的計畫。另一方面，為這位野心勃勃的青年將軍找到了一個好差使，他們也許非常高興，他們希望他遠離巴黎，在外呆得越久越好。
東方軍團的組建工作進展很快，拿破崙有權任意挑選軍官和部隊。貝爾蒂埃自然又成了他的參謀長，其參謀班子由他的弟弟路易，他的繼子歐仁·博阿爾內，上校馬爾蒙、繆拉和朱諾，中校迪羅克和上尉拉瓦萊特組成。貝西埃爾上校指揮司令官的私人衛隊。5月9日，拿破崙由巴黎到達土倫，檢查三萬七千官兵登船的最後準備工作。在登船前夕，他向部隊發表了動人心弦的演說，答應在他們回國時每人分給六英畝土地。
這支遠征隊最顯著的特徵也許是它含有一支由167位科學、技術和文化專家所組成的考察團。他們是去調查研究埃及的自然資源和古代文物的。他們之中有博物學家、物理學家、化學家、地圖測繪人員、工程師、考古學家和藝術家。在徵集這支隊伍時，拿破崙得到了他的科學顧問和朋友蒙日(1746-1818)的大力協助。他們之間的關係類似第二次世界大戰期間，徹韋爾勳爵與邱吉爾首相之間的關係。拿破崙在科學和文史方面均有廣泛的興趣，他還是一名出色的數學家。誠如後來所證明的，這次遠征在考古和科學方面所取得的成果比其軍事價值要偉大得多。
5月19日，這支大船隊從土倫啟航，它由三百餘艘運輸船組成，裝載了二萬五千名步兵、三千名騎兵、三千名炮兵和工兵。布律埃斯中將(1753-1798)指揮的十三艘大型戰艦和六艘快速帆船負責護航。拿破崙乘坐的是布律埃斯的旗艦“東方號”。航行途中，來自科西嘉、熱那亞和契維塔韋基亞等地的船隊也先後加入進來。
這次遠征的保密工作做得很好，僅有少數幾位高級軍官知道他們正駛往埃及。官方直到最後一刻還稱他們是英吉利軍團的左翼。有關其航行的訊息，兩周后才傳到英國，而且即便在那時，皮特首相還以為法軍要在愛爾蘭登入。僥倖的是皇家海軍倒非常警惕。聖文森特勳爵的地中海艦隊當時正封鎖著西班牙港口加的斯，因為那裡停泊著一個西班牙海軍中隊。5月2日，他派納爾遜海軍中將進入地中海去摸索並擊毀法國的船隊。納爾遜的艦隊最後是由十四艘戰列艦，二艘快速帆船和一艘海岸炮艦組成的。如果它能截住拿破崙的艦隊則一定能輕而易舉地重創法國遠征軍。由於風暴和逆風的影響，納爾遜直到拿破崙早已駛遠後才到達土倫。然而遺憾的是他與自己的快速帆船分開了，這就不利於他在遼闊的地中海搜尋極力躲避它的敵人。拿破崙這支龐大的船隊在英國船隊行蹤不明的情況下，緩緩駛向公海，這的確是一種令人難以置信的莽撞的冒險行為。儘管這次賭博成功了，但那也不過是僥倖而已。
6月9日，拿破崙平安抵達馬爾他島。登入部隊在該島分數處上岸，並立即圍攻設防的瓦萊塔港。騎士團只作了象徵性的抵抗便於6月12日上午三時放棄了這座堅不可摧的要塞。在其後六天裡，拿破崙極為繁忙，他視該島為法國的一個屬國，重整那裡的政府和經濟。他留下沃布瓦將軍的四千法軍鎮守馬爾他，並於6月19日繼續航行。6月30日，拿破崙抵達埃及水域。
從土倫至亞歷山大港的整個航程用了六周時間。途中曾碰到過幾次風暴。由於艙內擁擠加上很多人暈船，所以官兵們苦不堪言。食物變質得非常快，而在馬爾他又找不到多少補給品。因此，在抵達亞歷山大前夕，拿破崙告誡部隊要作好吃苦的準備，並要求他們尊重***教，上岸後力戒擄掠。
在遠征船隊駛近埃及海岸時，拿破崙派了一艘快速帆船先行，以偵察亞歷山大港。這艘快速帆船於6月29日駛抵該港，找到了法國領事馬戛龍，並於次日把他帶回旗艦。從這位領事的口中，拿破崙得知納爾遜的一艘艦船在兩天前曾到過亞歷山大。這位領事還告訴他，該城將會抵抗進攻，埃及當局也不會允許他的任何船隻進港。拿破崙聽說納爾遜的艦隊就在附近游弋，心中十分不安，便決定立即在港西的開闊灘頭登入。布律埃斯將軍力勸他不要這樣做，因為岸邊水淺，運輸船只能在離岸三英里遠的水面拋錨而當時又正刮著北風。他指出在亞歷山大港以東十四英里處的阿布基爾灣有一個隱蔽的錨地和灘頭，是一個合適得多的登入地點。然而拿破崙擔心英國艦隊會隨時來襲，便拒絕了這位海軍將領的忠告，並堅持立即在小漁村馬拉布特附近登入。該村在亞歷山大以西八英里處。
1798年的亞歷山大可不是在英國占領下經過一個多世紀的發展而形成的今天這樣一個擁有上百萬人口的大商港。當時僅有一萬六千人，是一個破舊小鎮，港口很小而且尚未開發。對於開羅而言，當時主要的港口是達米埃塔，該港位於尼羅河的東口，在亞歷山大港以東一百二十英里。
7月1日中午，儘管刮著北風，部隊還是開始在馬拉布特登入。登入行動是緩慢而艱難的，但是到第二天拂曉時，由邦、梅努和克萊貝爾[註：克萊貝爾將軍(1753-1800)，他1789到1796年間在萊茵軍團服役時就屢建戰功。1799年8月，拿破崙離開埃及時，曾把東方軍團的指揮權交給了克萊貝爾，1800年6月14日他被一名埃及狂熱份子刺殺。]所指揮的三個師中的部分官兵已經登岸，只是沒帶火炮、騾馬和給養。所有的人都暈了船而且有些人還被淹死。拿破崙決定立即向亞歷山大前進，儘管他只有四千人上岸而且沒有炮兵。他們沒帶食物和水，沿著沙丘痛苦地向前進軍並迅即向該鎮發起衝擊，結果只遇到了微弱、零星的抵抗。中午時分，法軍以傷亡三百人的代價占領了亞歷山大，不過克萊貝爾和梅努兩位師長也負了傷。
拿破崙用阿拉伯文向當地居民發布了一份異乎尋常的告示。他聲稱法國人不是來打埃及人，而只是打擊壓迫他們的馬穆魯克統治者。他還宣稱法國人是真穆斯林，並早已廢黜了“經常挑唆基督徒與穆斯林打仗”的教皇。因此，他要求所有真正的埃及人應幫助法國人驅逐馬穆魯克。然後，他便向當地教長和阿訇授以三色勳章。
六天之後，所有的部隊和物資都上岸了。拿破崙把全軍分成五個師，開始向開羅進軍。克萊貝爾率二千人留守亞歷山大並任總督，梅努受命占領羅塞塔後也留任總督。梅努的師由維埃接管，而克萊貝爾的師由杜高接管。杜高師先向東開赴羅塞塔，然後由羅塞塔沿尼羅河的西面支流溯河而上，保護由船隻運送的輜重、彈藥和文職人員；佩里上校指揮的炮艇負責護航。拿破崙則率德塞、雷尼埃、邦和維埃的四個師抄近路，穿沙漠，經達曼胡爾向尼羅河上的拉曼尼亞進軍。這段長達五十二英里的進軍是在全年最炎熱的季節進行的。拿破崙陷入了幾乎完全無水的沙漠，一群群騎馬的阿拉伯人在其翼側伺機而動，隨時準備捕殺掉隊的法軍。令人難以置信的似乎是拿破崙竟疏忽到這種程度，他不但沒有給部隊提供熱帶服裝而且連水壺也沒有準備。部隊乾渴難熬，口糧也僅是從船上帶來的硬餅乾。任何跟不上大部隊的掉隊者都會遭到貝督因人的凌辱和肢解。部隊不敢歇息一氣走到尼羅河邊，在那裡又因暴食西瓜而普遍腹瀉。部隊士氣低落，而師長們也紛紛在拿破崙面前叫苦不迭。
在拉馬尼亞，這支沙漠縱隊與杜高師會合了。杜高師自羅塞塔溯尼羅河而上的進軍則輕鬆得多。儘管拿破崙的四個師一路歷盡艱辛，他還是決定不讓他們休息，為了趁馬穆魯克面對拿破崙十天前的登陸尚驚魂未定之際打它個措手不及，他必須立即向上游一百餘英里的開羅進軍。7月11日下午，他檢閱了部隊並告訴他們明天就可能遇到敵人，他獲悉馬穆魯克的前衛在穆拉德的指揮下已抵達其南面八英里處的舒卜拉基特，而且還得到了一隊炮艇的支援。
法軍在12日夜間繼續行軍並於拂曉前抵達舒卜拉基特。在這裡，拿破崙把每一個師都組成一個方陣，每個方陣六列縱深，在方陣的四角都配備有火炮；五個方陣成梯次配置，杜高師在左側，靠近尼羅河以便與船隊保持聯繫。日出時，各團樂隊在方陣中奏起了馬賽曲。這時，法軍看見馬穆魯克的騎兵已經作好了戰鬥準備，大約有一萬至一萬二千人。穆拉德的戰士們策馬向前想試探法軍的方陣，結果發現到處都是法軍的槍刺刀叢。最後他們開始衝鋒，但立即遭到了滑膛槍和霰彈的迎頭痛擊。他們反覆衝殺，始終未能攻破法軍的方陣。在左翼，佩里的船隊卻遇到了麻煩，由希臘水手操縱的馬穆魯克的七艘炮艇咬住了他。佩里僅有三艘炮艇和兩艘載著所有科學家和其他文職人員的大駁船。法軍船隊大約傷亡了三十人，可是佩里的炮艇卻有一炮直接命中了馬穆魯克旗艦的彈藥艙，艦上的人全被炸死。其餘的炮艇驚慌失措，一片混亂，不戰自退。
將法軍以師為單位組成方陣來對抗馬穆魯克的騎兵衝擊，這是拿破崙在舒卜拉基特會戰中臨時想起的一個非凡的戰術應變措施。在此以前，法軍從未採用過這種隊形。英軍在半島戰爭期間，每當步兵暴露在騎兵攻勢面前時倒常採用營方陣，但從未如此大規模地以整師的兵力構成方陣，拿破崙也許是從他過去對亞歷山大的馬其頓方陣所作的歷史研究中推演出來的，這無疑為對付馬穆魯克的戰術提供了答案。
交戰一結束，拿破崙立即乘勝追擊潰退之敵。儘管怪石嶙峋且天氣酷熱難熬，法軍仍勇往直前。7月20日傍晚，法軍抵達離開羅只有12英里遠的尼羅河分叉處。在那裡，拿破崙獲悉馬穆魯克的全部軍隊都在開羅以北的尼羅河兩岸嚴陣以待。穆拉德在左岸的因巴拜，而易卜拉欣則在右岸的布拉克。在他們之間，還有一支馬穆魯克的武裝船隊守衛在河上。
法軍於21日凌晨2時開始進發，大約到下午2時，就碰上了在因巴拜掘壕據守的馬穆魯克，他們大約有步兵一萬二千人，同時翼側有五千騎兵。而法軍五個師計有戰鬥兵力二萬五千人。金字塔遠遠望去赫然聳現。拿破崙又象在舒卜拉基特一樣把五個師擺成了五個方陣，德塞在右，杜高在左(靠近尼羅河岸)。法軍方陣剛剛擺好，穆拉德就率其全部騎兵向法軍衝擊。結果與舒卜拉基特時一樣，只不過規模更大些罷了。馬穆魯克的騎兵以令人難以置信的英勇反覆衝鋒，但都遭到法軍霰彈和排槍的射殺。經過兩小時的激戰，馬穆魯克損失了七八百人，這才棄陣而逃。穆拉德經開羅向尼羅河上游退去，而易卜拉欣則率右岸的部隊朝東北方向的西奈沙漠逃去。法軍也傷亡了三四百人。
十天之後，拿破崙好運已盡，厄運降臨。他原留在亞歷山大的艦隊是由布律埃斯將軍指揮的，但拿破崙走時並未對其下一步行動路線作明確的指示。布律埃斯的艦隊既可在那裡的舊港隱蔽，也可在舊港以東十四英里相當隱蔽的阿布基爾灣錨泊。如果這兩地都不合適，他還可以駛往八百英里外的科孚島。布律埃斯在測量了舊港的水深後斷定舊港容不下他的全部艦隻，而且一旦納爾遜的艦隊出現，他的艦隊就會陷入困境。因此，他決定把他的十三艘戰艦和四艘快速帆船停泊在阿布基爾灣，在距海岸約一英里半遠的海面上與海岸平行成一字擺開。
8月1日下午，納爾遜的十四艘戰艦，載著一千門火炮，順風駛向阿布基爾灣。布律埃斯為之就範。那天下午，他的水手正好有一半在岸上蒐集飲水和給養。納爾遜的艦隻向他們逼近，其中有些艦隻冒險駛進法國軍艦和淺灘之間的狹窄水道。法國軍艦沒有料到朝陸地的那面會受到攻擊，沒有在那邊配置炮手。現在法艦兩側都受到近距離炮火的掃射。儘管他們也進行了英勇的抗擊，但終為掌握更佳的駕駛技術和射擊技術的英軍所擊敗，布律埃斯將軍戰死。當晚他的旗艦“東方號”也起火爆炸。次日拂曉，除了在後面的維爾納夫將軍的海軍中隊外，所有的法軍艦隻都被打得不能動彈。維爾納夫的兩艘戰艦和兩艘快速帆船由於未與敵艦激戰才得以脫險。納爾遜的艦隊也由於損傷慘重而無力追擊。
儘管自己的指示非常空泛，但拿破崙還是把這次慘敗的責任全推到那位倒霉的海軍將軍身上。至此，他的軍隊與法國的聯繫已被切斷。僅剩下亞歷山大港的兩艘快速帆船和幾艘傳遞公文的船隻，而那些船隻也冒被胡德準將殲擊的風險。胡德準將的中隊是納爾遜專門留下來封鎖埃及海岸的。這么一來，這位埃及征服者的形勢就不妙了。儘管他在兩次戰鬥中都擊敗過馬穆魯克，但他並沒有消滅他們。易卜拉欣已越過西奈半島退往巴勒斯坦，而穆拉德則往南退到了上埃及。
9月2日，即阿布基爾灣海戰一個月之後，土耳其向法國宣戰。而拿破崙過了很久才得知這個訊息。拿破崙即使知道了也裝做不知道。其實，這件事是於他極為不利的。第一，它使抗法運動強硬起來，這一抵抗運動不僅得到了馬穆魯克的支持而且也得到了廣大農民和貝督因牧民的回響，因為蘇丹和哈里發已向這些異教徒發起了聖戰。第二，這就使拿破崙的那些宣傳成了一派胡言，因為他一直都聲稱他是代表其朋友和盟友蘇丹從馬穆魯克的壓迫之下解放埃及的。第三，這還意味著孤守埃及的法軍最終必將受到土耳其的陸軍和英國海軍的聯合進攻。
然而，拿破崙對這些危險卻視而不見，繼續鞏固他在整個埃及的權力。在把易卜拉欣逐到西邊的巴勒斯坦後，他在八月底又派德塞率一個戰鬥力較弱的師和幾艘炮艦溯尼羅河而上去追擊穆拉德的殘兵。儘管德塞以巨大的精力和決心執行這項任務，但仍未取得決定性的勝利。德塞不顧重重困難，把穆拉德一直追到亞斯文，在那裡他為第一大瀑布所阻。他甚至還派了一支駱駝隊去占領紅海邊的古賽爾，以便阻止穆拉德獲得麥加方向的阿拉伯部隊的增援。馬穆魯克及其阿拉伯盟友雖然屢戰屢敗，但他們通常都能設法避免決定性的會戰。
此時，拿破崙在開羅還有個人煩惱有待解決。他已了解到約瑟芬對他不忠，因此他的脾氣也變得越來越暴躁。為了尋求安慰，他勾引了一個騎兵少尉的妻子。這個女人是在土倫偷偷登船跟丈夫一起過來的。10月21日，在開羅爆發了一場意外的反抗法軍占領的暴亂，但兩天之內就被無情地鎮壓下去了。愛資哈爾清真寺據認為是暴亂的中心，結果遭到了毀滅性的炮擊。拿破崙給在羅賽塔的梅努的信中說：“在開羅這邊，我平均每天要砍五六個人頭。”
將近12月底時，拿破崙率一支小型偵察隊前往蘇伊士，該地早已為邦將軍所占領。他的主要目的是想獲得西奈半島的阿拉伯部落的友誼以便實現其進軍印度的偉大夢想，這一夢想像海市蜃樓一樣浮現在他的腦際。其實在來埃及之前他就制訂了這一計畫，但當時是想與土耳其結盟來執行這一計畫的。既然自己的行動已引起了土耳其的反對，他就寄希望於阿拉伯世界起來反對他們，因此他的這一著比T·E·勞倫斯[譯者註：T·E·勞倫斯(1888-1935)世稱阿拉伯的勞倫斯，是英國考古學家、軍人及作家。]的夢想還要早。他新近獲悉敘利亞的土耳其總督傑查(外號“屠夫”)正在阿克附近集結一支土耳其軍隊準備入侵埃及。
拿破崙決定先發制人。他計畫進軍阿克，擊敗傑查，然後率領新召募的五萬大軍(包括法國人，阿拉伯人和努比亞人)逼迫蘇丹言和，進而協助他進軍印度。11月19日，他給傑查下了最後通諜：“如果你繼續在埃及邊界為易卜拉欣提供避難所，我將視之為戰爭行為並將向阿克進軍。”由於未獲答覆，拿破崙便按計畫行事。為了入侵巴勒斯坦，他集結了一支由四個師組成的遠征隊，分別由克萊貝爾、邦、拉納和雷尼埃指揮；杜高留下鎮守開羅，梅努駐防羅賽塔。德塞師仍留在上埃及征討穆拉德。1799年1月25日，拿破崙給在塞林加帕坦的蒂普蘇丹寫了一封信，告訴他“一支難以數計和無往不勝的法軍”即將把他“從英國的鐵枷下”解救出來。然而，他卻未料到四個月後，蒂普蘇丹竟會陳屍於他的要塞的殘垣斷壁之中，英國的阿瑟·韋爾斯利中校成了那裡的總督。
拿破崙於2月10日從開羅出發。其前衛雷尼埃師比他早走了兩周，但2月8日，在阿里什，卻受阻於土耳其的邊防要塞。與當初相比，法軍現在較為適應這裡的水土了，而且為了適應沙漠作戰還改善了部隊的裝備，大多數人都有了水壺，還發放了熱帶棉布制服。但這又有不幸之處，因為拿破崙沒有料到巴勒斯坦沿海地區二月份的天氣特別寒冷潮濕。這次的氣候就非常惡劣，結果部隊吃了不少苦頭。
2月17日，當拿破崙到達阿里什時，他發現雷尼埃師和克萊貝爾師久攻不克，至今依舊在土耳其要塞面前止步不前，不禁非常惱火。由於過分樂觀，他在達米埃塔把所有的攻城炮都裝船海運，預定在阿克卸載供他使用。然而在預定的航線上卻為英國海軍所截獲。於是，他便集中所有的野戰炮對敵人要塞猛轟。2月20日，九百名土耳其和馬穆魯克守軍投降，法軍繼續前進。24日，法軍未遇抵抗便進入加沙；3月3日，法軍兵臨雅法城下遭到守軍的頑強抵抗。3月7日，法軍工兵在城牆上炸開了一個缺口，該城遂被攻克並遭洗劫；法軍在城內大肆姦淫擄驚，其行為也許只有十三年後英軍在巴達霍斯的行為才能與之相比。然而，更有甚者，當在堡壘內據守的二千五百名土耳其部隊於第二天投降之後(他們的投降條件是免於一死)，拿破崙仍下令屠殺這些戰俘。這是拿破崙生平及其人格上最大的一個污點。他把他們驅趕到海邊槍殺或刺死，他的藉口是他既無足夠的部隊押送這些戰俘回埃及也沒有足夠的口糧養活他們。在城內，法軍找到了四十萬份乾糧和一百噸大米，但同時也出現了鼠疫。自此，法軍每天都有三十人死於這種疫病。
在拿破崙的本性中有許多東西是相互矛盾和難以理解的。他堅信只有害怕鼠疫的人才會染上鼠疫。為了證明這一點並提高部隊的士氣，他於3月11日走訪了設在雅法清真寺內的疫病醫院，並幫助搬運死於鼠疫的屍體，結果安然無恙。在羅浮宮中格羅的名畫所紀念的就是這件事。這一勇敢行動頓時打消了部隊里的疑慮。3月17日，拿破崙到達海法並在卡梅爾山設立了司令部。由此向北，隔海望去，就是傑查的老巢阿克要塞。阿克要塞是十字軍時代的一個古堡，此時已開始坍塌。其真正的價值在於地理位置，它三面環海，聳峙在一個岩質半島之上。要塞里有二百五十門火炮，守將是一位年長而堅強的土耳其人。他得到由兩艘戰列艦和幾艘炮艇組成的一個英國海軍中隊的支援，其指揮官是卓越的西德尼·史密斯海軍準將(1764-1840)，他替換胡德準將封鎖埃及沿海。在他的旗艦上有一位同樣卓越的，領有英軍上校軍銜的法國炮兵軍官菲利波。菲利波是1791年由法國移居英國的。此前，曾營救西德尼·史密斯從法國監獄脫險。菲列波曾是拿破崙在巴黎軍校時的同班同學，而且兩人都是在1785年9月1日取得軍官資格的。不過，兩人一向不和並彼此憎惡。在拿破崙抵達卡梅爾山的當天，運載其攻城炮的船隻也到了阿克港外。這些炮到達得倒正是時候，但那天霧大，結果這些船一頭闖進了英國海軍中隊的懷抱，以致全數被俘獲。拿破崙攻城時不僅沒有用上這些重炮，反倒遭到了這些重炮的轟擊，因為它們被英軍轉給了守城的土耳其軍。但拿破崙毫不氣餒，他包圍了該要塞朝陸地的那一部分，並於3月28日發動了第一次不成功的強攻。4月1日，在爆炸了一枚地雷之後，又發動了一次強攻，結果也失敗了。法軍傷亡慘重。此外，每周死於鼠疫者也多達一百四十餘人。西德尼·史密斯派了八百名陸戰隊員增援土耳其守軍，同時菲利波的炮兵指揮技術對於守城部隊的支援也是無法估量的。菲利波由於勞累過度加上瘟疫的影響，在圍城戰的最後一周病死。
現在威脅法軍的另一個危險是，大馬士革的帕夏派出的一支土耳其大軍將從後方攻擊圍城的法軍。4月16日，克萊貝爾率領的一個二千人的支隊在阿克東南厄斯德累伊倫平原的塔波爾山遭到了攻擊。法軍英勇抗擊達十小時之久，眼看彈藥即將耗盡，就在這千鈞一髮之際，拿破崙率領邦師趕到並將這股土耳其人擊退。拿破崙當晚就在拿撒勒修道院過夜。此後三周，他不顧傷亡，反覆向要塞進攻，但都失敗了。他的總工程師加法雷利將軍戰死，不過城牆已被地雷炸開了一個缺口。5月10日，拿破崙組織的最後一次進攻也被擊退而且傷亡慘重。拿破崙終於決定放棄圍城。
5月16日，拿破崙暗示他的主治軍醫德熱內特讓所有的疫病患者服過量的鴉片，但遭到了他的拒絕。他說他的職責是拯救生命而不是殺人。次日，拿破崙向其部隊發布了一個自欺欺人的離奇告示，說什麼他們業已完成使命，即將返回埃及。5月20日，法軍開始撤退，四天之後到達雅法。5月27日，總司令在上呈督政府的報告中稱：“(他們)在過去三個月中已在敘利亞光榮地完成了任務。”他解釋說，之所以不讓部隊進入阿克是因為該城瘟疫猖獗。他從軍醫院將所有尚能步行的人挑了出來，然後命令藥劑師毒死了其餘的人。次日，法軍炸毀了雅法要塞，並越過西奈沙漠繼續痛苦地撤退。一路上，部隊士氣低落到幾乎譁變的程度。6月14日，他們到達開羅。一周之後，拿破崙命令海軍將軍岡托姆在亞歷山大港準備兩艘快速帆船待命出港。
7月14日，有訊息傳到開羅說，一支土耳其艦隊已抵達亞歷山大港外並準備登入。拿破崙立即率領一個縱隊長驅一百英里沿尼羅河而下至拉曼尼亞。在那裡，他才獲悉一個土耳其運兵船隊在西德尼·史密斯的海軍中隊護送下，已在阿布基爾灣登入了八千人並俘虜了據守該要塞的法軍。不過，這支土軍沒有前進而是在該堡以南的灘頭掘壕據守。拿破崙在集結了一萬人之後，於7月25日拂曉向土軍防線發起進攻。繆拉準將率一個騎兵旅衝擊，結果突破了土軍的防線，他還親手砍傷並俘虜了土軍司令。土軍被趕進大海，數千人戰死或淹死，不過仍有少數殘餘土軍堅守該堡一直到8月28日。法軍傷亡約一千人。
在阿布基爾之戰結束，雙方交換俘虜時拿破崙從西德尼·史密斯送給他的報紙中得知，法國國內局勢正急轉直下在萊茵和義大利的法軍被奧軍和俄軍擊敗；舉國上下驚惶不安，一片混亂。“祖國處於危險之中！”這對拿破崙的確是一個很好的藉口。他決定返回法國。8月l1日，他去開羅待了一周。8月18日，他帶了一批精心挑選的人材，乘夜幕悄悄離開了開羅，聲稱他要去上埃及視察，卻登船沿尼羅河而下。他拋棄了他的部隊也拋棄了他的情婦。22日，他抵達亞歷山大港，黃昏之後，他在岡托姆將軍的陪同下登上了一艘快速帆船。翌晨，他在拂曉的微風中起航，僅留給克萊貝爾一封信，命令他代理東方軍團司令。經過四十七天的順利航行並成功地避開了納爾遜的艦隊之後，拿破崙於10月9日在聖拉菲爾登岸。
以上用大量篇幅，不厭其詳地交待了拿破崙遠征埃及的經過，這是因為，這次遠征標誌了拿破崙從一個軍人到軍人政治家的過渡。作為一名軍人，他在業已取得的歐洲山地作戰經驗和平原作戰經驗的基礎上，又增加了沙漠戰作戰經驗。在義大利時，他嘗試過政治科學和行政管理；他曾向王公貴族及其臣民勒索過捐稅和貢品，也曾迫使國王，教皇和皇帝締結過條約。但在埃及時，他卻更有建樹：在一個迥然不同的國家裡，他儼然是一個不受約束的統治者和法典制定者。他把生機勃勃的西方技術嫁接到日漸衰敗的東方傳統的樹幹之上，從而創造了一種嶄新的混合文明。實際上，他奠定了近代埃及的基礎。由蒙日和貝托萊為首的專家們在科學文化方面所取得的成就是巨大的，他的確比代價高昂而又空泛的軍事成果要偉大得多。在文化方面所作的這種努力應歸功於拿破崙的遠見卓識和充沛的精力。
此外，拿破崙遠征埃及還以其強烈的反差使我們得以見到拿破崙的人品。一方面是他那高遠的志向，極端的自信，強大的吸引力，義無反顧的勇氣，無與倫比的軍事技巧；而另一方面則是無比的殘忍，對人類生命和情感的極度漠視，天生的自私自利，馬基雅維利式的奸詐以及最後遁逃的卑鄙無恥。然而不久以後法蘭西共和國的第一執政就是從這個莫明其妙的不協和的混合體中出現的。
