荷西時期的宣教
基督教（即通稱的“新教”，Protestantism）在台灣的發展始自17世紀的荷西時期。剛獨立的新教國家荷蘭於1602年在爪哇的巴達維亞（今印尼雅加達）建立“荷蘭聯合東印度公司”，於1624年進占台南安平，卻遲至1627年5月4日才有第一位荷蘭改革宗教會（DutchReformedChurch）的牧師乾治士（GeorgeiusCandidius）前來關照荷蘭官員和軍人的信仰生活。西班牙人於1626年5月從菲律賓馬尼拉前來占領北台灣，並有天主教神父隨行，先後在雞籠（基隆）、滬尾（淡水）、金包里（金山）、宜蘭等地傳教，但為期較短，影響有限，1642年被荷人逐出台灣。
荷蘭人在台宣教工作以台南安平附近新港六社的西拉雅平埔族為對象，逐漸向南北擴展。來台宣教師約有30名，前期（1624-1643年）以乾治士和尤羅伯（RobertusJunius）兩位牧師為主，因致力研究平埔族的宗教慣習，宣教進展順利。1636年起在新港為男女孩童開辦學校，教授羅馬拼音及基本教理。後期（1643-1662年）因漢人激增及政治變動，宣教發展漸趨遲緩，倪但理（DanielGravius）以新港語翻譯馬太和約翰福音，范布鍊（SimonvanBreen）前往虎尾壠（Favorlang）地區開拓，教士會也試圖在蕭瓏（佳里）開設神學院。1661年鄭成功由安平登入，圍攻熱蘭遮城，有五位牧師殉教，其中以韓布魯克牧師（AntoniusHambroek）因妻兒被鄭成功俘虜，被迫進城勸降荷蘭長官揆一（FrederickCoyett）的過程最為悲壯感人。
由於荷西殖民勢力在台期間短暫，宗教活動於鄭成功據台後半世紀間逐漸消失。因荷蘭宣教師曾使用羅馬拼音教道西拉雅族，這些能使用書寫文字者被稱為“教冊仔”，他們遺留的土地買賣契約通稱“蕃仔契”（即“新港文書”），晚至1813年（嘉慶18年）仍有紀錄。
西拉雅族將歐洲洋人視為“紅毛親戚”的想法也留存在族群的集體歷史記憶中，成為清末下一波宣教的契機。
晚清時期的第二波宣教
基督教再度進入台灣，是荷西之後兩百年的晚清時期。有兩個因素促成這一波由天主教和長老教會發起的宣教運動：一是歐美基督教於19世紀展開大規模海外宣教運動，足跡遍及亞洲、非洲、拉丁美洲；二是俄、美、英、法等國和大清帝國於1858年（鹹豐8年）簽訂天津條約，規定台灣必須開放雞籠、滬尾、安平、打狗（高雄）為通商口岸，並允許“在租界內自由傳教”。基督教因而被視為“蕃仔教”，是殖民勢力的一部份，宣教師和本地基督徒也被視為西方帝國主義的“同夥人”。台灣開港後，來自馬尼拉的道明會神父率先於1859年抵台，在艱困的環境和民眾敵視下建立前金莊（高雄市前金區）和萬金莊（屏東縣萬鑾鄉）等天主堂，並於1887年（光緒13年）在北台灣的和尚洲（蘆洲）設立教堂。間隔兩世紀多再度重建的宣教工作，在台灣天主教史上稱為“宣教的回覆”。
1860年，英國長老教會駐廈門宣教師杜嘉德（CarstairsDouglas）和駐汕頭的金輔爾（HurLibertasMackenzie）抵達淡水、艋舺訪問，提議以“醫療傳道”的方式開拓台灣宣教。該會首任宣教師馬雅各（JamesLaidlawMaxwell）醫生於1865年5月29日來台，先在府城（台南）傳道並施醫，後因民眾反對撤至旗後（旗津），1866年建立首間禮拜堂和第一所西式醫館，有漢人信徒高長等受洗。相較於漢人傳教的困難，平埔族的皈信是一大突破。1865年底，馬雅各在英商必麒麟（WilliamA.Pickering）陪伴下到府城周邊拜訪平埔社並施藥醫病。因西拉雅族視洋人為“蕃仔親”，因此善待馬雅各等人，自1869年起遂有新市、柑仔林、拔馬（今左鎮）、崗仔林等平埔族教會開設，其中頭目李順義成為教會領袖。1871年，中部葫蘆墩（豐原）岸里大社頭目潘開山（武乾）因打獵受傷，經由必麒麟介紹給馬雅各醫治，基督信仰又傳到巴宰族的岸里大社、埔社（埔里）、內社（鯉魚潭）、牛眠山等地。
這段期間英國宣教師陸續抵台，首位牧師李庥（HughRitchie）積極在福佬、客家、平埔等族群中設立教會，也遠至東部後山的蟳廣澳（成功）等地傳教，更和夫人伊萊莎（ElizaC.Cooke）一起推動婦女教育。甘為霖（WilliamCampbell）是出色的“荷蘭研究”學者，編有《廈門音新字典》（俗稱《甘字典》），創設盲啞教育的訓瞽堂，並提倡澎湖宣教；巴克禮（ThomasBarclay）則整合打狗及台南兩地之“傳教師養成班”為“大學”（今台南神學院前身），將廈門音聖經改譯為台語聖經，推動白話字運動，創設聚珍堂並出版《教會報》（今《台灣教會公報》），並增補杜嘉德的《廈英大辭典》。這期間入信的漢人信徒除了高長外，還有屏東鹽埔的吳著、鹽水的李豹、阿猴（屏東）的彭根、舊城的黃香等，他們也發展出台灣“基督徒家族史”（即基督徒家族代代經營發展且社會階層不斷提升）的傳統。
晚清是台灣政經中心逐漸北移的時機，也是淡水“開港”、與世界交會的歷史時刻，加拿大長老教會宣教師馬偕（GeorgeLeslieMackay）於1872年3月9日抵達淡水並開拓驚人的宣教事業。他雖非正牌醫生，但藉助傳道旅行、拔牙、施藥（治療瘧疾的奎寧水），深具實效。馬偕具語言天分，精力過人，在30年間創建60間教會兼診所，培育本地籍牧師2人、傳道師60人、女宣道婦24名，信徒2633人。他的足跡遍及中央山脈兩側的北台灣，早期以台北盆地為主，後期才轉往蘇澳、宜蘭，並開設噶瑪蘭族教會，向南也到苗栗、公館一帶，更遠至花蓮港的加禮宛社。
第二波宣教的初期，面對台灣民眾的排外情緒，宣教師透過醫療、教育、文字、社會服務等關懷人群的需要，並化解敵意和偏見。馬偕於1879年在淡水設“偕醫館”，1882年創建北部高等教育濫觴的“牛津學堂”（台灣神學院前身），1884年開辦台灣婦女首學“女學堂”。他娶台灣女子張聰明為妻，死後埋在淡水的台灣人墓園，是認同本土的典範。
在這充滿敵意的草創階段，每遇政治動亂往往發生民眾迫害信徒、搗毀教堂的“教案”，其中情節重大者有1868年因“樟腦事件”引發的埤頭（鳳山）教案和1884年清法戰爭期間民眾拆毀新店、艋舺等數間教堂的北部教案，個別案件則有台灣首位殉教的莊清風以及甘為霖的白水溪受困事件等。面對各種教案，宣教師們堅忍不屈，展現傳統長老教會“焚而不毀”的信仰精神。
日據時代的組織擴展
1895年馬關條約將台灣割給日本，引起民眾忿恨，清朝官員和地方鄉紳於5月成立“台灣民主國”，卻在日本占台後全面潰散。南北長老教會面臨日本占領過程中的誤解和刁難，不但教會被侵占，更有不少信徒失蹤或遇難。最引起注目的是基督徒參與“引領日軍入城”的事件，包括可能指使辜顯榮領日軍入台北城的李春生、被迫領日軍由澎湖登入布袋港的林學恭傳道師（此舉不幸引發麻豆事件），以及領日軍入台南城的巴克禮牧師等。前二者引發不少爭議，後者則被譽為“和平使者”。歷經日據初期的陣痛，南北兩長老教會逐漸和新政府建立良好關係，教勢進展甚快，南部教會在10年間信徒增加一倍；中部在梅監霧牧師（CampbellN.Moody）和蘭大衛醫生（DavidLandsborough）合作下也快速擴展；北部教會也在吳威廉牧師（WilliamGauld）的領道下建立宣教師團隊，分別在神學教育、醫療、婦女教育等方面各專其職，大甲、苑裡一帶由劉忠堅牧師（DuncanMacLeod）的開拓也有相當進展。
此階段長老教會開始組織化，先是“台南長老大會”於1896年成立，並於1898年封立潘明珠和劉俊臣為南部最早的本地牧師（北部的馬偕已於1885年自行封立嚴清華和陳榮輝兩位牧師）；“台北長老中會”於1904年成立，這兩個議會代表長老教會進入“代議制度”的新時代。經過醞釀與協調後，南北的兩長老教會於1912年10月24日在彰化成立“台灣大會”，並開始使用共同的聖詩、刊物和教制，並議定以“台灣基督長老教會”為名稱。
除組織化外，教會也逐步邁向自立。屏東出身的吳希榮牧師於南部設教50周年的1915年，大力提倡自治、自養、自傳的“三自運動”，並於1921年建造第一間由本地人自資的屏東教會。在林燕臣、高篤行、鄭溪泮、廖得等牧師支持下，自立運動帶動教勢發展，促成1930年南部四中會（台中、台南、嘉義、高雄）的成立。北部教會原本就有馬偕主張“鼓勵本地傳道”的理想，後來因1925年加拿大長老教會分裂後的人事震盪，宣教師大批離開，又形成少數人領道的獨裁作風，觸發1930年代稱為“新人運動”的自立革新運動。在年輕留日傳道人和信徒領袖的推動下，該運動間接促成1938年北部三中會（台北、新竹、東部）的成立。
日本新教各教派陸續來台建立教會，但以日本人為主要對象，包括日本基督教會、聖公會、美以美會、組合教會、聖潔教會、基督復臨安息日會等。真耶穌教會於1926年由張巴拿巴等人從廈門引介來台，陸續在台南、花蓮、台北等地建立教堂，因信徒資源重疊而和長老教會產生緊張關係。這是台灣的基督教首次經歷到多元教派的存在和競爭關係。
1931年起，由於日本政府為軍國主義者所控制，日本本土及殖民地的教會都受到監控。1937年日本侵略中國（北支事件）後，更試圖以“精神總動員運動”來強制基督教支持其政策，軍國主義、天皇崇拜、神道教結合下的“皇民化運動”更在太平洋戰爭後加速推行，教會和傳道人受到嚴密監視，禮拜中必須用日語講道，唱日本國歌，行“國民禮儀”（向日本皇宮遙拜），教會學校師生更被迫到神社參拜，教會所屬學校和醫院逐一被控制、接收，或被迫關閉。由於英國、加拿大宣教師在1940年被遣返回國，台灣教會被迫全面“自立”，但卻無法跳脫日本總督府的控制。1943年2月25日台灣基督長老教會被迫在彰化成立“總會”，1944年4月29日更和其他教派一起被納入“日本基督教台灣教團”，直到1945年10月2日才宣布解散。
第二次世界大戰後的多元宣教發展
二次大戰後是台灣多元化宣教的新契機。原住民宣教早已在日據後期展開，當時在“理蕃政策”的隔離措施下，有日本自立宣教師井上伊之助和加拿大聖公會宣教師葉資（NarsissusPeterYates）兩人突破“禁令”進入原住民部落工作。不過，真正的突破點是在孫雅各（JamesI.Dickson）夫婦贊助下，太魯閣族的姬望（Ciwang??Iwal）和高添旺（Wilan-Takoh）等人在艱難和迫害下向自己同胞傳教的努力。戰後，駱先春、胡文池、許有才、莊聲茂、林彼得、陳耀宗等平地牧者奮力投入原住民宣教，加上1946年溫榮春在花蓮開辨“台灣聖書學院”（玉山神學院前身），培育原住民傳道人，信徒由數千人增加到1965年的10萬人，被譽為“二十世紀的神蹟”。1970年代後，不少原住民教會經歷靈性復興運動，進而參與海外宣教活動，頗具特色。1949年，超過150萬的“大陸人”隨國民政府自中國遷台，帶來台灣基督教的第三波發展。這些新住民占當時全島人口的14％，在惶恐不安的危機感中有相當比例成為基督徒。因為有為數眾多的宣教師和資源“轉進”台灣，不但“國語教會”快速擴展，整體教會的宣教也連帶成長。這段期間，基督徒人數由51,000人增加到220,000人，神學院由2所增為10所，以“宣教”為主軸的團體由4個增為33個。由於蔣中正總統家族（宋美齡屬於衛理公會）的關係，政教關係融洽，有許多政府官員成為基督徒。
此一階段建立的“國語教會”大約有四類：（一）信義會、衛理公會、聖公會、浸信會等傳統主流教派；（二）循理會、貴格會、聖潔會、宣道會、安息日會等小教派；（三）教會聚會所（現稱“召會”，又分出基督徒聚會處、神的教會等）、中國布道會、靈糧世界布道會（靈糧堂）等本地自創教派；（四）因“語言”因素而在台灣新創設的教會，以名為“國語禮拜堂”的地方教會為代表，後來大多也發展出台語的聚會。
長老教會在戰後推動好幾波宣教運動，最顯著的是1954年起為紀念宣教百周年的“倍加運動”和1966年的“新世紀宣教運動”，前者是一個“本土化”的宣教運動，有寶貴的“上山下鄉”經驗，著重教會數和信徒人數的增加；後者以“多角宣教”為原則，關懷特定的社群和沒落中的社區，如山地、農村、都市、海外移民等，並強調平信徒的職份，以及自立與互助的夥伴精神，在宣教理念上比較接近普世運動的精神。長老教會自1951年成立總會後隨即加入國際教會組織如普世教會協會（WCC）、世界歸正教會聯盟（WARC）、亞洲基督教協會（CCA）等，並因普世思潮影響而積極關懷民主人權、社會公義、族群、性別、生態等議題。
1965年後，台灣政經局勢漸趨穩定，加上社會邁向工業化、都市化後，宣教發展逐漸停滯，主流教會大多維持現狀，反而是使用台語的非主流教會如聖教會、真耶穌教會、聚會所等尚能成長。1980年代，帶有靈恩派傾向的教會開始在都會地區發展，如通稱“苗栗禱告山”的中華基督徒祈禱院始於1982年，在台語、國語、原住民教會裡引發一陣熱潮，但因不自覺的“屬靈優越感”而帶來教會的衝突和分裂。在中國創建的“真耶穌教會”借著植堂和文字工作，逐漸將傳教對象從中低層民眾擴展到中產階級和科技新貴。近年來結合靈恩運動和小組教會模式的幾個獨立教會系統，如靈糧堂、行道會、真理堂等。在2000年前後，國語教會系統曾主道推動“兩千年福音運動”，但成效不彰。
