概述
參與 基因表達調控的因子, 它們與特異的 靶基因的順式元件結合起作用。編碼反式作用因子的基因與被反式作用因子調控的靶序列(基因)不在同一 染色體上。反式作用因子有兩個重要的功能 結構域:DNA結合結構域和轉錄活化結構域,它們是其發揮轉錄調控功能的必需結構，此外還包含有連線區。反式作用因子可被誘導合成, 其活性也受多種因素的調節。
結構
同一類序列特異性的反式作用因子由 多基因家族所編碼, 它們具有特定的 蛋白質結構(如上述的 鋅指結構、 鹼性亮氨酸拉鏈、 螺鏇-環-螺鏇基元等)和蛋白質結構上的 同源性, 因而構成反式作用因子家族, 如 類固醇激素受體家族、AP1家族等。
主要包括：
1.DNA結合域：
a.螺鏇-轉角-螺鏇
b.鋅指結構
c. 亮氨酸拉鏈
d.螺鏇-突環-螺鏇
2. 轉錄激活域：與其他 轉錄因子相互作用的結構成分。 常見的轉錄激活結構域有富含谷氨醯胺結構域，富含脯氨酸結構域及酸性α螺鏇結構域
隨著 表觀遺傳學的發展，研究發現除了蛋白，DNA、RNA也有調控功能，所以現在也稱 反式調控元件，主要有miRNA，轉錄因子等
分類
①通用轉錄因子。普遍存在的轉錄因子，具有識別啟動子原件功能的基本轉錄因子。
| 元件名稱 | 共有序列 | 結合的蛋白因子名稱 | 分子量 | 結合DNA長度 |
| TATA box | TATAAAA | TBP | 30,000 | ~ 10bp |
| GC box | GGGCGG | SP-1 | 105,000 | ~ 20bp |
| CAAT box | GGCCAATCT | CTF/NF1 | 60,000 | ~ 22bp |
②組織特異性轉錄因子：與基因表達的組織特異性有很大關係，能識別增強子或沉默子的轉錄調節因子。
③誘導性反式作用因子：活性能被特異的誘導因子所誘導，
不需要通過DNA-蛋白質相互作用就參與轉錄調控的共調解因子。
