上海生科院的重點研究領域主要有：功能基因組、蛋白質組和生物信息學，生物大分子的結構、相互作用及功能，細胞活動的分子網路調控，腦發育與腦功能的分子與細胞機制研究，防治重要疾病的新藥研究開發、中藥現代化研究以及藥物研究的理論和方法，植物分子生理和植物與環境的相互作用，生物技術的創新和套用，生物醫學轉化型研究，現代營養科學研究，病毒學與免疫學研究，計算生物學研究，以及生命科學與其他學科的交叉研究。 上海生科院根據國家重大戰略需求和世界科技發展前沿，圍繞建設以人口健康與醫藥為主線的生命科學創新基地的戰略目標，將科技創新活動聚焦於生命現象本質的前沿探索和基礎研究，人口健康重大問題的轉化型研究，生物資源、農業和環境的關鍵問題等三大方向，努力在蛋白質科學和表觀遺傳調控研究、信號轉導和細胞活動分子網路研究、腦與認知、神經系統疾病、創新藥物、幹細胞、腫瘤、糖尿病機理、營養與代謝、傳染性疾病、生物質能源、轉基因作物等研究中作出重大原始創新的工作。上海生科院是在建的蛋白質科學研究南方設施項目法人單位。蛋白質科學研究南方設施的建立將提升我國生物技術高科技公司的核心競爭力，為我國打造出一個具有重大國際影響的國家級綜合性生命科學研究中心，使蛋白質科學成為創新型國家的重要標誌；並帶動生命科學的整體發展和醫藥、農業、工業、環境等方面的生物技術進入國際先進行列。
承擔國家任務
上海生科院積極承擔國家和地方重大科研任務，共爭取到國家與地方各類科研項目（不含藥物所，以下同）989項。至2008年，共新增主持973項目7項、重大科學研究計畫項目11項、國家重大專項6項；新增主持863課題111項；新增國家自然科學基金重點項目34項、重大研究計畫23項、傑出青年基金項目29項，創新群體7項；新增中科院創新重大項目2項，重要方向性項目87項；新增上海市各類項目284項。
重要成果
上海生科院在以下領域取得了一批重大成果。
神經科學領域：在腦發育研究中發現了一系列調控神經生長錐轉向生長和神經細胞定向遷移的機制；在學習與記憶研究中發現果蠅跨模態學習的相互協同作用，以及果蠅蘑菇體和多巴胺系統共同掌控基於價值的抉擇；發現表達NG2膠質細胞的突觸可塑性；在神經系統疾病機理研究中發現β2-腎上腺素受體激活與老年痴呆症的相關性，發現調控阿片受體分布及鎮痛功能的機理；等。相關成果發表於《Science》、《Nature》、《Cell》等雜誌。
細胞信號傳導領域：在GPCR信號通路、Wnt信號通路、NF-κB信號通路、ERK信號通路的分子調控等方面取得大量研究成果。發現E2F6在紫外誘導的細胞凋亡中的作用及相關機制；發現新的ERK信號通路調控蛋白RKTG；發現β-arrestin調控Toll樣受體-白介素1體的信號轉導；發現β-arrestin1調節組蛋白乙醯化及基因轉錄的核內功能；等。相關成果發表於《Nature》系列、《Cell》及其系列等雜誌。
表觀遺傳學領域：在這個新興的前沿研究領域取得了快速並重要的進展。發現染色質組蛋白H3K79甲基化的調控機制和在白血病發生中的作用；發現WOR1的雙穩態表達主控白念珠菌的白－灰形態轉換；發現YL1蛋白N-端dsRBD結構域對miRNA前體加工；發現新表觀遺傳控制基因；等。相關成果發表於《Cell》及其系列、《PNAS》等雜誌。
植物分子遺傳學領域：在水稻基因組和植物功能基因組、植物的重要生理過程研究包括生殖發育、植物激素作用、代謝調控等分子機理方面以及在植物表觀遺傳學、信號傳導以及昆蟲功能基因組學、昆蟲與植物的互作等前沿領域取得了重要進展。相關成果發表於《Nature》系列、《Plant Cell》、《PNAS》等雜誌。
腫瘤相關機理領域：在對部分腫瘤的發病機理、治療機理以及新靶點發現等研究中取得了重要進展。發現一種新的白血病腫瘤抑制基因失活的分子遺傳學機制；發現新喜樹鹼衍生物NSC606985通過依賴PKC-δ的機制在納摩爾濃度誘導白血病細胞凋亡；發現磷脂醯融合酶在白血病細胞分化中起重要作用；等。相關成果發表於《Nature》系列、《Blood》等雜誌。
免疫學研究領域：在解決免疫學基礎科學問題、改善臨床診斷治療技術和技術轉化方面都取得了重要進展，在國際同行中產生了重要影響。發現生物體內調節CD4+ T細胞存活和自身免疫的新機制；發現生物體內調節NK細胞殺傷活性和病毒免疫的新機制；發現生物體內調節炎症反應的新機制；等。相關成果發表於《Nature》系列、《Blood》、《PNAS》等雜誌。
幹細胞研究領域：在胚胎幹細胞自我更新和定向分化的分子研究領域取得顯著成績。建立了人的胚胎幹細胞系並實現無滋養層培養，實現人胚胎幹細胞向神經細胞的定向誘導分化；發現對胚胎幹細胞重要轉錄因子Oct4蛋白質的新的修飾方式；發現胚胎髮育早期神經幹細胞維持新機制；等。相關成果發表於《Cell》系列等雜誌。
代謝疾病領域：在導致我國肥胖、代謝綜合症、2型糖尿病等代謝性疾病的遺傳、環境因素及其調控機理等研究中取得重要進展。發現Ufd1參與膽固醇合成調控的新機制；發現SIRT1調控胰島素敏感性；發現與糖尿病相關的葡萄糖激酶構象變化機理；等。相關成果發表於《Cell》系列、《PNAS》等雜誌。
發表高水平論文情況
| 雜誌名稱 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2007 | 2008 |
| Science | 0 | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| Nature | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 | 0 | 2 |
| Nature系列 | 1 | 4 | 4 | 1 | 4 | 7 | 5 | 11 | 8 |
| Cell | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 0 | 1 | 0 |
| Cell系列 | 1 | 1 | 1 | 4 | 3 | 1 | 1 | 4 | 3 |
至2008年，上海生科院獲國家科技獎勵10項、地方科技獎勵53項、軍隊科技獎2項。
2001年，生化與細胞所王恩多、王應睞、李勇、李彤、黃意巍等人完成的“氨基醯-tRNA合成酶及其與相關tRNA的相互作用”獲國家自然科學獎二等獎。
2002年，生化與細胞所甘人寶、李載平、黃培勇、張倩、錢悅等人完成的“重組人表皮生長因子研製及臨床套用”獲國家科技進步獎二等獎。
2005年，生化與細胞所劉望夷、張勁松、劉仁水、何文君、凌俊等人完成的“核糖體失活蛋白與核糖體RNA結構與功能的研究”獲國家自然科學獎二等獎。
2007年，生化與細胞所裴鋼、高華、程智潔、荊清等人完成的“G蛋白偶聯受體信號與其它細胞信號通路間的對話機制”獲國家自然科學獎二等獎。
2007年，植生生態所韓斌、馮旗、張玉軍等人完成的“水稻第四號染色體測序及功能分析”獲國家自然科學獎二等獎。
2008年，生化與細胞所張永蓮、陳小章、劉強、胡遠新、李鵬等人完成的“精子在附睪中成熟的分子基礎研究”獲國家自然科學獎二等獎
智慧財產權與成果轉讓
至2008年，上海生科院共申請發明專利539項，其中國際和外國專利申請57項；授權發明專利197項，其中外國專利7項；獲新藥證書7項，國家新藥臨床批件5項（生物製品第一類）。
一批專利技術向國內外公司轉讓，包括基因工程酶法合成D-對羥基苯甘氨酸鄧鉀鹽技術及2項有關專利、高丁醇比例的微生物發酵法生產丁醇丙酮專利技術、“T細胞疫苗治療類風濕關節炎疾病”相關技術、與中科院上海有機化學研究所共同發明的抗愛滋病候選藥物分子（“尼非韋羅”）、人胚胎幹細胞系和小鼠胚胎幹細胞系技術、治療實驗性自身免疫性腦脊髓炎的兩個化合物等。
| 上海生命科學研究院堅持黨管人才原則，牢固樹立人才資源是第一資源的觀念，緊密結合科技發展戰略，整體規劃人才隊伍結構和人才計畫，推進人事制度和分配製度改革，在構建現代人力資源管理體系、建設高水平創新隊伍方面取得新進展。 人才隊伍 現有職工（不含藥物所，以下同）1528人，科技人員1135人。其中，中國科學院院士21人，中國工程院院士2人，研究員196人；副研究員和高級工程師等167人；國家“973”計畫首席科學家6人；國家自然科學基金委創新群體6個；國家傑出青年科學基金獲得者43人；中科院、國家外專局創新團隊國際合作夥伴計畫2支；中科院“百人計畫”入選者99人，其中引進國外傑出人才95人，項目“百人計畫”4人。已有30餘位全職外籍專家，人才隊伍國際化程度有較大提高。 研究生教育 上海生科院注重加強研究生創新能力和科學精神的培養，探索、建立和拓展了碩博連讀、實驗室輪轉、師生雙向選擇、開設精品課程和第一作者講壇等新型教育方法和模式，提高獨立思考、自主學習和創新實踐的能力。 2008年，在學研究生總數達1467人，其中碩士生494人、博士生973人，另有在站博士後102人，呈現出規模發展、水平提高的良好態勢。 2000年—2008年各類獲獎名單統計 獎金名稱 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 中國科學院院長獎學金特別獎 1 2 1 1 2 3 2 2 5 中國科學院院長獎學金優秀獎 5 4 5 6 7 5 6 6 7 全國優秀博士學位論文獎 1 2 2 1 2 4 1 3 中科院優秀博士學位論文獎 4 5 5 7 3 國際合作 上海生科院積極開展全方位、多層次、高水平的國際合作與交流活動，在國際合作領域努力追求創新跨越，持續發展，在科研、教育、人才隊伍建設、平台建設等領域積極深化國際合作，有效促進了我院科技創新能力建設： 聘請國際知名專家擔任評估顧問進行國際化評估；聘請知名專家擔任研究所學術委員會委員、研究所所長、研究組長等；與國際科研機構開展密切合作，共建聯合實驗室，進行人員互訪；與國際大公司合作，建立國際標準的智慧財產權管理體系，開展成果轉化、契約研究；幫助第三世界國家培養研究生，招聘外籍博士後和留學生等，取得了顯著的成果。 上海生科院與國外科學家共同申請了包括歐盟項目在內的數十項國際合作項目。Uli Schwardz教授獲得2003年度國家外專局頒發的友誼獎。他和蒲慕明，Peter Gruss,分別獲得1996年度、2005年度和2007年度的國家科技部國際科技合作獎。 上海生科院與國際科研機構共建14個合作機構，其中包括與法國巴斯德研究所共建上海巴斯德研究所，與德國馬普學會共建計算生物學夥伴研究所，與美國加州大學共建分子生命科學研究中心，與亞太分子生物學網路機構共建聯合實驗室等。 院地合作 服務地方經濟和社會發展的需求，是提升創新水平的重要動力。上海生科院根據學科綜合優勢，結合前沿領域布局，積極開展院地合作，合作領域、規模、方式都有新拓展。 積極參與中科院上海浦東科技園、上海生物醫學工程研究中心、上海工業生物技術研發中心等的建設，與上海市共建上海辰山植物園，與浙江省湖州市共建上海生科院湖州工業生物技術中心，與隆平農業高科技股份有限公司合作成立上海隆平農業生物技術有限公司，與上海市徐匯區共建上海聚科生物園區，等等。 園區建設 上海生科院擁有包括岳陽路、楓林路、重慶路、漕寶路、九亭、浦東張江等在內的六大園區，總占地面積21萬平方米，建築面積15萬平方米。堅持基本建設為科研服務，提高基本建設項目對科研工藝的回響度，近四年來完成基本建設項目17項，建設規模14萬平方米,總投資4.6億元，其中新建項目4 項，新建面積7.3萬平方米，完成投資3.6億元。上述項目的建成並投入使用，為研究所的可持續發展提供了有力保障。 |
