為調整企業經營結構，最佳化資源配置，充分發揮集成優勢和整體優勢，提高國內外市場競爭能力，中國石化集團第二建設公司和中國石化集團南京設計院兩家企業於二○○九年六月進行重組。重組後設立的新公司名稱為：“
中國石化集團南京工程有限公司
”（簡稱“南京工程公司”），英文名稱為“SINOPEC NANJING ENGINEERING INCORPORATION”(簡稱“SINOPEC Nei”)。
南京工程公司是以設計、工程項目總承包（EPC）和核心專業施工為主體的，以專利、專有技術和工藝包為核心的，面向國內外市場提供技術和管理服務的綜合性、一體化的國際工程公司。遵照“發揮集成優勢，突出核心業務，國內外並舉，特色鮮明，做專做優”的原則進行主營業務定位。主營業務包括三大板塊：以設計為先導的，以煤化工、石油化工、環境及清潔能源、油氣儲運、無機化工、工業與民用建築等為主要領域的工程產品業務；以EPC、PMC為主要形式的工程總承包、工程管理、工程服務、工程諮詢、工程監理業務；以“四大一特”（ 大型設備吊裝、大型機組安裝、大型儲罐安裝、大型DCS/ESD安裝、特殊材質焊接）為核心的石化裝置安裝業務。
南京工程公司作為申報中的高新技術企業，致力於技術進步與科技創新。現有各類研發和專業設計人員600餘名，工程技術和項目管理人員1300餘名，專業技能操作人員700餘名。研發、設計、項目管理、工程施工綜合實力位居國內同行前列。
南京工程公司是中國石油化工集團公司直屬企業，註冊地為江蘇省南京市，註冊資本為人民幣55600.5萬元。
