承擔並完成這一世界級課題的是中國科學院基因組生物信息學中心暨北京、杭州華大基因研究中心，主要合作單位有中科院遺傳所、國家雜交水稻研究中心，參與這一工作的單位還有中科院計算所、理論物理所、生物物理所、北京大學、浙江大學、神州數碼等。
據悉，中國水稻基因組“工作框架圖”是以袁隆平院士培育出的超級雜交水稻的典型的秈稻恢復系“9311”為研究對象，本次獲得的水稻基因組“工作框架圖”和資料庫，是2000年5月啟動的這項研究的第一部分，其“精細圖”將在明年完成。在科學家的努力下，超級水稻基因組計畫進展迅速。截至目前，基因組測序覆蓋率和基因覆蓋率均在95％以上，覆蓋了水稻基因組的全部12個染色體，90％的區域準確率達到99％，完全符合“工作框架圖”的要求。這一成果由我國科學家獨立完成，其意義非比尋常。它標誌著我國已經成為繼美國之後第二個具有獨立完成大規模基因組測序和組裝分析能力的國家。
水稻基因組是迄今進行的植物基因組測序中最大的，約為人類基因組的七分之一。作為禾本科作物的代表，水稻全基因組研究將促進玉米、小麥等其他重要農作物的研究和套用發展，為遺傳改良農作物奠定基礎。這一研究在農業生產上的意義，可與人類基因組計畫對人類健康的意義相媲美。
