上海醫學院復旦大學上海醫學院成立以來大膽探索體制改革。在行政管理架構上設有黨委辦公室、院長辦公室、教學辦公室、科研辦公室和本科生、研究生工作組，負責管理和協調學院各方面工作。為創辦綜合性大學的一流醫學院，促進基礎醫學和臨床醫學融合，加快醫學學科建設，由醫學院的領導和各附屬醫院的院長組成上海醫學院院務委員會，是學院的諮詢決策機構。在教學管理架構上設有27個系，有解剖與組織胚胎學系、病原生物學系、免疫學系、細胞與遺傳醫學系、生物化學與分子生物學系、生理與病理生理學系、藥理學系、病理學系、神經生物學系、法醫學系、內科學系、外科學系、婦產科學系、兒科學系、神經病學系、精神衛生學系、皮膚病與性病學系、影像醫學系、眼科學系、耳鼻喉科學系、腫瘤學系、康復與運動醫學系、麻醉學系、口腔醫學系、臨床診斷學系、全科醫學系和中西醫結合系。學院現有國家重點學科20個；“211工程”建設重點學科8個；國家重點實驗室1個；教育部、衛生部重點實驗室8個；上海市重點學科2個；上海市臨床醫學中心8個。有博士後流動站4個，博士點29個，碩士點36個。
上醫校歌
（詞 黃炎培）
人生意義何在乎？為人群服務；
服務價值何在乎？為人群滅除痛苦。
可喜！可喜！病日新兮，醫亦日進；
可懼！可懼！醫日新兮，病亦日進。
噫---
其何以完我醫家責任？！
歇浦兮湯湯，古塔兮朝陽；
院之旗兮飄揚，院之宇兮輝煌！
勖哉諸君，
利何有？功何有？
其有此亞東幾千萬人託命之場！
系所設定
內科學系 外科學系 兒科學系
婦產科學系 眼科學系 耳鼻喉科學系
臨床診斷學系 精神衛生學系 皮膚病與性病學系
康復與運動醫學系 影像醫學系 神經病學系
麻醉學系 全科醫學系 口腔醫學系
腫瘤學系 中西醫結合系 解剖與組織胚胎學系
病理學系 生理與病理生理學系 藥理學系
生物化學與分子生物系 細胞與遺傳醫學系 免疫學系
病原生物學系 法醫學系 神經生物學系
室所中心
分子病毒實驗室 分子遺傳實驗室 分子生物實驗室
形態學科教學實驗室 功能學科教學實驗室 基因研究中心
數字醫學研究中心 電子顯微鏡中心實驗室 臨床技能學習中心
國家重點學科
上海醫學院神經生物學
生理與病理生理學
基礎醫學 人體解剖與組織胚胎學
病原生物學
病理學
臨床醫學
內科學（心血管病）
內科學（腎病）
內科學（傳染病）
兒科學
神經病學
影像醫學與核醫學
外科學（普外科）
外科學（骨科）
外科學（泌尿外科）
外科學（神經外科）
眼科學
耳鼻咽喉科學
腫瘤學
中西醫結合
中西醫結合基礎
中西醫結合臨床
