生平
永曆帝朱由榔（公元1623－1662年），又稱為桂王。明神宗朱翊鈞孫。清兵入關，他於廣東肇慶稱帝，在位15年，被清兵追逼而逃入緬甸，後為吳三桂索回絞殺於昆明，終年40歲。葬處不明。
小傳
永曆帝之墓而此時唐王弟朱聿粵稱帝於廣州，建元紹武。永曆政權和紹武政權在關鍵時刻卻不能團結一致，為爭所謂的正統地位而大動干戈，互相攻伐。紹武政權僅存在40天就被清軍消滅，朱由榔也在清軍進逼下逃往廣西，顛沛流離，處境極為險惡。
此時永曆政權開始與農民軍協同抗清。朱由榔先和李自成的大順軍餘部合作。自李自成死後，他的餘部分為二支，分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領，先後進入湖南，與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。1647年，郝搖旗部護衛逃來廣西的桂王居柳州，並出擊桂林。年底，大敗清軍於全州，進入湖南。次年，大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境。這時，廣東、四川等地的抗清鬥爭再起，在江西的降清將領金聲桓和在廣州的降清將領李成棟先後反正，清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。一時間，永曆政權控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省。出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。
但永曆政權內部矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。1649—1650年，農民軍將領何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘犧牲，清軍重新占領湖南、廣西；其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久，李過病亡，其子李來亨同其他農民軍將領率部脫離南明永曆政權，獨立抗清。
1652年，走投無路的朱由榔接受張獻忠的大西軍餘部孫可望、李定國聯合抗清建議，在貴州安隆所投靠了農民軍。這時，由孫可望、李定國已據有雲南全境。這年，李定國發動反攻，率軍8萬東出廣西，下桂林，又攻入湖南、廣東。使駐守桂林的清定南王孔有德戰敗自殺；隨後又在衡州殺清軍統帥敬謹親王尼堪，“兩蹶名王，天下震動”。同時，劉文秀亦出擊四川，克復川南。東南沿海的張煌言等的抗清軍隊也發動攻勢，並接受了永曆封號。抗清鬥爭再次出現高潮。
不幸的是，這時孫可望同李定國之間矛盾爆發，破壞了大好形勢。孫可望妒忌李定國功高勢大，陰謀殺李。李定國避往廣東，希望與鄭成功會師，收復廣州，但戰鬥失利，實力大損。他撤到貴州，接走了被孫可望劫持的永曆帝，1656年李定國擁桂王回師雲南。次年孫可望率軍征討李定國，大西軍內部同室操戈。孫可望兵力雖眾，但驕橫妒功,軍心不附,陣前倒戈，被李定國所敗。公元1658年，孫可望部降清，貴州、廣西均為清軍進占，使朱由榔失盡了地盤。公元1659年，清兵三路追逼，朱由榔無奈，於12月逃入緬甸境內，被緬甸人解除武裝後安置於草房之中，十分困辱。李定國曾連連交涉，欲迎他回雲南，均為緬甸國王拒絕。
公元1662年，吳三桂進兵緬甸，向緬甸國王索取朱由榔，緬甸國王哇達姆摩剛弒兄自立，內部不穩，無力與吳三桂對抗，只得答應吳三桂的請求，發兵3000，圍住朱由榔的住所，假稱要與朱由榔盟誓，要他的隨從出屋飲咒水。他的隨從次第而出，一個個被殺，共死42人。朱由榔自知難以脫身，哭著寫信給吳三桂，斥責了吳三桂叛明助清，忘恩負義。最後他卻又說，我如今兵衰力弱，命運懸在你的手中，倘若能留我一條活命，我什麼東西都願意給你。吳三桂不允，仍加緊向緬甸國王催索。緬甸國王派兵士把朱由榔連人帶座地抬到吳三桂軍營，眷屬25人哭著相隨。吳三桂將他押回雲南，拘禁於昆明。吳三桂擔心如將他押送北京，中途有被反清人士劫奪的危險，經清廷批准，於4月14日，將朱由榔及其眷屬25人押到昆明篦子坡絞死，從此，篦子坡改名為迫死坡。
永曆帝之死
1659年（順治十六年，永曆十三年）閏正月二十五日（丙子），朱由榔和小朝廷的文武官員在平陽侯靳統武護衛下，由永昌府（今雲南保山市）退到盞達土司，第二天行至布嶺，距離中緬邊境已經不遠了。馬吉翔認為只要進入緬甸國境就可以保住身家安全，同他的弟弟馬雄飛、女婿楊在秘密商議道：“我等百千謀議，方得車駕幸緬。今從官相隨又已至此。萬一得有寧宇，上意必悔不早入蜀；在廷又欲持文墨以議我弟兄。今護衛平陽侯右協孫崇雅與我極為同心。莫若先示以意，使之妄傳追逼，則乘輿今夜必兼程入關。伺夜半昏黑，車駕一過關，便將從官盡劫，則東奔西竄，流離萬狀，必無有隨駕者矣。”三人議定後即往告知孫崇雅。孫是靳統武的部將，本已感到前途黯淡，又有馬吉翔的慫恿，乘機發一筆國難財，何樂而不為？於是在這天晚上縱兵大肆擄掠。在夜色籠罩之下亂兵搶劫，連永曆皇帝也未能倖免，光著腳上不了山，直到天威營等兵趕到，才在深夜竄到銅鐵關（指銅壁關和鐵壁關），隨行的文武官員在流離當中又遭搶劫，苦不堪言；不少將士也在混亂當中若鳥獸散。二十六日白天到曩本河，距緬關十里。黔國公沐天波先派人去通知守關緬兵。由於歷史的原因，明朝鎮守雲南的沐國公是緬甸當局熟知的人物，守關緬兵紛紛下馬以禮相待。當他們得知隨永曆帝避難緬甸的文武有近兩千人馬，要求“必盡釋甲仗，始許入關”。永曆帝同意，“一時衛士、中官
盡解弓刀盔甲，器械山積關前，皆赤手隨駕去”。這一舉動曾經遭到一些忠於明室的人士的指責，認為自動解除武裝是“墮緬人計”，“向使馬吉翔、孫崇雅不暮夜兼程，則車駕入緬，護兵不散，猶易於出險而會兩藩（指晉王李定國、鞏昌王白文選），緬人不敢拘執，況敢獻清乎？”就當時形勢而言，緬甸是個比較弱小的國家，其當局接受南明皇帝入境避難而要求解除隨行人員武裝無可非議。問題在於朱由榔貪生怕死，在李定國等人還在雲南西部邊境地區組織兵力抗擊清軍時，就在馬吉翔之流竄撮下流入外邦，過著寄人籬下的生活，以為這樣清朝就可以放過他們，從而苟且偷安。作為實權人物的李定國在兵力不足以保衛昆明時，對朝廷的去向可能作了不正確的決策。他沒有堅持取道建昌入據四川，即便形勢危急還可以順長江而下同據守夔東的抗清義師會合，而贊成了馬吉翔等人向中緬邊境撤退的錯誤主張。然而，決策西撤併不等於同意流亡緬甸。事實上他自己當時沒有入緬，由他指派的護駕隊伍靳統武所轄兵員也只是到關為止，沒有跟隨永曆朝廷進入緬甸。當他接到靳統武的報告，緬甸當局禁止南明軍隊入境，永曆帝下令隨行人員自動解除武裝後，“慮緬情叵測”，派高允臣趕去，企圖追回永曆帝和隨行人員，不料，高允臣一入緬境即遭到緬方殺害。從後來的情況看，李定國同白文選等一再出兵緬甸想把永曆帝迎接回來，表明朱由榔的流亡緬甸根本未徵得李定國、白文選等最高將領的同意。從復明事業來看，永曆帝慌不擇路地進入外邦避難，標誌著旗幟半倒，給各地的復明志士在心理上蒙上了一層濃厚的陰影。對李定國、白文選等人來說，既要在窮山僻壤的邊境地區繼續抗擊清軍，又要耽心在緬甸的永曆帝的安全，弄得顧此失彼，心力交瘁。朱由榔、沐天波和其他朝廷隨行人員在順治十六年閏正月二十六日進入緬甸以後，二十九日到蠻莫，當地緬甸土官思線前來迎接，永曆帝賜給了金牌、緞帛厚禮。當對，黔國公沐天波、華亭侯王惟華、東宮典璽太監李崇實三人頭腦還比較清醒，他們認為把朝廷命運完全置於緬甸保護之下，萬一緬甸當局態度發生變化，將帶來難以預料的後果。因此，經過商議後共同提出建議：“此地屬緬邊，尚未深入。我等若將文武將士一半隨大駕（指朱由榔）入緬，以一半導太子入茶山調度各營，即上在緬地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗內外不通，終於生困。”永曆帝覺得這個建議有道理，可以考慮；可是，中宮王氏卻捨不得愛子遠離身邊，堅持不肯。朱由榔惟恐清軍跟蹤而來，自身難保，離開蠻莫時即諭土官思線砍倒樹木，阻塞道路。思線既得此諭，就在車駕啟行後，對關內外山箐搜括三天，碰上倉皇追駕的明朝官員一律加以拘捕，抄沒隨身財物，身強力壯者殺害於關前溝下，老弱者散給各土寨令其舂米，被折磨而死的即投入江中，銷屍滅蹤。三十日，行至河邊（約為八莫，靠伊洛瓦底江）。
二月初二日，緬甸國王派了四艘客船來迎接。由於船隻狹小，永曆帝挑選隨從官員六百四十六人扈從三宮由水道南下，其中有的官員還是自己出資雇買船隻隨行；剩下的九百多人由總兵潘世榮保護岷王世子等騎馬走陸路，其中有文書房太監江國泰、劉九皋、劉衡、段然忠、翟國禎等十四人，文官朱蘊金等，武官溫如珍、范存禮、姜承德、向鼎忠、高升、季大勝、謝安祚等。永曆帝聞風喪膽、自亂陣腳從他即位以來已成司空見慣。逃入緬甸時，李定國還在組織磨盤山戰役，清軍不可能直接威脅到小朝廷的安全。然而，二月初四日馬吉翔、李國泰擁簇著永曆帝登上緬甸客船，不僅隨從文武官還有不少人船隻沒有著落，連太后和東宮都沒人料理。永曆帝坐船開行後，太后大怒，說道：“皇帝此時未至顛沛，即不顧親娘耶？”朱由榔等才停泊了兩天，到初六日水路人員草草準備就緒，陸續開船南下。一路上緬甸寨民供應物品，十八日船到井梗（地近當時緬甸都城阿瓦，今曼德勒）。
二十四日，緬甸國王請永曆帝派兩位大臣過舟講話。朱由榔派中府都督馬雄飛（馬吉翔之弟）、御史鄔昌琦前往“宣諭南幸之意”。儘管永曆朝廷仍以宗主國自居，事實上卻是逃難而來，這點緬甸君臣自然非常清楚。為了避免禮節上難以處理得當，緬甸國王拒絕接見使者，只派漢人通事居間傳達信息。通事拿出明神宗時頒給緬甸的敕書同馬雄飛、鄔昌琦帶來的永曆敕書相核對，發現所蓋玉璽大小稍有出入，因此對永曆朝廷的正統地位產生懷疑。幸虧沐天波攜有歷代相傳的征南將軍印是明代同西南沿邊土司和接壤國家往來文書中經常使用，緬甸當局對比之後才解除了疑惑，允許永曆帝和他的隨行人員暫時居留境內。由潘世榮帶領取陸路南行的明朝官員士卒在三月十七日就到達了緬都阿瓦城隔河對岸處。由於人馬雜沓，引起緬甸國王的不安，他說：“此等非避亂，乃是陰圖我國耳！”派出兵丁加以包圍，強行把這批南明人員不分男女老幼分別安插於附近各村民家看管，一家一人，禁止往來。這批南明人士頃刻之間妻離子散，家產盪盡，失去了人身自由。通政使朱蘊金、中軍姜成德被迫自縊。五月初七日，緬甸當局才把永曆帝及其隨從由井梗移到原陸路人馬到達的阿瓦城隔河相望的地方，用竹子圍造了一座城，裡面建草房十間作為永曆帝的住所，其他隨行官員人等自行構房居住。朱由榔和他的隨從人員在緬都阿瓦城郊居住下來以後，同國內（包括邊境地區）的抗清實力之間已經很難保持聯繫，所謂“朝廷”、“正朔”不過虛有其名。緬甸當局雖然允許他們入境避難，卻始終沒有給予正式的官方接待。儘管緬甸國王住在阿瓦城中、流亡入緬的永曆君臣住於阿瓦城外，隔河相望，近在咫尺，各種文獻卻表明，兩人從來沒有見過面。開初，緬甸當局還給予一些物資幫助，即所謂“進貢頗厚”。永曆帝也還攜帶了一點積儲，有意回贈一分厚禮，用明朝習慣的說法是居高臨下的“賞賜”。緬甸官員表示：“未得王命，不敢行禮”，意思是不願對明朝皇帝行藩臣禮。朱由榔既無實力，也只好聽其自然。永曆朝廷暫時得到安置，多數文武官員毫無失國憂君之念，繼續過著苟且偷安，苦中作樂的生活。據記載，當地的緬甸居民紛紛來到永曆君臣住地進行貿易，這本無可非議，許多南明官員卻不顧國體，“短衣跣足，混入緬婦，席地坐笑”。一些緬甸人士也鄙夷這種醜陋行徑，私下說道：“天朝大臣如此嬉戲無度，天下安得不亡？”③一位通事也說：“我看這幾多老爺越發不像個興王圖霸的人。”永曆帝為了維護小朝廷的安全和體統，決定派官員輪流巡夜，奉派官員即乘機“張燈高飲，徹夜歌號”。這年八月間，朱由榔左腳患病，晝夜呻吟。馬吉翔、李國泰於中秋節晚上會飲於皇親王維恭家內，維恭家有廣東女戲子黎應祥，吉翔、國泰命她歌曲侑酒，黎應祥流著眼淚說：“上宮禁咫尺，玉體違和，此何等時，乃欲行樂。應祥雖小人，不敢應命。”王維恭竟然拿起棍子就打。朱由榔聽到哄鬧哭泣之聲，派人傳旨道：“皇親即目中無朕，亦當念母死新喪，不宜聞樂。”王維恭等人才暫時收斂。此外，綏寧伯蒲纓、太監楊國明等大開賭場，日夜呼么喝六，一片喧譁。永曆帝大怒，命錦衣衛士前往拆毀賭場，諸臣賭興正濃，那管什麼皇帝聖旨，換個地方重開賭場，喧嘯如故。八月十三日，緬甸國王派人來請黔國公沐天波過江參加十五日的緬歷年節。沐天波攜帶永曆帝原擬贈送的禮品過江後，緬甸君臣不準他穿戴明朝衣冠，強迫他換上民族服裝同緬屬小邦使者一道以臣禮至緬王金殿前朝見。按明朝二百多年的慣例，鎮守雲南的黔國公沐氏代表明帝國管轄雲南土司並處理周邊藩屬國家的往來事務，體統非常尊貴。這時卻倒了過來，要光著腳身穿民族服裝向緬王稱臣，心中苦惱可想而知。禮畢回來後，沐天波對朝廷諸臣說：“三月在井亘（吉梗）時不用吾言，以至今日進退維谷。我若不屈，則車駕已在虎穴。嗟乎，嗟呼，誰使我至此耶？”說完大哭起來。禮部侍郎楊在、行人任國璽還上疏劾奏沐天波失體辱國，永曆帝只好留中不報。到九月間，馬吉翔、李國泰對永曆帝訴說廷臣和隨從人員生活困難，有的人已經沒糧下鍋，意思是要朱由榔拿出“內帑”（這對流亡他國，自然不可能有任何財政收入）來救濟。朱由榔本來就沒有多少家產，這時屢經劫難，已經捉襟見肘，一怒之下把黃金製造的國璽扔到地上，讓他們鑿碎分給群臣。典璽太監李國用叩頭道：“臣萬死不敢碎此寶！”馬吉翔、李國泰卻毫無顧忌，當即將國璽鑿碎，分給各臣數錢至一二兩不等。這件事充分說明隨永曆帝入緬的多數官員已如行屍走肉，毫無共赴國難之意。不久，緬甸政府送來一批新收的稻穀，朱由榔指示分給窮困的隨行官員。馬吉翔卻視若己物，分給同自己交情密切的人員，引起小朝廷內部極大不滿。護衛總兵鄧凱大呼道：“時勢至此，尚敢蒙蔽上聽。升斗之惠，不給從官，良心何在？”馬吉翔命手下人把鄧凱打翻在地，傷足不能行走。永曆帝進入緬甸，李定國在磨盤山戰役中失敗後引兵沿邊境南撤，互相間的聯繫逐漸削弱。受李定國派遣負有保護永曆皇帝和朝臣、家屬責任的靳統武、梁傑等將領眼看朱由榔和隨從已經進入緬甸境內，並且接受了緬方解除武裝的要求，他們既不敢阻止皇帝的行動，又不願自動解除武裝流亡異邦，因此，靳統武等也帶領部下兵將由銅壁關追隨李定國部主力向南撤退。
閏正月二十九日，鞏昌王白文選領兵由雪山平夷攀崖附木來到隴川。
二月十五日，同李定國軍相會於木邦。兩人都認為雲南內地雖然被清軍占領，散處在雲、貴、川的兵力還有不少。永曆朝廷的逃入緬甸，對諸將的堅持抗清必將在心理上造成極為不利的影響。因此，他們感到當務之急是把永曆帝從緬甸接回國內。經過商議以後，由白文選先領兵進至磨整、雍會，這裡已是緬境地區。由於天氣炎熱，白文選命令部下卸甲解鞍，在樹陰下休息，派出兩名使者找尋緬甸地方官通知這次明軍入緬只是為了接回永曆皇帝。不料使者在途中被緬人殺害。白文選又派十名騎兵前往說明情由，又遭到緬兵擊殺。當時緬甸官員有一種錯覺，以為南明皇帝入境避難，明朝的軍隊大概剩下的不過是一些散兵游勇，已經不堪一擊。他們看到白文選軍中有不少馬匹，就派出一二百騎闖入明軍營中搶馬。白文選大為震怒，下令整頓兵馬，立即反擊。緬方搶馬的士卒被文選部下兵將追到河邊，紛紛溺水而死。緬軍主力（據文獻說有“數十萬”，可能失之誇張）在江對岸列陣，準備迎戰。白文選命令部下士卒砍伐樹木編造筏排，渡江作戰。緬軍自恃人多勢眾，對南明軍隊看不上眼，主事大臣變牙簡說：“漢人無狀，然亦不多，須俟其盡渡，然後扼而盡殲諸江中可也。”文選兵坐在木筏上魚貫而渡，剛渡過一百多騎兵，文選在對岸下令吹起號角，百騎一鼓而前，緬軍抵敵不住，陣勢大亂。明軍占領灘頭前進基地後，文選主力陸續渡河，全面進攻，緬軍大敗，被殺傷兵據說在萬人以上。緬甸當局這才知道明軍強勁，收兵入城據守。白文選意欲攻城，又擔心城內的永曆帝的安全，不敢莽撞行事。緬甸官員質問朱由榔：“爾到我家避難，云何殺我地方？”永曆帝並不知道白文選率兵前來接駕的詳情，回答道：“既是我家兵馬，得敕諭自然退去。”隨即派官員齎帶敕令命明將退兵。緬甸當局惟恐永曆使臣同白文選見面後，各自了解對方情形和緬甸態度，不讓永曆官員出城，而自行派人將敕文送至白文選營。文選叩頭接受敕文，當天就下令退兵。
四月間，明將廣昌侯高文貴、懷仁侯吳子聖也率領一支兵馬入緬迎駕，但他們所取的道路同白文選不一樣，大致上就是永曆帝入緬的路線。高文貴、吳子聖的軍隊遭到緬甸當局阻止，他們自以為並沒有侵占緬甸領土的意思，不過接出永曆君臣罷了。於是，決心動武，殺入蠻莫。緬軍抵敵不住，又逼迫永曆帝發敕諭責令高、吳退兵。朱由榔一味遷就，派吏部郎楊生芳、錦衣衛丁調鼎前往敕令二將退兵。高文貴、吳子聖接到諭旨後被迫從布嶺退兵；文貴憂憤於心，不久病死；而楊生芳、丁調鼎回到流亡小朝廷後，竟以退兵有功，“升秩有差”。
永曆皇帝甚至在馬吉翔和太監李國泰的慫恿下發出敕令給緬甸各守關隘官員說：“朕已航閩，後有各營官兵來，可奮力剿殲”，藉以換取緬甸當局的歡心。當時，李定國、白文選部活動於滇緬邊境一帶，同據守福建海島的鄭成功、張煌言部等擁明勢力還斷斷續續保持著秘密聯繫，當然知道永曆帝仍在緬甸，並未“航閩”。因此，仍然不斷地派遣使者甚至出兵迎接永曆君臣。
1660年（順治十七年，永曆十四年），白文選率領兵馬一直推進到緬甸都城阿瓦附近，九月間永曆朝廷收到晉王李定國迎駕疏和致廷臣書，其中寫道：“前此三十餘疏，未知得達否？今此緬王相約，何地交遞？而諸公只顧在內安樂，全不關切出險一事，奈何？奈何？”緬甸當局又要求永曆帝發敕書退兵，明軍等候多日，不得要領，只好拔營而回。
1661年（順治十八年，永曆十五年）二月二十八日，鞏昌王白文選托緬甸人秘密送上奏疏說：“臣所以不敢連破緬者，恐緬未破而害先及於皇上爾！為今之計，令多方委蛇，使緬送駕出來為穩著。”朱由榔當時在緬甸的日子已經相當不好過了，在璽書中懇切地盼望李定國、白文選能夠迎駕成功。過了五六天，緬甸百姓傳說白文選已經在七十里外搭浮橋準備渡江來救出永曆君臣。不料幾天以後訊息傳來緬軍已把浮橋蔑纜砍斷，明軍無法渡河，最後一次挽救永曆朝廷的入緬軍事行動以失敗告終。這年三月間，沐天波見緬甸當局派兵看守永曆君臣，知道情況不妙，同原屬晉王的總兵王啟隆商議，歃血定謀組織敢死志士數十人殺掉馬吉翔、李國泰，保護太子突圍投奔李定國、白文選的隊伍。這一密謀很快被馬吉翔、李國泰察覺，他們謊奏永曆帝說，沐天波、王啟隆私下勾結緬甸準備謀害皇室。朱由榔沒有弄清情況，就下令把沐天波的家丁李成、王啟隆的家丁何愛各付其主立即處死。沐天波，王啟隆雖未因此遇害，他們為了挽救明室的最後一片苦心卻化作了泡影。
在這以後，還有黎維祚充當在緬的永曆帝與在邊境地區的李定國等營的秘密使者，作迎駕出緬的最後努力。黎維祚曾經任職永曆朝廷，朱由榔進入緬甸以後，諸將分別率領部下士眾轉入邊境土司管轄區。在勢同瓦解的情況下，黎維祚遍走各營，勸以大義，殘存各藩鎮都為他所感動，具表迎駕。黎維祚把諸將迎鑾表文藏在挖空的木棒之中，於1661年（順治十八年）九月十八日到達孟艮府，面呈晉王李定國。定國深表贊同，十月初六日發給令諭一道，其中云：“今皇上入緬，勢已危急，若能走通聲息，懋建奇功，決不負若。當即為若轉奏。”維祚隨即赴緬，歷盡艱辛到達阿瓦城，因緬人防範甚嚴，不能面見，托人轉呈永曆帝。朱由榔閱疏後，十月十五日給敕書云：“皇帝密敕瀝膽將軍黎維祚，據晉藩奏，爾忠肝貫日，義膽渾身，穿虎豹，趨辰極，烈風勁草，殊軫朕懷。茲授爾瀝膽將軍督理滇黔楚蜀，遍歷諸勛將士，山林隱逸等，謹慎圖防，枕戈以俟。候晉、鞏兩藩舉師，四路策應，旦夕是圖，勿遲勿忽。”另外還給予空白敕書百道、印三顆。黎維祚把敕印藏在小船底部夾板之內，船上設定神像，敲擊鉦鑼而行。到達孟艮後，定國大喜，命他轉報各營將領。聯絡初定，黎又於十一月動身入緬復命。行至騰越，緬方已經把永曆帝獻給清軍。黎維祚痛心疾首，在得到清將允許後入見永曆。朱由榔對他大哭，維祚淚流滿面地說：“事今至此，臣惟疾奔告諸營整兵於要道接駕。”他的意思是估計吳三桂、愛星阿等人將把永曆帝押送北京獻俘，計畫聯絡忠於明室的將領於途中救出。朱由榔說：“兒子，爾可致意十三家等，若能救我出，我只願修行去。”哽咽不能言。“手剪御衣一片，密寫敕付即行。”黎維祚“晝夜兼程抵荊侯營，謀共於貴州偏橋劫駕”。不料清方也考慮到路途遙遠，地方不靖，決定將朱由榔父子在昆明處死。黎維祚計畫落空，佯狂而遁。這件事在陳起相《瀝膽遺事》一文里有比較詳細的記載。占領昆明和雲南大部分地區以後，清廷和前線統軍大帥在順治十六年五、六月間反覆研究是否出兵緬甸捉回永曆帝朱由榔。由於路途艱險，雲南地方破壞很大，籌集糧草非常困難，滿洲兵將又不適應當地氣候，寧南靖寇大將軍羅托、安遠靖寇大將軍多尼、征南將軍趙布泰等都不願擔此重任，希望早日班師回京休息。因此，清廷兵部會商的意見是由多尼下固山額真宜爾德留鎮省會昆明，讓平西王吳三桂為統帥，以漢軍和綠營兵為主，會同固山額真卓羅帶領的少數滿洲兵一道進軍緬甸。六月初二日經清廷批准，命經略洪承疇部署具體進軍事宜。
洪承疇接到朝廷諭旨後，深感困惑。他上疏報告糧餉、兵力不敷，雲南地方“蹂躪至極，兵火殘黎，朝不保夕。糧米騰貴，買備無出，軍民飢斃載道，慘難見聞”。何況，李定國等“逃竄猛猛、孟艮等處”，“而各路土司、偽營殘兵各私受定國偽札、偽印，歃血立盟，伺隙起釁，已屢見告。茲若一聞大兵西追，勢必共思狂逞，避實突虛，以復竄內地。彼時追剿大兵相隔已遠，不能回顧，而雲南大兵又以駐紮省城，未能遠追，倘致巨逆竄逸，所關匪小”。因此，他建議本年內不出兵緬甸，待明年（順治十七年）秋收以後八、九月間進兵。至於兵將的安排，洪承疇建議只留部分精銳滿兵由卓羅統領駐紮省城，吳三桂的軍隊則分駐於迤西永昌、順寧、雲州、景東各要害處所，做好穩定雲南地方的工作。這就是他針對當時雲南情況制定的基本方針：“須先有內安之計，乃可為外剿之圖。”清政府為了彌補自己在兵力、物力、財力上的不足，還企圖通過緬甸當局和雲南邊境土司之手不戰而勝。
1659年（順治十六年）九月，洪承疇奉清朝“皇帝特諭”致書緬甸軍民宣慰使司和蠻莫宣撫司，要他們主動交出朱由榔、沐天波和李定國。兩件書信的措詞頗多類似之處，前半段均云：照得明運告終，草寇蜂起，逆賊張獻忠流毒楚、豫、粵、蜀，屠戮幾無噍類，實為禍首。鏇致闖賊李自成同時煽亂，破壞明室。我皇上原欲與故明講和，相安無事。惟因明祚淪亡，生民塗炭，不忍置之膜外，乃順天應人，殲滅群凶，復故明之仇，雪普天之恨。不兩年間，統一區宇，臣服中外，殊方絕俗，罔不慕義向風，梯航稽首。惟獻賊遺孽李定國自知罪惡滔天，神人共憤，鼠竄雲南，假借永曆偽號，蠱惑愚民。不知定國既已破壞明朝全盛之天下，安肯復扶明朝疏遠之宗支，不過挾制以自專，實圖乘釁而自立，橫肆暴虐，荼毒生靈，漢土民人，肝腦塗地，實難堪命。……倘或不審時勢，有昧事機，匿留中國罪人，不惟自貽虎狼吞噬之患，我大兵除惡務盡，勢必尋蹤追剿，直搗區藪，彼時玉石難分，後悔無及。在給緬甸當局的信中有一段說：“至聞永曆隨沐天波避入緬境，想永曆為故明宗枝，群逆破壞明室，義不共天，乃為其挾制簸弄，勢非得已。今我皇上除李自成、張獻忠、李定國，為明復不世之仇，永曆若知感德，及時歸命，必荷皇恩，彷古三恪，受福無窮。若永曆與天波執迷不悟，該宣慰司歷事中朝，明權達變，審順逆之機，早為送出，當照擒逆之功，不靳封賞。不然留匿一人，累及合屬疆土，智者必不為也。”給蠻莫土司札中則云：“凡土司有能擒縛定國解獻軍前，則奇功偉績，本閣部立奏上聞，必蒙皇上優加升賞，傳之子孫。”洪承疇採取的措施，逐步鞏固了清朝對西南的統治，為最終結束永曆政權奠定了基礎。他本人則因老病昏花，於順治十六年十月間經清廷批准解除了經略職務，動身返回北京調理。1660年（順治十七年，永曆十四年），清廷命吳三桂留鎮雲南，總管該省軍民事務。吳三桂大權在握，一心想繼承明代沐氏家族世鎮雲南的地位。據說，他在經略洪承疇回朝復命之前曾經請教“自固之策”，承疇回答道：“不可使滇一日無事也。”“三桂頓首受教”。
吳三桂既以“雲南王”自居，就極力主張用兵掃滅逃入緬甸的永曆帝和南明在雲南一帶的殘餘勢力。清廷本意認為永曆帝逃入緬甸，李定國、白文選等避入邊境土司，不過是爝火餘燼，無妨大局，可以任其自生自滅。特別是連年用兵，財政困難（在順治十八年甚至背棄諾言重新徵收明末加派的“三餉”），要想出動大批軍隊征討邊遠地區，兵員、糧餉都難以為繼，因此並不熱心。吳三桂出於自身利益考慮，一再上疏力主用兵。順治十七年二月二十日奏本充分表達了他的意圖，疏中說：臣三桂請進緬，奉旨一則曰：“若勢有不可行，慎勿強行。”再則曰：“斟酌而行。”臣竊以為逆渠李定國挾永曆逃命出邊，是滇土雖收，而滇局未結，邊患一日不息，兵馬一日不寧。軍費益繁，睿慮益切。巨荷恩深重，叨列維藩，職守謂何？忍以此貽憂君父。顧臣向請暫停進緬者，蓋謂南服新經開闢，人心向背難知，糧草不充，事多牽繫，在當日內重而外輕也。乃拜疏之後，果有元江之事，土司遍地動搖，仗我皇上威靈，一舉掃蕩，由此蓄謀觀望之輩始知逆天之法難逃，人心稍覺貼然。然逆渠在邊，終為隱禍。在今日內緩而外急也。臣恭承上諭，一則曰：若勢不可行，慎勿強行。再則曰：務必籌畫斟酌而行。大哉天語，詳慎備至，臣智慮粗疏，言無可采。惟是再三籌斟，竊以為邊孽不殄，實有三患二難，臣請畢陳其說。夫永曆在緬，而偽王李定國、白文選、偽公侯賀九儀、祁三升等分住三宣、六慰、孟良一帶，藉永曆以惑眾心，儻不乘此天威震赫之時，大舉入緬，以盡根株，萬一此輩立定腳根，整敗亡之眾，窺我邊防，奮思一逞，比及大兵到時彼已退藏，兵撤復至，迭擾無休，此其患在門戶也。土司反覆無定，惟利是趨，有如我兵不動，逆黨假永曆以號召內外諸蠻，餌以高爵重祿，萬一如前日元江之事，一被煽惑，遍地蜂起，此其患在肘腋也。投誠官兵雖已次第安插，然革面恐未革心，永曆在緬，於中豈無繫念？萬一邊關有警，若輩生心，此其患在腠理也。今滇中兵馬雲集，糧草問之民間，無論各省銀兩起解愆期，難以接濟，有銀到滇召買不一而足，民室苦於懸磐，市中米價日增，公私交困，措餉之難如此也；凡召買糧草，民間須搬運交納，如此年年召買，歲歲輸將，民力盡用官糧，耕作半荒於南畝，人無生趣，勢必逃亡，培養之難又如此也。臣徹底打算，惟有及時進兵，早收全局，誠使外孽一淨，則邊境無伺隙之患，土司無簧惑之端，降人無觀望之志。地方稍得蘇息，民力稍可寬紓。一舉而數利存焉。竊謂救時之方，計在於此。謂臣言可采，敕行臣等遵奉行事。臣擬今歲八月間同固山額真卓羅統兵到邊養馬，待霜降瘴息，大舉出邊，直進緬國。明年二月，百草萌芽，即須鏇師還境。……吳三桂在疏中還具體講述了計畫進軍所需要的兵員和輔助人員，總數為“通計大兵、綠旗兵、投誠兵、土司倮及四項苦特勒約共十萬餘口”，兵餉總額“大約此舉共得銀二百二三十萬餘兩，乃可以告成事，雖所費如此，然一勞永逸宜無不可也”。這件有名的“三患二難”
疏是吳三桂借清廷之箸為自己謀畫，說服清廷決策進軍邊境，迫使緬甸國王送出永曆帝。後來，吳三桂等發動三藩之變時，清廷打出的一張王牌正是把吳三桂這件奏疏內容公之於眾，使吳三桂難以擁立一位朱明宗室為傀儡號召天下，在政治上處於被動地位。這倒是吳三桂始料所不及的，也說明他本意不過是想在清廷統治下保有在雲南的世襲地位而已。就當時的形勢分析，吳三桂主張的“一勞永逸”確實符合清朝統治的穩定，只要永曆帝及其太子尚存，西南邊境、東南沿海、夔東山區的抗清武裝以及清統治區內的復明勢力在心理上就有所歸依，還存在一線復興希望。四月三十日，清廷經議政王、貝勒、大臣會議後，同意吳三桂相應進剿，由戶部撥給兵餉三百三十萬兩。為了慎重起見，順治帝派學士麻勒吉、侍郎石圖前往雲南，同吳三桂面商機宜。到這年八月十八日清廷終於決定採納吳三桂的意見，任命內大臣、公愛星阿為定西將軍，率領八旗兵由北京前往雲南，會同吳三桂進兵緬甸捉拿永曆帝，同時徹底摧毀西南邊陲的抗清勢力。緬甸當局態度的轉變，也給清廷以可趁之機。朱由榔帶領隨從進入緬甸時，他們對南明朝廷多少持有善意。後來看到清朝的統治已經基本穩定，不願因為收留南明流亡政權開罪於中國的實際統治者。李定國、白文選一再進兵緬甸救主，弄成雙方兵戎相見，緬甸當局從維護本國利益出發，決定轉而配合清兵，消滅殘明勢力，以便保境安民。
1661年（順治十八年）正月初六日，緬甸國王莽達喇派遣使者來到雲南，提出以交出永曆帝為條件請清軍合攻李定國、白文選部明軍。吳三桂認為“雖機會甚佳，而時序已過”，不便出動大軍，玩弄策略，只命永昌、大理守邊兵至境上“大張旗鼓，號作先鋒”，虛張聲勢藉以牽制緬甸當局不要把永曆帝送交李定國、白文選軍。1661年（順治十八年，永曆十五年）五月二十三日，緬甸國王的弟弟莽白在廷臣支持下發動宮廷政變，處死老國王，自立為王。新王派使者來向永曆帝索取賀禮，這時永曆朝廷飄泊異邦已經一年多了，坐吃山空，經費上業已陷入窘境，拿不出多少像樣的賀禮。但是緬甸當局的意圖顯然不是為了得到財物，而是借僅僅具有象徵意義的明朝皇帝致賀來增強自己在政治上的地位。永曆君臣“以其事不正，遂不遣賀”。南明流亡政府的這種僵硬態度使原已不佳的與緬方關係更形惡化。七月初六日，緬甸大臣來訪，當面責備道：“我已勞苦三載，老皇帝及大臣輩亦宜重謝我。前年五月，我王欲殺你們，我力保不肯。毫不知恩報恩”，說完懷恨而去。十六日，緬甸國王決定剷除永曆隨行官員，派人通知永曆廷臣過江議事。鑒於雙方關係緊張，文武官員心懷疑懼都不敢去。十八日，緬甸使者又來說：“此行無他故，我王恐爾等立心不臧，欲爾去吃咒水盟誓。爾等亦便於貿易。不然斷絕往來，並日用亦艱矣。”永曆廷臣明知其中有詐，即由世鎮雲南的黔國公沐天波答覆道：“爾宣慰司原是我中國封的地方。今我君臣到來，是天朝上邦。你國王該在此應答，才是你下邦之理，如何反將我君臣困在這裡。……今又如何行此奸計？爾去告與爾國王，就說我天朝皇帝，不過是天命所使，今已行到無生之地，豈受爾土人之欺？今日我君臣雖在勢窮，量爾國王不敢無禮。任爾國兵百萬，象有千條，我君臣不過隨天命一死而已。但我君臣死後，自有人來與爾國王算賬。”在緬方堅持下，大學士文安侯馬吉翔、太監李國泰等提出要由黔國公沐天波一同前往，方能放心。沐氏為明、清及西南邊境各邦國、土司重視的人物，馬吉翔等認為有沐天波在場，不致變生意外。緬甸當局為實現計畫勉強同意。次日黎明，馬吉翔等傳集大小官員渡河前往者梗之睹波焰塔準備飲咒水盟誓，僅留內官十三人和跛足總兵鄧凱看守“行宮”。上午，文武官員到達塔下即被緬兵三千人團團圍定。緬方指揮官員命人將沐天波拖出包圍圈，沐天波知道變生肘腋，奪取衛士的刀奮起反抗，殺緬兵九人；總兵魏豹、王升、王啟隆也抓起柴棒還擊，終因寡不敵眾，都被殺害。其他被騙來吃咒水的官員人等全部遇難，其中包括松滋王、馬吉翔、馬雄飛、王維恭、蒲纓、鄧士廉、楊在、鄔昌琦、任國璽、鄧居詔、王祖望、楊生芳、裴廷謨、潘璜、齊應巽，總兵王自金、陳謙、龔勛、吳承爵，總兵改授通判安朝柱，錦衣衛掌衛事任子信、金書張拱極、丁調鼎、劉相、宋宗宰、劉廣銀、宋國柱等，內官李國泰、李茂芳、沈猶龍、李崇貴、楊強益等，吉王府官張伯宗等數十名官員。緬軍謀殺明室扈從人員後，隨即蜂擁突入永曆君臣住所搜掠財物女子。朱由榔驚惶失措，倉卒中決定同中宮皇后自縊。侍衛總兵鄧凱規勸道：“太后年老，飄落異域。皇上失社稷已不忠，今棄太后又不孝，何以見高皇帝於地下？”永曆帝才放棄了自盡的打算。緬兵把永曆帝、太后、皇后、太子等二十五人集中於一所小屋內，對其餘人員及扈從官員家屬濫加侮辱。永曆帝的劉、楊二貴人，吉王與妃妾等百餘人大都自縊而死。緬兵搜刮已盡時，緬甸大臣才在通事導引下來到，喝令緬兵：“王有令在此，不可傷皇帝及沐國公。”可是，沐天波已經在“吃咒水”時被擊殺。當時永曆朝廷住地一片狼藉，屍橫滿地，觸目驚心。緬甸官員請朱由榔等移往別處暫住；沐天波屋內尚有內官、婦女二百餘人也聚作一處，“母哭其子，妻哭其夫，女哭其父，驚聞數十里”。經過這樣一番徹底的洗劫，倖存人員已無法生活，附近緬甸寺廟的僧眾送來飲食，才得以苟延殘喘。
二十一日，緬方把永曆君臣原住地清理以後，又請他們移回居住，給予糧米器物。
二十五日，又送來鋪蓋、銀、布等物，傳言：“緬王實無此意，蓋以晉、鞏兩藩殺害地方，緬民恨入骨髓，因而報仇爾。”這只是在清兵到來以前，為防止永曆帝自盡而編造的敷衍之辭。因為李定國、白文選引兵入緬目的是接出永曆君臣，緬甸當局發兵阻擋，雙方才互有殺傷。不過，緬甸當局拒絕把永曆君臣送往李、白軍中，必然是考慮到了中國當時的局勢，清朝統治業已基本穩固，南明殘存軍隊恢復中原無望，勢必長期盤踞或轉戰中緬接境地區，把永曆帝掌握在自己手中或引渡給清方，對於遏制南明軍隊在緬甸境內活動更為有利。所以，在明清交替之際中緬關係上出現的一些問題應該受到指責的不是緬甸當局，而是永曆朝廷的決策流亡緬甸。經過這番咒水之難，朱由榔真正成了孤家寡人，小朝廷實際不存在了，只有內地和沿邊的一些復明勢力仍然遙奉這位顧影自憐的天子。他受不了這個打擊，病了一場，稍好一點時太后又病了。十一月十八日，朱由榔對總兵鄧凱說：“太后復病，天意若不可挽回，韃子來殺朕，使太后骸骨得歸故土。當日朕為奸臣所誤，未將白文選封親王，馬寶封郡王，以致功臣隳心，悔將何及？”這表明他對前途已經完全失望，剩下的只是悔恨與惆悵。
順治十七年（1660）八月，在平西王吳三桂的請求下，清廷決定出兵緬甸，迫使交出明永曆皇帝，並且摧毀在雲南邊境地區繼續抗清的李定國軍。內大臣一等公愛星阿被任為定西將軍，率領滿洲兵馬赴滇，同吳三桂一道負責進軍事宜。敕書中說：“茲以逆賊李定國已經敗竄，怙惡不悛，宜盡根株，以安疆圉。特命爾愛星阿為定西將軍，統兵同平西王吳三桂相機征討。凡事與都統卓羅、鄂爾泰、孫塔、署護軍統領畢立克圖、護軍統領費雅思哈等會議而行。如進剿，則令卓羅守城……”
次年（1661）四月，愛星阿軍至貴陽，餵馬十天后向雲南進發。八月二十四日，吳三桂、愛星阿部署滿、漢兵由昆明分兩路西進。十一月初九日，吳三桂所遣總兵馬寧、副都統石國柱以及降將祁三升、馬寶、高啟隆、馬惟興等由姚關推進到木邦。吳三桂、愛星阿致書緬甸國王，要求交出永曆君臣。清方記載中說：“偽晉王李定國先奔景線，偽鞏昌王白文選遁據錫波，憑江為險。官兵自木邦晝夜行三百餘里，臨江造筏將渡。白文選復奔茶山。吳三桂、愛星阿遣總兵官馬寧等率偏師追之，自領大軍直趨緬城。先遣人傳諭緬酋，令執送偽永曆朱由榔，否則兵臨城下，後悔無及。”
永曆帝得到清軍進入緬境的訊息後，給吳三桂寫了下面這封信：將軍本朝之勛臣，新朝之雄鎮也。世膺爵秩，藩封外疆，烈皇帝之於將軍可謂甚厚。詎意國遭不造，闖逆肆志，突我京師，逼死我先帝，掠殺我人民。將軍縞素誓師，提兵問罪，當日之本衷原未盡泯也。奈何清兵入京，外施復仇之虛名，陰行問鼎之實計。紅顏幸得故主，頓忘逆賊授首之後，而江北一帶土宇，竟非本朝所有矣。南方重臣不忍我社稷顛覆，以為江南半壁，未始不可全圖。詎鸞輿未暖，戎馬卒至。閔皇帝（指弘光）即位未幾，而車駕又蒙塵矣。閩鎮興師，復振位號，不能全宗社於東土，或可偏處於一隅。然雄心未厭，並取隆武皇帝而滅之。當是時，朕遠竄粵東，痛心疾首，幾不復生，何暇復思宗社計乎？諸臣猶不忍我二祖列宗之殄祀也，強之再四，始膺大統。朕自登極以來，一戰而楚失，再戰而西粵亡。朕披星戴月，流離驚竄，不可勝數。幸李定國迎朕於貴州，奉朕於南（寧）、安（隆），自謂與人無患，與國無爭矣。乃將軍忘君父之大德，圖開創之豐勛，督師入滇，犯我天闕，致滇南寸地曾不得孑然而處焉。將軍之功大矣！將軍之心忍乎？不忍乎？朕用是遺棄中國，鏇渡沙河，聊借緬國以固吾圉。出險入深，既失世守之江山，復延先澤於外服，亦自幸矣。邇來將軍不避艱險，親至沙漠，提數十萬之眾，追煢煢羈旅之君，何視天下太隘哉！豈天覆地載之中，竟不能容朕一人哉！豈封王錫爵之後，猶必以殲朕邀功哉！第思高皇帝櫛風沐雨之天下，朕不能身受片地，以為將軍建功之能。將軍既毀宗室，今又欲破我父子，感鴟鴞之章，能不慘然心惻耶？將軍猶是中華之人，猶是世祿之裔也。即不為朕憐，獨不念先帝乎？即不念先帝，獨不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，獨不念己身之祖若父乎？不知新王何親何厚於將軍，孤客何仇何怨於將軍？彼則盡忠竭力，此則除草絕根，若此者是將軍自以為智，而不知適成其愚。將軍於清朝自以為厚，而不知厚其所薄，萬祀而下，史書記載，且謂將軍為何如人也。朕今日兵單力微，臥榻邊雖暫容鼾睡，父子之命懸於將軍之手也明矣。若必欲得朕之首領，血濺月日，封函報命，固不敢辭。倘能轉禍為福，反危就安，以南方片席，俾朕備位共主，惟將軍命。是將軍雖臣清朝，亦可謂不忘故主之血食，不負先帝之厚恩矣。惟冀裁擇焉。這大概是永曆帝留下的最後一份檔案了。其音哀愁如秋蟲鳴泣，無壯烈之氣，有乞生之念。語云：鳥之將死，其鳴也哀。南明志士寄希望於這樣的皇帝實現中興大業，真可說是緣木求魚了。順治十八年十二月初一日，清軍迫近緬甸阿瓦，緬甸國王大驚，決定送出朱由榔父子以避免本國捲入明、清之戰。劉健記載：“十二月朔，三桂至舊晚坡。緬相錫真約我兵往迎永曆。錫真持貝葉緬文納款，譯其文有：願送永曆出城，但求退兵扎錫坡，等語。蓋恐大兵襲其城也。”初二日未時，一隊緬甸士兵突然來到永曆住地，口稱：“中國有兵來近城，我國發兵由此抵敵，宜速移去。”說完，七手八腳把朱由榔連同座椅抬起就走，另外備轎供太后、皇后乘用，太子朱慈烺和其他隨從一併起行。在緬兵押送下陸行五里即抵河岸，戌時渡河，只聽見對岸兵馬往來，人聲嘈雜，也不知道是誰家兵馬。清軍先鋒噶喇昂邦擔心永曆帝室得知實情可能在渡河時投水自盡，事先安排了不久前降清的鐵騎前營武功伯王會到河邊等候，永曆座船抵岸時，他即上前拜見，自稱奉晉王李定國之命特來迎駕。朱由榔還蒙在鼓裡，對王會慰勞有加。直到王會把永曆一行人送入清軍營中，朱由榔才發覺上當，憤慨不已，斥責王會的叛賣行徑。王會內心有愧，無言而退。參考諸書記載，吳三桂等所統清滿、漢軍主力進至舊晚坡，該處“去緬城（指緬京阿瓦，今曼德勒）六十里”，前鋒到達阿瓦城對岸河邊，“緬人謀獻桂王，請大軍留駐”。《陽秋雜錄》記：“吳三桂標將有商於吳者。問以舊晚坡之事，據云：十二月初三日，三桂至舊晚坡，檄緬送王，並索從亡諸臣頭首。緬迫於兵威，亦遣人相聞。薄暮，緬人送人首三十七至三桂營（按：當即死於咒水之難之明臣），營中訛言王薨。及二鼓，言王至矣。隨眾出迎，見二艘渡江來，一為王及太妃、王妃、世子、郡主，一為遇害諸臣家屬。有緬相及蠻兵二百餘人俱至。三桂送王及宮眷於公所。王南面坐，達旦。三桂標下舊官相繼入見，或拜，或叩首而返。少頃，三桂進見，初甚倔傲，見王長揖。王問為誰？三桂噤不敢對。再問之。遂伏地不能起。及問之數至，始稱名應。王切責曰：‘汝非漢人乎？汝非大明臣子乎，何甘為漢奸叛國負君若此？汝自問汝之良心安在？’三桂緘口伏地若死人。王卒曰：‘今亦已矣，我本北京人，欲還見十二陵而死，爾能任之乎？’對曰：‘某能任之。’王令之去，三桂伏不能起，左右扶之出，則色如死灰，汗浹背，自後不復敢見。”初九日，吳三桂班師。回滇途中，吳三桂於下營時均將朱由榔一家置於附近地方帳篷內，由滿洲官兵嚴密看守。原先隨從永曆的明朝官員妻妾躲過咒水之難後，又被滿洲官兵搶去。侍候朱由榔的人只剩下小內官五人、面貌醜陋的小宮女三四人和跛足侍衛總兵鄧凱。
康熙元年（1662）三月十二日，清廷以擒獲永曆帝詔告天下，詔書中說：“念永曆既獲，大勛克集。士卒免徵戍之苦，兆姓省輓輸之勞。疆圍從此奠安，閭闔獲寧乾止。是用詔告天下，以慰群情。”五月，吳三桂因擒獲朱由榔有功，進封為親王。在清廷詔告全國的同一天，朱由榔和他的眷屬被押回雲南昆明。昆明城中許多百性眼見皇帝蒙難，不免黯然神喪。當時一個目擊者說：“永曆之自緬歸也，吳三桂迎入，坐輦中。百姓縱觀之，無不泣下沾襟。永曆面如滿月，須長過臍，日角龍顏，顧盼偉如也。”清軍把朱由榔一家圈禁在世恩坊原崇信伯李本高宅內。吳三桂等人認為如果押解赴京獻俘，路途遙遠，恐怕發生意外，建議就地處決，得到清廷核准。四月二十五日，朱由榔、朱慈烺和國戚王維恭的兒子被處死。據記載，行刑前吳三掛主張拖出去砍頭，滿洲將領不贊成，愛星阿說：“永曆嘗為中國之君，今若斬首，未免太慘，仍當賜以自盡，始為得體”；安南將軍卓羅也說：“一死而已，彼亦曾為君，全其首領可也。”於是，把朱由榔父子和王維恭子抬到門首小廟內，用弓弦勒死。隨即命昆明知縣聶聯甲帶領員役搬運柴薪把三人棺木焚化於北門外。次日，清兵至火化處拾取大骨攜回作證。雲南人民不忘故主，以出城上墳為藉口，尋得未燼小骨葬於太華山。
南明最後一帝至此煙消雲散。
與天主教關係
在晚明的最後幾十年中，南明政權曾希望藉助於天主教的力量，弘光帝就曾派人去澳門搬兵求援，而永曆帝作為南明政權最後一個即帝位的人也曾如此。1646年，澳門葡萄牙當局發兵300、攜大炮數門前來助戰，一時使南明收復了不少失地。為了感謝傳教士，1648年永曆帝家族皆入教，同時宮中受洗的還有嬪妃50人，大員40人，太監無數。其嫡母王太后、妻子王皇后、太子慈炫都進行過洗禮，但永曆帝本人則並未受洗。1648年10月再度危機，永曆帝再次派人赴澳門求援，澳門的葡萄牙當局僅以火槍百枝相助，顯得微不足道。於是，王太后又決定派使臣陳安德與傳教士卜彌格直接赴羅馬向教宗求援。她在致羅馬教宗的書信中誠懇地祈求「天主保祐我國中興太平」，並希望教廷「多送耶穌會士來」中國「廣傳聖教」。此書信歷時兩年之久方才抵達。而當卜彌格攜教宗復書返回抵交趾(安南)時，已經是1658年8月，南明政權已經瀕於瓦解，教宗的回信最終亦未能送到永曆帝之手。
王太后曾經向羅馬教廷派遣使節，這在中國歷史中是非常罕見的（見《明末政權與洋教士》、王治心《中國基督教史綱》、楊森富《中國基督教史》等）。
家庭
子女長子：朱慈爝（王繼宗），懷愍太子，（1644年三月十九-？）清兵進軍廣東，永曆帝逃離肇慶時朱慈爝隱居貴陽清鎮。後追封。次子：朱慈
