Turbomole

i. 2. 2.

簡介

Turbomole是德國卡爾斯魯厄大學R. Ahlrichs教授領導的理論化學小組開發的一組量子化學計算程式。
Turbomole被認為是進行HF,DFT,MP2計算最快最穩定的代碼之一。它的特色不是新方法和新功能,而在於解決如何用儘量短的時間和儘量少的記憶體需求,快速、穩定地處理工業套用型的分子。特別是它獨有的RI-DFT方法,據稱可以較其它大多數DFT程式節省10倍的CPU時間,因此非常適合於大分子計算或中等分子的重複性計算(如幾何最佳化)。Turbomole目前支持串列和並行兩種計算模式,可以運行於大多數主流UNIX平台上。TURBOMOLE今後將由COSMOlogic公司負責管理和銷售。可以下載DEMO版,在Linux系統中運行。

功能

1. 基本算法和性能:
半直接算法可以調整主記憶體和硬碟空間需求;Fortran 90動態記憶體分配;用於數值積分穩定和準確的格線;記憶體和硬碟空間要求低;可以使用所有的點群;用RI技術對雙電子積分做近似(用於MP2、DFT、CC2);使用線性標度算法降低記憶體需求。
2. 能量計算:
對於閉殼層和開殼層體系,可以進行的計算類型有:SCF(也就是Hartree-Fock),高效的RI技術用於MP2、CC2、DFT,此外還能進行從頭分子動力學(AIMD)計算;使用多極加速RI-J近似的O(N)-RIDFT;COSMO程式對能量進行閉殼層和開殼層計算;CIS、CIS(D)、CC2、TDHF (RPA)或TDDFT計算電子激發能,可用於自旋非限制情況;CIS、TDHF和TDDFT的激發能計算可以用Block-Davidson算法;RI-TDDFT方法。
3. 能量梯度和能量二階微分:
力場級別的全局力場(UFF)進行幾何最佳化和解析笛卡爾hessian計算;DFT級別的解析閉殼層Hessian計算;能量和梯度的閉殼層和開殼層計算;使用約化梯度的過渡態尋找算法;CPHF用於作用力的計算;COSMO程式對梯度進行閉殼層和開殼層計算;部分使用了RI近似的解析二階導數計算;CIS、RPA和TDDFT進行激發態幾何最佳化以及(數值的)力常數計算;RI-CC2對基態進行幾何最佳化和力常數計算(使用數值的Hessian)。
4. 分子性質計算:
SCF、DFT或MP2級別的GIAO方法計算NMR;RI-CC2計算基態和激發態的單電子特性;CIS、RPA和TDDFT計算激發態特性;RI-TDDFT方法計算動態極化率和旋光色散。
5.7版新增功能:
ECP支持到l-角動量。
改善了到d-函式的解析二階導數計算。
二階代數圖解精度ADC(2)的激發能。
顯示基態、激發態的電子密度和微分密度。
在TDDFT中使用RI-J近似,用於激發態特性,幾何最佳化,和(數值)力常數的計算。
用於多級加速RI-J (MARIJ)的解析梯度。
加入TPSS和TPSSH兩種meta-GGA泛函(用於能量和梯度),包含RI-J。
輔助基函式最佳化的梯度,用於RI-MP2和RI-CC2計算。
4-zeta價電子質量的基組,用於原子H-Kr。
改善的過渡態最佳化;增加了新的基態幾何最佳化程式。
自旋非限制的精確交換方法,用於LHF近似。
更容易閱讀的使用手冊電子文檔。
5.8版新增功能:
1. 對從H到Rn的元素(除鑭系外)加入新的基組,對周期表的元素有一致的精度;
2. 加入5p和6p元素的小核ECP及相應的基組;
3. ECP程式支持g-投影(僅用於能量和梯度);
4. 並行多極加速RI-J方法(MARI-J);
5. 更快的積分程式,特別用於RI處理;
6. 對分子特性、波函分析工具和到圖形工具的接口程式改善了功能,並簡化了操作;
7. RI-CC2的激發態解析梯度;
8. 對RI-MP2和RI-CC2基態能量,以及RI-CIS(D),RI-CC2和RI-ADC(2)激發態能量實現並行化;
9. 輸入模組的定義完全支持ricc2程式;
10.對使用QZVPP (H-Kr)和cc-pwCVXZ (B-Ne, Al-Ar)軌道基組的RI-MP2/RI-CC2計算加入了輔助基組;
11.COSMO包括對稱性和更穩定的A-矩陣設定;
12.分子動力學中加入鍵長限制以及凝聚相中的虛空穴;
13.友好的新輸入生成程式TMOLE,具有多種功能(如Z-矩陣輸入,勢能曲線計算,等);
14.新的DIIS方法和阻尼,默認用於加速SCF收斂;
15.當最小化和過渡態最佳化失敗時,自動在內坐標和直角坐標間切換;
16.最大原子數目和基函式數目分別增加到700和10000。
5.9版新增功能:
1. 方法:
a. RI-J用於Hartree-Fock和DFT混合泛函,提高效率;
b. RI-JK梯度和DFT混合泛函計算的增強
c. aoforce模組增強,可進行一直到g函式基組和一直到g投影的ECP的解析諧振頻率計算;
d. RI-CC2/RI-MP2:對基態和激發態的梯度並行化,以及激發態ADC(2)和CIS(D_infinity)的梯度;
e. MD:使用Nose-Hoover溫度控制的有限溫度正則Born-Oppenheimer分子動力學;
f. NPA:Weinhold的自然布居分析;
g. 新的自動最佳化方法用於最低點和過渡結構;改善了內冗餘坐標的總穩定性及生成;
h. RI-MP2-R12:閉殼層和開殼層體系的單點顯式關聯RI-MP2-R12能量;
i. BSSE:完全函式平衡方法執行結構最佳化,可避免基組重疊誤差。
2. 效率:
a.RI-J結合Hartee-Fock交換,使得大型Hartree-Fock或DFT混合泛函的計算加速;
b.MARI-J (多極加速RI-J):在減少總計算量的前提下提高了精度;
c.更好的並行加速度;
d.aoforce模組:提高了效率。
3. 基組和輔助基組:
a.鑭系和錒系直到Lr的基祖;
b.RI-J輔助基組(jbasen)用於def2-基組(H-Rn)以及def-基祖(鑭系和錒系);
c.RI-JK輔助基組(jkbasen)用於所有的三、四zeta價電子基組,包括鑭系和錒系;
d.用於RI-MP2和RI-CC2的新輔助基組(cbasen),包括:def2-QZVPP用於Rb-Rn(不包括鑭系);def2-SVP,def2-TZVP,和def2-TZVPP用於H-Rn(不包括鑭系);(aug-)cc-pVXZ-PP和(aug-)cc-pwCVXZ-PP,其中X=D,T,Q,5,用於Cu,Ag,Au和Zn,Cd,Hg;
e.一直到l函式的輔助基組。
4. DFT求積分:
a.新的格點用於鑭系和錒系直到Lr;
b.格點最佳化:DFT不再有“未最佳化格點”;
c.DFT格點擴展到彌散情況;
d.修改了積分的數值問題。
TURBOMOLE 5.9.1的新功能:
1. Linux/PC和Itanium2/Linux並行版使用HP-MPI。
2. statpt可以固定笛卡爾坐標;更穩定的內坐標。
3. Windows版的Turbomole。
4. 新的圖形用戶界面TmoleX。
TURBOMOLE 5.10的新功能:
1. 振動拉曼強度:含頻TDHF和(雜化)TDDFT極化率的解析二階導。
2. 自旋軌道耦合:用自旋軌道ECP的二分量RI-Hartree-Fock和RI-DFT計算。
3. SCS-RI-MP2:閉殼層HF和UHF參考態、並行和串列執行的能量及梯度。
4. 周期點電荷:用於HF和DFT的能量和梯度計算。
5. DFT+D:包含色散的DFT。
6. COSMO用於RI-MP2計算。
7. 特性:Merz-Kollman ESP擬合。
8. 自旋反轉用於破缺對稱性的處理。
9. 改善了效率:基於RI-HF的RI-MP2/RI-CC2梯度和特性;NumForce可以操作凍結笛卡爾坐標;NumForce和jobex可以把RI-JK和RI-MP2/RI-CC2一起使用。
10.工具:用二進制格式保存分子軌道檔案;tm2molden支持g函式;3D格點檔案使用cube格式;把振動頻率輸出轉化到G98格式。
TURBOMOLE 6.0的新功能:
1. 功能:SCS-CC2計算基態和激發態的能量,梯度,躍遷矩及一階特性;解析二階導數支持meta-GGA泛函(TPSS,TPSSh)) ;MP2-F12;點電荷的梯度用於QM/MM;MP2-COSMO梯度;流程圖管理腳本MoleControl;DFT積分使用不同的密度。
2. 效率:DFT基態能量計算用差分密度加速;默認最佳化程式從relax改為statpt;臨界點計算和固定最佳化坐標更穩定;改善了解析二階導計算的效率;ADC(2)級別的並行梯度和回響特性已經完全工作。
3. 工具:MoleControl用Python腳本控制任務;分析二分量相對論波函;vibration腳本產生gnupolt輸入檔案,顯示IR振動光譜;輸出軌道到AOMix程式;對post-SCF熱力學特性使用換算的等密度空穴進行COSMO計算;簡化COSMO的安裝;簡化了特性和波函分析;基組庫添加了更多基組;改變了並行版本的默認設定。
TURBOMOLE 6.1的新功能:
1. 功能:N自旋標度SOS-RI-MP2;更快的MP2-F12;CC2激發態之間的單電子躍遷距;C1點群的Douglas-Kroll-Hess能量;並行的增強。
2. 效率:對於AMD CPU,速度提高了30%;提高了並行版的速度;MPI版減少了主節點的CPU使用。
TURBOMOLE 6.2的新功能:
1. 功能:首次執行CCSD,CCSD(F12)各種變體,以及CCSD(T)(ricc2模組)。
2. 效率:用openmp並行執行LHF(DSCF模組)。
3. 使用:TmoleX 3.0:加入預最佳化工具MOPAC7,顯示光譜,PES掃描的新方法,支持TURBOMOLE的更多功能;LHF支持到h函式和使用ECP的重元素;在用戶定製的格點上繪製交換關聯勢圖;MoleControl 2.1版。

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