理化性質
物理性質
分子式：C6H10O5 分子量：162.1
外觀：無色液體 折射率：1.398（20°C）
DEPC水密度：1.12g/ml 摩爾濃度：6.9M
DEPC氣味芳香濃烈，強揮發性，有毒，需在通風櫥中操作。
化學性質
DEPC對濕氣和酸鹼敏感，在乙醇和二氧化碳的水溶液中緩慢分解，在155°C自行分解。DEPC在氨水中特別不穩定，生成一種致癌的聚氨酯膠的物質。 DEPC對核酸酶有積極地抑制作用。（主要是對含有-NH，-SH，-OH活性部位的酶起作用）。
使用要點：
DEPC水可以用於RNA沉澱的溶解，含有RNA的各種反應體系如反轉錄、siRNA的退火等，以及其它各種要求無RNase、DNase和proteinase的反應體系。
通常使用0.1%的DEPC水溶液使Rnase失活，即1ml DEPC溶於1L純淨水中。溶解時，DEPC不會很快溶解，開始時以小球的形式存在於溶液中，因此要在攪拌器中攪動直到小球消失為止。DEPC自行分解成乙醇和二氧化碳很慢，可以通過高壓滅菌處理破壞DEPC或水溶液中煮沸15分鐘以上。
注意事項
保存：避光 乾燥 密閉容器於2-8°C 註：使用時要戴乳膠手套和口罩。如果不慎濺到皮膚或眼睛，應立即用大量清水沖洗，如果感到不適，就醫。
相關實驗
細胞裂解液獲取
A. 單層細胞或者貼壁細胞處理
1. 冷PBS清洗培養皿或培養瓶中的細胞兩次
2. 加入冷PBS後用細胞刮將細胞刮下來，收集至enpendoff管
3. 1500rpm，4℃離心5min，棄上清，收集細胞
4. 用與細胞等體積的RIP裂解液重懸細胞，吹打均勻後於冰上靜置5min
5. 每管分裝200ul細胞裂解液，貯存於-80℃
B.懸浮細胞處理：先收集細胞再計數，然後清洗裂解
C. 組織樣品處理
1.冷PBS清洗新鮮切下的組織三次
2. 加入冷PBS後，用勻漿器或其他細胞分離設備使組織分散為單個細胞，計數
3. 1500rpm，4℃離心5min，棄上清，收集細胞
4. 用與細胞等體積的RIP裂解液重懸細胞，吹打均勻後置於冰上靜置5min
5. 每管分裝200ul細胞裂解液，貯存於-80℃
二. 磁珠的準備
A. 實驗前準備
1、enpendoff管
2、磁力架
3、冰盒， RIP Wash Buffer置於冰上
4、抗體，置於冰上
5、渦鏇震盪器6、槍、槍頭放於超淨台照射30min，槍噴DEPC水
B. 磁珠準備過程
1. 重懸磁珠
2. 標記實驗所需的enpendoff管，樣品包括目的樣品，陰性對照與陽性對照
3. 吸取50ul 重懸後的磁珠懸液於每個enpendoff管
4. 每管加入500ul RIP Wash Buffer，渦鏇震盪
5. 將enpendoff管置於磁力架上，並左右轉動15°使磁珠吸附成一條直線，去上清，重複一次
6. 用100ul的RIP Wash Buffer重懸磁珠，加入約5ug相應抗體於每個樣品中
7. 室溫孵育30min
8. 將enpendoff管置於磁力架上，棄上清
9. 加入500ul RIP Wash Buffer，渦鏇震盪後棄上清，重複一次
10. 加入500ul RIP Wash Buffer，渦鏇震盪後置於冰上
三. RNA結合蛋白免疫沉澱
A. 準備工作
1、冰盒
2、360°鏇轉儀
3、RIP Wash Buffer 、0.5M EDTA 、RNase Inhibitor 置於冰上
B. RNA結合蛋白免疫沉澱實驗過程
1. 準備RIP Immunoprecipitation Buffer
2. 將前上步的enpendoff管放磁力架上，去上清，每管加入900ul RIP Immunoprecipitation Buffer
3. 迅速解凍第一步製備的細胞裂解液，14,000rpm，4℃離心10min。吸取100ul上清液於上一步的磁珠-抗體複合物中，使得總體積為1ml
4. 4℃孵育3h至過夜
5. 短暫離心，將enpendoff管放在磁力架上，棄上清
6. 加入500ul RIP Wash Buffer，渦鏇震盪後將enpendoff管放在磁力架上，棄上清，重複清洗6次
四、RNA純化
A. 實驗前準備
1. 槍、槍頭、enpendoff管紫外照射30min，噴DEPC水以除RNA酶
2. Salt SolutionⅠ、Salt SolutionⅡ、RIP Wash Buffer、Proteinase K、10%SDS、 Precipitate Enhancer 置於冰上
3.RNase-free的乙醇、氯仿、異戊醇
4.DEPC水置於冰上
5. 離心機預冷
6. 冰盒
B. RNA純化過程
1.準備Proteinase K Buffer。每個樣品需150ul
2.用150ul Proteinase K Buffer重懸上述磁珠-抗體複合物
3. 55℃孵育30min
4. 孵育完之後，將enpendoff管置於磁力架上，將上清液吸入一新的enpendoff管中
5. 於每管上清液中加入250ulRIP Wash Buffer
6. 於每管加入400ul苯酚：氯仿：異戊醇，渦鏇震盪15s，室溫下14,000rpm離心10min
7. 小心的吸取350ul上層水相，吸入另一新的enpendoff管
8. 於每管加入400ul氯仿，渦鏇震盪15s，室溫下14,000rpm離心10min
9. 小心的吸取300ul上層水相，吸入另一新的enpendoff管
10. 每管加入50ul Salt SolutionⅠ，15ul Salt SolutionⅡ,5ul Precipitate Enhancer ，850ul 無水乙醇(無RNase)，混合，-80℃保持1h至過夜
11. 14,000rpm，4℃離心30min，小心去上清
12. 用80%乙醇沖洗一次，14,000rpm，4℃離心15min，小心去上清，空氣中晾乾.
13. 10-20ul DEPC水溶解，-80℃保存，送測序
