按照不同的分類標準，“飛地經濟”模式有著不同的分類：
按飛地建設的投入方式，可分為(1)飛出地投資型，即由飛出地負責全部基礎建設投入；(2)飛入地投資型，即由飛入地負責全部基礎建設投入；(3)兩地共投型，即由兩地按照協定共同分擔基礎建設投入。
按飛地工業基地的管理方式，可分為(1)飛入地管理型，對工業基地進行屬地化管理。優點是管理方熟悉當地社會經濟環境，不足之處在於可能形成對企業服務的不連續性，沒能有效利用飛出地的管理經驗。(2)飛出地管理型，由飛出地派遣管理團隊對基地進行管理，對企業進行服務。優點是保證了服務、政策的連續性，使企業有“賓至如歸”的感覺，缺點是管理方需要時間來理解當地經濟文化環境。(3)兩地共管型，設立雙方長期友好合作的機制，基地管理委員會由雙方共同派駐人員。這樣既能保證基地服務管理的延續性，又能充分利用飛入地的資源，但前提是雙方真誠的合作，高效的溝通。
按飛地形成的原因，可分為(1)集約用地型。該類型是“飛地經濟”模式的最早表現形式，以福州市永泰縣建立馬洋工業集中區為代表。它不僅探尋了山區經濟發展的新思路，克服了行政分割造成的工業布局分散、資源浪費的現象，更是探尋了一種平衡各行政區域間利益的方法。(2)優勢互補型。該類型中，飛入地和飛出地經濟發展水平近似，但各自的資源稟賦能夠形成很好的優勢互補，通過“飛地經濟”的發展能夠達到雙贏。典型案例如大連市長海縣與普蘭店市的合作。(3)產業梯度轉移型。該類型中，飛入地主要承接飛出地的產業轉移，往往飛出地具有雄厚的資金優勢、先進的基地管理經驗，但由於飛出地商務成本上升，產業結構升級，必然有一部分產業需要外遷，此時飛地經濟工業園成為首選之地。轉出企業一方面可以繼續享受高質量的基地管理服務，另一方面還可充分利用飛入地的成本優勢。
