功能鞘氨醇在體內可在兩種激酶——鞘氨醇激酶1和鞘氨醇激酶2的催化下被磷酸化產生鞘氨醇-1-磷酸,後者是一種有力的信號脂類分子。鞘脂的代謝物如神經醯胺、鞘氨醇與鞘氨醇-1-磷酸,均為信號脂類分子,參與多種細胞過程。生物合成棕櫚醯CoA與絲氨酸縮合,得到脫氫鞘氨醇。1然後脫氫鞘氨醇被NADPH還原為二氫鞘氨醇,後者再被FAD氧化為鞘氨醇。