連續電泳和不連續電泳
早先用聚丙烯酸胺作為電泳的支持介質進行蛋白質的分離是用連續電泳系統。連續電泳是指電泳系統使用相同孔徑的凝膠和相同緩衝系統的樣品緩衝液、凝膠緩衝液和電極緩衝液，且pH值恆定，只是離子強度不同的區帶電泳。使用這種電泳系統分離蛋白質，由於分子篩效應不明顯，一般只用於分離組分比較簡單的樣品，且沒有堆積膠的濃縮作用，解析度較低，加樣時必須加成一條極窄的帶，以使樣品能很好地分離。但如果高分辨不是實驗目的，用這種方法制膠快而簡單。它的另一個優點是在均一系統的電泳中，緩衝系統的精細組成是已知的，且pH是恆定的，這對分離pH敏感的化合物是有幫助的。l可以防止蛋白樣品進入凝膠後，由於 pH變化而發生凝聚和沉B淀。另外它不需要像不連續緩衝系統一樣去計算不同離子之間的遷移率變化，所以任何一種不同的酸和鹼都能使用。
不連續電泳是指使用不同孔徑和不同緩衝系統的電泳。由於濃縮膠的堆積作用，可使樣品（即使是稀樣品）在濃縮膠和分離膠的界面上先濃縮成一窄帶，然後在一定濃度（或一定濃度梯度）的凝膠上進行分離。由於不同孔徑凝膠的分子篩作用，使不連續電泳的解析度大大高於連續電泳。雖然不連續電泳在緩衝系統的選擇和制膠（特別是梯度膠）的操作方面比較繁雜，但它可以得到電泳分離最重要的指標--高分辨，因而是目前套用最廣泛的技術。
