概述
雙孔亞綱是主幹的爬行動物，在最初的爬行動物登場後不久就已經出現，在最初的時期雖然不是主要的爬行動物，但是隨後一直成為爬行動物中占絕對優勢的類群。鱗龍下綱是雙孔亞綱中的原始類型，是出現於石炭紀晚期的第一批爬行動物之一，也是後來出現的各類新興爬行動物的祖先。鱗龍下綱直到現代仍然繁盛，是現代最繁盛爬行動物，包括現存爬行動物的絕大多數成員。分類
雙孔亞綱(Diapsida)(一)鱗龍次亞綱(Lepidosauria)
本次亞綱是原始的雙孔類，頭骨有二個顳顬孔，它們被眶後骨和鱗骨形成的骨棒所分開。本次亞綱有三個目，包括現存的蛇、蜥蜴和僅見於紐西蘭幾個小島上的罕見的喙頭蜥，以及一些古生代和中生代原始的已絕滅的小型爬行類。
1始鱷目(Eosuchia)
始鱷目是最原始的雙弓爬行類，最初出現於晚石炭世。這是一類小型的，象蜥蠍似的能迅速飛跑的爬行類。
在南非晚二疊世地層內發現的小而原始的似現在蜥蜴的楊氏蜥(Youngina)被認為是現存有鱗目和喙頭目的祖先。
2喙頭目(Rhynchocephalia)
喙頭目的主要特點是：方骨固定，端性齒，前上頜骨發展成喙狀，頭骨寬短，頰部擴大，無棒骨(tabular)或後頂骨，上顳骨(supratempolar)往往消失，但方顴骨保存。脊椎雙凹型，23-25個薦前椎，2個薦椎。化石較多，而現存者僅有紐西蘭附近幾個小島上的Sphenodon Gray(喙頭晰或稱鱷蜥)，視為孑遺的活化石。體長60cm余。牙齒和齶骨相癒合，不生在齒槽內，頭骨前端有喙狀的嘴。視見於三疊紀早期，三疊紀時分布很廣，遍及全球。我國雲南祿豐上三疊統的Lufengocephalus(祿豐喙頭蜥)；遼寧凌源上三疊統的Rhynchosaurs(喙頭龍)等均為本目化石的代表。
3有鱗目(Squamata)
這是現生爬行類中的常見者，如蜥蜴、蛇均屬之。無次生齶，脊椎常為前凹型。蛇類失去四肢，脊椎骨和肋骨數目增加，使身體變長，方骨活動，使口張得很大。在有鱗目化石中，蜥蜴類比蛇類更為常見。我國的本類化石亦不少，如晚侏羅世的Yabeinosaurus(矢部龍)等。
(二)初龍次亞綱(Archosauria)
本次亞綱是進步的雙孔類。中生代在地球上占統地位的爬行動物均包含在本次亞綱內。稱為爬行類時代或恐龍時代的中生代，在某種意義上就是指本亞綱中多種多樣的巨大成員而說的。本次亞綱包括五個目，現分別簡介如下：
1槽齒目(Thecodontia)
本目是該次亞綱中最原始的類群，它們在古生代末起源於鱗龍亞綱的始鱷類。初龍亞綱的其餘四目以及鳥類均是從本目演化出來的。本目的主要特徵是：吻細長，外鼻孔分開，有眼前孔，鼻骨長，後頂骨小，有時消失，方骨垂直，內鼻孔向後；下頜細長；25-26個薦前椎，椎體雙凹到平凹型、腰帶三射型；後肢較長，趾式完全。最先出現於早三疊世，即南非的Erythrosuchus(引鱷)，北美上三疊統的Hesperosuchus(黃昏鱷)和Rutiodon(狂齒鱷)是本目的典型代表。我國山西、新疆上三疊統中也發現許多此目的化石。在三疊紀以後本目動物絕滅了。
2鱷目(Crocodilia)
本目在三疊紀晚期直接從槽齒目進化而來，它們是“恐龍”的姊妹類群。現存的鱷類是本目的進步類群，它們是一些大而兇猛的食肉爬行類。本目在中生代時相當繁盛，新生代時逐漸衰落，已發現700多個化石種，幾乎是世界性分布。現存僅20餘種，分布範圍也變小了。本目的特徵是體長，腿短，尾在垂直方向扁平呈漿狀；頭骨扁寬，具雕紋，吻長，上顳顬孔小，外鼻孔位於吻端；頂骨與額骨癒合；方骨大，向後傾斜；次生齶很發育；槽性齒；薦前椎23-24個，前凹型，尾椎為平凹型；薦椎2個；腰帶三射型；前肢較後肢短。
現存的揚子鱷是進步的真鱷亞目的代表。鱷類的進化是從晚三疊世的Protosuchus(原鱷)，經過侏羅、白堊紀時的中鱷類，在白堊紀晚期演化出現存的真鱷亞目的類群。
3翼龍目(Pterosauria)
這是一類征服空中會飛的爬行動物，其特徵是前肢第四指骨特別加長支撐由身體側面延展的皮膜，變成翅膀，適於空中飛行，胸骨也相應地發達。最早出現於侏羅紀的Rhamphorhynchus Meyer(喙嘴龍)可作為代表，長約60cm；雙顳孔，大眼眶，具眼前孔；頭骨和頜骨的前部引長，帶尖齒，可能捕食魚類；頸較長，轉動靈活，背部縮短；尾很長，約為薦前脊柱長度的2倍，尾末尚有一卵形的皮膜；前肢的肱骨粗壯，橈尺骨頗長，第四指極長，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小狀；肩胛骨與鳥喙骨強大，連線胸骨，作為附著鼓動翅膀的肌肉之用；後肢小。
Dsungaripterus Young(準噶爾翼龍) 這是發現於新疆烏爾禾下白堊統上部的完整飛龍類化石。體較大，兩翼伸長可達3.5m。體長約0.9m。頭骨長，前端窄而尖銳。頭骨上中棱發育。鼻孔與眼孔連通成大孔。上顎有14-15個牙齒，下顎有11-12個牙齒，但頜前部無牙。第四腕骨與第四指骨特長。
翼龍類生存的時間很短，白堊紀末期絕滅，這可能由於當時出現了“現代化”鳥類，受到排擠，無法與溫血而靈活的鳥類競爭之故。
4、5蜥臀目(Saurischia)、鳥臀目(Ornithischia) 都是恐龍類(Dinosauria)，中生代占統治地位的爬行類。
