主要職能
2、研究擬定水利建設發展規劃和年度計畫，經批准後組織實施；指導、組織實施全區水利基本建設工作；指導和管理水利服務體系建設。3、負責全區農產品質量安全監督工作；參與農業科技推廣項目的實施，促進農產品品質的改善；參與農機安全監理、產品質量檢驗、鑑定工作；參與查處漁業糾紛、漁業水域污染事故。
4、組織制定重大動物疫病防治和應急預案，做好防疫物資儲備；發生重大動物疫病時，負責發布疫情，啟動應急預案，組織指導並監督動物的防疫、檢疫工作；
5、組織全區計畫用水、節約用水工作，實施地表取水許可證制度和水資源費徵收制度。
6、負責區屬河道及配套工程設施的管理，並組織整治；通過水利工程的合理調度，保護水資源，改善水環境。
7、承擔區防汛防旱指揮部的日常工作，組織、協調、監督、指導全區防汛防旱工作。
8、組織農業、水利相關法律、法規的普及教育和貫徹落實；開展農業、水利行政執法工作，指導水利行政執法體系建設和執法人員的業務培訓工作；協調轄區內街道間的水事糾紛。
9、指導農業、水利資源開發及系統涉外工作；參與有關經濟技術交流與合作，促進外向型農業的發展。
10、承辦區委、區政府和市農委、市水利局交辦的其它事項。
內設機構方案
根據中共常州市委《關於印發<常州市鐘樓區人民政府機構改革方案>的通知》（常發[2010]11號），將鐘樓區農林局更名為“鐘樓區農業局”，掛“區水利局”牌子，不再保留區蔬菜辦公室牌子。更名後鐘樓區農業局（水利局）內設機構將相應調整，方案如下：一、綜合科
協助局領導處理日常事務工作；組織承辦局機關綜合性會議和重要活動；負責政務信息、文電、檔案、保密、信訪、督查、涉外、後勤和保衛工作；負責調查研究、綜合情況及重要文稿的起草和核稿工作；擬定局有關規章制度並組織實施；承辦農業、水利產業政策的檔案起草、監督和檢查工作；指導農業、水利信息網路的建設與管理；負責局機關精神文明建設。
負責機構編制、幹部人事、勞動工資、職工教育、離退休人員管理和服務工作；監督指導全區農業、水利等各方面的項目實施及資金的管理使用；參與指導農業、水利系統的財務管理和行政、事業性收費管理工作。
二、農業科
研究提出農業產業化經營的發展規劃，指導農業產業結構調整，引導農業資源的合理配置；組織生態農業建設；負責農業生態環境污染控制與防治；組織糧食生產有關法律、法規的貫徹實施並監督檢查；負責農產品質量的鑑定和行政執法工作；負責全區農業標準化生產及名優農產品、綠色有機食品的申報和管理工作；參與農機安全監理、產品質量檢驗、鑑定工作；參與查處漁業糾紛、漁業水域污染事故。
組織《動物防疫法》的宣傳、貫徹和實施；組織實施對動物的防疫、檢疫工作，及時發布疫情並組織撲滅；參與野生動物的保護。
三、水利科（掛區防辦牌子）
承擔水利局的日常工作；負責貫徹實施有關水利方面的法律、法規和方針政策；研究提出全區水利中長期規劃和年度計畫；組織編制全區河道、流域（區域）水資源保護、防洪、供水、節水、水土保持、水污染防治等專業規劃，並監督實施；
負責全區水利工程建設項目的報（審）批、招投標活動的監督管理及驗收工作；指導全區水利工程質量監督和監理工作；組織水利科學技術的研究推廣。
參與轄區內流域性河道的治理和開發；制訂防汛防旱防台預案，組織全區防汛防旱防台工作；擬定全區防汛和重點水利工程的維修、度汛應急計畫，並組織實施。
四、水政科
宣傳貫徹執行水法律、法規；依法保護水、水域、水利工程、水土保持設施等，維護正常的水事管理秩序；依法對水事活動進行監督檢查，對違反水法律、法規的行為做出行政裁決和行政處罰決定，並採取行政處置措施；負責全區河道長效管理；負責全區計畫用水、節約用水工作；負責地表水取水許可及水利工程管理範圍內設定取水口、排污口的審核審批工作；負責全區水資源費的徵收；指導全區水政監察和水行政執法工作；對水政監察員進行指導、培訓、考核，提高行政執法水平。
