戰事
1884年6月，左宗棠入京任軍機大臣。8月，孤拔全殲駐紮福建馬尾的南洋水師，戰局對中國不利。9月，左宗棠奉旨以欽差大臣身份督辦閩海軍務，挽救戰局。
在海戰方面，10月初，法艦在全殲南洋水師後轉而進攻台灣，進犯基隆和淡水，劉銘傳放棄基隆退守淡水。法軍進攻淡水被擊退，轉而從10月23日起對台灣實行海上封鎖。1885年初，法海軍的陸戰部隊又從基隆向台北進攻而不果。法艦則騷擾浙江鎮海，截擊由上海往援福建的五艘中國軍艦，在浙江石浦擊沉其中兩艘。3月底，法軍占領澎湖島及漁翁島。但鎮海之戰中，法艦遭到扼守招寶山炮台的中國軍隊還擊，孤拔的座艦被擊中，孤拔於6月11日死於澎湖島，一說是被中國軍隊擊成重傷而死，一說染病而死。
在陸戰方面，1884年兩廣總督張之洞急調廣西提督馮子材指揮戰鬥。馮子材在關內選擇險要地勢，挖壕修築炮台。然後出兵夜襲法軍駐地文淵城，誘使法軍進攻。
1885年3月23日法軍第2旅2000餘人從諒山出發，攻入鎮南關，馮子材指揮屬於左宗棠湘軍系統的“黑旗軍”[2]和“恪靖定邊軍”英勇作戰，將法軍逼下長城，進入伏擊圈。3月24日，法軍分三路發起衝擊，馮子材帶領兩個兒子並親自手持長矛進行肉搏，經過兩天激戰，殲滅法軍1000多人。法軍全線崩潰，中國軍隊乘勝追擊。3月26日攻克文淵城，3月28日攻克驅驢，3月29日攻克諒山 ，3月31日攻克屯梅、觀音橋，4月2日攻克谷松 ，重傷法軍指揮官尼格里。馮子材親率軍隊準備進攻河內，但清廷下詔撤軍。
結局
1885年3月30日，鎮南關戰役失敗的訊息傳到法國本土，總理茹費理（Jules Ferry）下台，法國內閣以306對149的票數否決向中法戰爭中的法軍追加軍費[3]，法國已無力再戰。
在英國調停下，李鴻章和法國公使巴德諾（Patenotre）在天津會談，於6月9日簽訂了一個有利於法國的《中法天津條約》結局。中法天津條約的主要內容就是確認了1884年戰局對中國不利時法國和越南之間簽訂的《第二次順化條約》，其中否定了中國對越南的宗主權，改由法國全權管理越南。結果法國軍隊撤出台灣，中國軍隊撤出越南，從此越南脫離中國，成為法國屬地。
6月11日，天津條約剛簽完兩天，前一年帶領法國海軍全殲南洋水師的孤拔就死於澎湖。在1885年這種戰局大逆轉的情況下，左宗棠對李鴻章簽下一個對1884年才成立的條約的自傷行為完全不能理解，對當時主和的李鴻章作出以下批評：“對中國而言，十個法國將軍，也比不上一個李鴻章壞事”；“李鴻章誤盡蒼生，將落個千古罵名”。李鴻章惱怒之餘，決定拿左宗棠的下屬開刀，指使親信潘鼎新、劉銘傳等陷害攻擊“恪靖定邊軍”首領王德榜[4]、台灣兵備道劉璈，使他們失去兵權。左宗棠上書為屬下鳴冤叫屈，但一個月後就於7月27日（陽曆9月5日）在福州病故。
