特殊ID
蛋的ID為?????，當蛋被孵化之後，ID變為孵化者的ID編號。未被淨化的影子神奇寶貝也是同樣，在淨化之後，ID變為淨化者的ID編號。
通過事件獲得的神奇寶貝，在第三世代大都會用（公曆年份最後一位）（月份）（日期）的順序生成ID（位數不足的補0），第四世代大都用（月份）（日期）（公曆年份最後一位）的順序。改變生成方式是因為ID不能顯示70000以上的數字。
里ID
從第三世代開始，有了一個隱藏不可見的里ID。這個ID主要是為了保證，當兩個訓練家的姓名和編號都相同的時候，遊戲仍然可以辨認兩隻神奇寶貝是來自不同的訓練家。通常情況下這個ID是不可查看的，但是通過某些破解軟體可以查看到。另外里ID和普通ID、個體值一起參與閃光判定的計算。如果兩個訓練家有相同的名字、表里ID，那么遊戲就會認為這兩個人是同一個人。
與ID相關的項目
•是否為本人擁有的神奇寶貝
•是否聽從命令
•是否可以改名
•獲得的經驗值
•閃光判定（第三世代起）
•發現蛋的難易度（第二世代起）
•撞樹掉落神奇寶貝的機率（第二世代）
•鯉魚王的身長
•幾項混合記錄的初期狀態
•120號道路獲得的樹果的種類
•在秘密基地中的姿態（第三世代）
•ID抽獎
•地下世界中挖到的化石種類（僅限白金版）
•加盟大道的商店的種類
細節
•N的訓練家ID為00002
