故事內容
萌菌物語Returns 登場角色
| 角色 | 聲優 | 簡介 |
| 澤木惣右衛門直保（沢木惣右衛門直保（さわきそうえもんただやす） | 阪口大助 | 主人公，農大農學部一年級生，種曲店（又稱做豆芽店）的次子，擁有看見“菌”的能力。能與空氣中的“菌”進行對話外，也可以徒手抓住空氣中的“菌”。 |
| 結城螢（結城蛍（ゆうきけい） | 齋賀光希 | 直保從小就認識的好友，為了挑戰自我而穿上哥德蘿莉裝成為偽娘。農大農學部一年級生，是釀酒場老闆的兒子，和火落菌（食果糖乳桿菌、Lactobacillusfructivorans）有著深仇大恨。 |
| 長谷川遙（長谷川遙（はせがわはるか） | 大原沙耶香 | 樹慶藏老師的研究生，能力很強同時家裡還非常有錢，個性也非常現實，給人一種高高在上難以相處的感覺，不過和直保他們相處下來已經慢慢開始改變，第二季揭露從小生活在父親的壓力下並藉由留在大學做研究生逃避現實。 |
| 及川葉月（及川葉月（おいかわはづき） | 神田朱未 | 農大農學部一年級生，專長除菌，潔癖非常的嚴重會隨手攜帶清潔用品，至動畫第二季的主要角色中唯一不知道直保擁有看見“菌”的能力，第二季中，雖然直保當面承認自己的特殊能力但因個性遲鈍的關係而沒有發覺，甚至當直保在開玩笑。第二季末尾成為菌鬼怪二號。 |
| 武藤葵（武藤葵（むとうあおい） | 能登麻美子 | 農大農學部三年級生，也是樹研究室唯一的討論發表會生，外形亮麗深受農大男生們的歡迎，但曾遇上愛情騙子因而加入幽浮研究社，酒癖差常喝的酩酊大醉，但本人似乎很喜歡喝酒。 |
| 美里薰（美里薫（みさとかおる） | 小西克幸 | 農大農學部二年級生，住在學校宿舍內，喜歡喝酒。 |
| 川濱拓馬（川浜拓馬（かわはまたくま） | 杉山紀彰 | 農大農學部二年級生，和美里同寢，對蟲有詳細研究，第二季透露小時候曾在墨西哥生活過。 |
| 樹慶藏（樹慶蔵（いつきけいぞう) | 西村知道 | 農大的農學部教授，和直保的爺爺是舊識，受託照顧直保。 |
| 瑪莉（マリー） | 澤城美雪 | 直保等人前往法國尋找遙時在半路上遇到的法國少女，本身日語十分流利，長相跟穿了女僕服的螢非常近似，不過與黑色系的螢不同，瑪莉以白色系的服裝為主。出身為勃艮第當地的葡萄酒世家，對於釀酒的知識十分精通因而和父親的關係出現矛盾，後來在直保等人的影響下決定坐下來和父親好好溝通，與直保關係良好使得螢吃醋。 |
| 龍太（龍太（りゅうた） | 大川透 | 遙的青梅竹馬兼未婚夫，對遙本身有好感，小時候曾跟遙做出下次會在她面前爬樹的約定，後來在遙父親的計畫下兩人前往法國以圖在旅行中結婚，最終在法國病倒後和遙都把真心話一次說出來而讓婚約告終。 |
劇集信息
各話製作
| 話數 | 標題 | 腳本 | 分鏡 | 演出 | 作畫監督 |
| 第1話 | もやしども起つ | 高橋奈津子 | 矢野雄一郎 | 小山田桂子 | 高須美野子 |
| 第2話 | 発酵蔵 | 高橋奈津子 | 鏑木ひろ | 高林久彌 | 白井裕美子 |
| 第3話 | チーム及川 | 平見瞠 | 青山弘 | 富沢信雄 | 野口寛明 |
| 第4話 | 変化の秋 | 高橋奈津子 | 矢野雄一郎 | 岡辰也 | 田寄雅郁、野道佳代 |
| 第5話 | 収獲祭」 | 高橋奈津子 | 高柳哲司 | 小山田桂子 | 高須美野子 |
| 第6話 | チームワーク | 平見瞠 | 高柳哲司 | 高林久彌 | 白井裕美子 |
| 第7話 | かごの鳥 | 高橋奈津子 | 青山弘 | 富沢信雄 | 野口寛明、末永宏一 |
| 第8話 | マリアージュ | 平見瞠 | 望月智充 | 岡辰也 | 田寄雅郁、野道佳代、筆坂明規 |
| 第9話 | グラン=クリュ街道にて | 高橋奈津子 | 矢野雄一郎 | 小山田桂子 | 高須美野子、西真由子 |
| 第10話 | すれちがう思い | 平見瞠 | 望月智充 | 高林久彌 | 徳田夢之介 |
| 第11話 | ただいま | 高橋奈津子 | 矢野雄一郎 | 富沢信雄 | 野口寛明、末永宏一 |
分集劇情
第01話萌菌站起來
農業大學1年級的結城聰螢休學後在日吉酒店幫忙，他想將酒店改造的更現代化。同樣1年級學生澤木惣右衛門直保擁有能夠看到菌的特殊能力。收穫的季節，及川、葉月、川濱拓馬、美里薰、武藤葵以及研究生長谷川遙一起參加樹老師的發酵倉運營。在樹教授的指導下，澤木參與了大米日本酒的釀造。在這種情況下，及川發現了不可思議的洞穴。
第02話發酵倉庫
澤木因為一直沒有告訴及川自己可以看到菌的事情而感到內疚不安。兩人在探索洞穴秘密的過程中，發了了樹教授隱藏了一個秘密。就在這時，做了多日發酵工作及川和武藤來到自治宿舍洗澡，這個舉動激動起了學員們的偷窺計畫。然而在學員們的偷窺計畫作戰時，出現了新的情況。
第03話及川Team
洞穴的秘密依舊探尋中，澤木、川濱拓馬、美里薰決定一起幫及川尋找真相。在這種情況下，長谷川因為父親要求其在大學之後結婚而大傷腦筋。另一方面裝修工程結束，螢理想中的日吉酒店改頭換面重新開張。因為螢的想法及川決定自己行動，卻在發酵藏遇到了長谷川。"對於研究事物的人，最希望研究的是什麼"到底是什麼意思...
第04話變化之秋
及川因為探秘的事情毫無進展而感到消沉。為了安慰她，澤木說出了自己能看到菌的真相。她的反應竟是......同事,長谷川的酒醉的姿態暴露出來後，美里、川濱和長谷川三人之間處於很尷尬的狀態。有一天，長谷川的父親突然出現在學校，將一封信交給武藤。那是長谷川的退學申請。
第05話收穫祭
武藤和及川因為長谷川的退學申倍受衝擊。收穫祭的到來，整個學校都開始繁忙。樹教授想要儘快找到長谷川，而其他不知情的人也因為聯繫不到長谷川而感到很困惑，不過此時的長谷川正在......
第06話團隊合作
川濱和美里趁機消失，只剩下的武藤，及川和澤木經營"葵'sbar"，結果人手不夠大混亂。因為偶像田中恭子的表演以及各個種類的店鋪的營業，歡聚一堂的大家愉快的完成了農業大學收穫祭，而真正屬於校園自己的收穫祭也在晚上開始。另一方面，長谷川正在進行"婚前旅行"...
第07話籠中之鳥
川濱和美里將秘密拍賣上拍賣的口嚼酒的錢給了武藤作為尋找長谷川的經費。收穫祭最後的出店賞比賽。因為川濱和美里違反規則而被取消資格，資金短缺。最終，由樹教授提供機票，澤木、川濱和美里踏上了法國之行。
第08話婚禮
澤木，川濱和美里為了尋找長谷川來了葡萄酒釀造地博納。三人在葡萄田竟遇到了和螢一模一樣的少女瑪麗。三人為了住的地方成為了瑪麗家晚宴的服務生，客人竟然是長谷川，因為未婚夫龍太的無禮宴會不歡而散...
第09話在特級田
想要阻止長谷川結婚的澤木，川濱和美里三人因為搗亂了宴會而惹怒了未婚夫龍太。知道了三人目的的長谷川不禁喝完了葡萄酒。酒店裡，酒醉的長谷川與龍太對峙...不願意結婚的長谷川決定逃跑。另一方面，十分喜歡紅酒的瑪麗因為不願繼承家業的事情而煩惱。
第10話交錯的感情
長谷川、川濱和美里三人成功逃脫，一起來到了瑪麗家中。晚飯時，因為澤木無心的話，瑪麗知道了父親不能喝酒卻一直堅持釀造的事情。長谷川與瑪麗在酒窖聊過之後決定對龍太說出自己內心的想法。而瑪麗與父親也因為葡萄酒的釀造而起了爭執。
第11話我們回來了
龍太終於說出了自己真正的想法，長谷川決定回到學校。另一方面，瑪麗在澤木和菌們的幫助下和父親認真交談。二人終於了解了彼此的內心，在瑪麗的提議下，祖孫三人決定一起開創新的未來。樹教授的學生們終於再次相聚。
動畫音樂
OP：《WakeUp》
萌菌物語Returns 作詞/作曲/編曲：丸山真由子
ED1：《サイキン》（1-4，11）
歌：ひいらぎ（柊）
作詞/作曲：惠梨香
編曲：淺田真一
ED2：《最近》（5-10）
歌：ひいらぎ（柊）
作詞/作曲：惠梨香
編曲：淺田真一
動畫製作
製作人員
監督：矢野雄一郎
系列構成：高橋ナツコ
角色設計：樋口聡美
CG監督：森田淳也
音樂：羽毛田丈史
攝影：光石奈歩
美術：山子泰弘
原作：石川雅之（《萌菌物語》連載中/講談社刊）
動畫製作：白組、テレコム・アニメーションフィルム
配音演員
結城螢：齋賀三月
長谷川遙：大原沙耶加
及川葉月：神田朱未
武藤葵：能登麻美子
美里薫：小西克幸
川浜拓馬：杉山紀彰
樹慶蔵：西村知道
瑪麗：澤城美雪
音像製品
Blu-ray&DVD
第一卷
發售時間：2012-09-05
收錄集數：1
第二卷
發售時間：2012-10-03
收錄集數：2-3
第三卷
發售時間：2012-11-07
收錄集數：4-5
第四卷
發售時間：2012-12-05
收錄集數：6-7
第五卷
發售時間：2013-01-09
收錄集數：8-9
第六卷
發售時間：2013-02-06
收錄集數：10-11
關聯作品
原作漫畫
《農大菌物語》是由日本漫畫家石川雅之作畫的漫畫作品。作品以肉眼能夠看到菌類的主人公為中心，描繪校園裡富有個性的農大生的日常生活。
動畫前作
《萌菌物語》（もやしもん、TALESOFAGRICULTURE）是由白組和TelecomAnimationFilm兩家日本動畫公司共同製作的電視動畫作品，於2007年10月11日播放，全11話。
