背景
魯監國朱以海進駐舟山以後，擺脫了鄭彩的控制，戰略上也由恢復福建改為經營浙江。當時，張名振、阮進、王朝先等部駐於舟山；閩安伯周瑞、平虜伯周鶴芝屯於溫州的三盤；寧波府四明山寨的王翊、王江、馮京第等義師同舟山相呼應。以魯監國為首的兵力還相當強盛，特別是舟山群島地理位置十分重要，對清廷在江浙地區的統治構成重大威脅。
清攝政王多爾袞眼見在江西、廣東、山西、陝西等地的大規模反清復明運動之後，滿洲八旗兵被拖得疲憊已極，加上清軍不熟悉海上作戰，因而對魯監國政權採取了政治上招降瓦解、軍事上利用漢軍進攻的對策。
1649年（順治六年）正月，江南江西河南總督馬國柱報告：“舟山偽僉都嚴我公率知府許珖等投誠，並獻進剿機宜，願充嚮導。” 多爾袞如獲至寶，立即讓馬國柱把嚴我公送到北京，親自兩次召見，授予都察院右副都御史招撫沙埕舟山等處招撫使，攜帶敕書前往浙江招降明方文武官員。嚴我公即以清朝欽差大臣的身分派遣使者進入四明山寨和舟山群島到處遊說。在他的策動下，這年三月朱以海所封開遠侯吳凱降清， 九月清廷封吳凱為沙埕侯、總統沙埕、舟山、大嵐、東白海島軍務總兵官。
接著，朱以海下義安伯顧奇勳降清，被封為舟山伯、舟山總兵。 隨同降清的明開平將軍姜君獻被任為歸義將軍，安遠將軍王用升為懷義將軍，翼義將軍陳龍為慕義將軍，總兵陳德芝為招撫（即嚴我公）標下右營總兵、雷虎彪為後營總兵、楊子龍為前營總兵，明副使呂一成為沙埕監軍副使，高樹勛為舟山監軍副使，“俱賜敕印並貂帽蟒袍等物”。
1650（順治七年）正月和四月，嚴我公又疏報招得定遠侯石仲芳、昭武將軍田得坤、忠勇將軍沈乘龍、虎賁將軍胡茂芳、定一將軍陸鳴時等多人。清廷通過嚴我公的活動，僅發出一批空頭敕印就招來了魯監國下一批不穩定分子，對於掌握浙東抗清勢力的虛實，動搖人心起了不小作用。
過程
南明內訌
除了清廷進行的策反活動以外，魯監國政權內部還存在一些不穩定因素。1650年（順治七年），周瑞和周鶴芝在三盤鬧矛盾，魯監國派巡按吳明中去調解。不料，吳明中“原為清官，為賊所獲”，是個潛伏在義師內部的奸細。 他到達三盤後，乘機火上加油，大肆挑撥，二將互不相容，周瑞引兵南下福建投靠鄭彩，後來成為鄭成功的部將；周鶴藝則帶領所部兵船北依阮進。
不久，在舟山又爆發了張名振同王朝先的衝突。王朝先原來在舟山受到肅虜侯黃斌卿的壓制，內心深為不滿，才同張名振、阮進策劃了刺殺黃斌卿的行動。魯監國對張名振非常信任，委以節制諸軍大權，王朝先又感到不公平，聲稱要公開宣傳襲殺黃斌卿的主謀是張名振。由於在舟山黃斌卿的舊部尚多，張名振惟恐導致內變，就同阮進密商，先發制人，在1651年二月乙卯日早晨由阮進派健卒沖入王朝先帳中。“朝先未衣，奮奪刀，殺進數人，勢不敵，走閣部張肯堂邸，肯堂請避入內室。朝先顧身裸不肯入，反與進對仗庭中”，結果被追卒殺害。事後，張名振即將謀害黃斌卿的責任推到王朝先身上，說他“擅殺斌卿，忘誼不赦”。但是，事情並未因此了結，王朝先的部將張濟明、呂廷紀憤恨不平，逾牆墜城，奪得船隻駛往寧波向清總兵張傑投降，告以舟山虛實，願意充當響導。
清朝出兵
朱以海扼守舟山聯絡內地復明武裝開展抗清運動，既對江浙清朝統治構成威脅，又牽制了清軍主力不得進入福建，為鄭成功的擴充力量創造了條件。清朝當局對此甚感頭痛，經過一番策劃以後，決定在進攻舟山之前，先對四明山寨抗清義師展開大規模的掃蕩，以免大軍出海，內地蜂擁而起。
1650年（順治七年）九月，清將固山額真金礪、提督田雄等調集兵馬分別由奉化、餘姚進入四明山區搜剿，魯監國委任的兵部右侍郎馮京第被擒遇難。經略直、浙兵部左侍郎兼左副都御史王翊見清軍勢大難敵，航海往舟山，準備趁清軍主力聚集於大蘭山之機，會合王朝先率舟師攻杭州。他到達舟山時，王朝先已被張名振、阮進擊殺。1651年（順治八年），王翊回到四明山中，這時山中諸義師有的被清軍剿滅，有的被嚴我公招降。七月二十四日，王翊被清政府團練兵俘獲，八月十二日在定海就義。
清軍在大體上平定了四明山區的抗清武裝以後，就著手部署大舉進攻舟山，摧毀朱以海政權。1651年（順治八年），清浙閩總督陳錦、平南將軍固山額真金礪、固山額真劉之源、提督田雄、浙江巡撫肖起元會商進攻舟山機宜。經清廷核准後，公議由提督田雄先於六月十二日從杭州帶領兵馬前往定關，同定海總兵張傑會合，一面繼續搜剿大嵐（即四明大蘭山區）的抗清義師，一面料理船隻，作好渡海準備。七月十三日，固山額真金礪、劉之源統師由杭州經紹興、寧波往定關；同月十九日總督陳錦率軍由衢州出發，經台州、寧波至定關。除了上述軍隊擔任進攻舟山的主力以外，陳錦等還命金華總兵馬進寶為總統，帶領水陸兵由台州乘船北上；並經清廷批准檄調吳松水師總兵王燝率部南下，預定八月二十日三路會攻舟山，企圖一舉殲滅朱以海全軍。八月中旬，清軍雲集定關，舟山戰役即將開始。
在這“山雨欲來風滿樓”之際，朱以海召集文武群臣會議，商討堵御對策。決定留盪胡侯阮進帶領水師扼守定關海域，安洋將軍劉世勛、都督張名揚、中鎮總兵馬泰等領兵三營防守舟山城；魯監國和兵部侍郎張煌言、定西侯張名振分別率領軍隊乘船南北出擊，企圖使清軍陷於顧此失彼的困境。具體部署是：“張名振督張晉爵、葉有成、馬龍、阮美、阮驥、方簡等遏南師；張煌言、阮駿率顧忠、羅蘊章、鮑國祥、阮騂、鄭麟、李英傑、符文煥等斷北洋。”
朱以海和他的高級將領作出這種部署，顯然是出於以下考慮：他們估計清軍水上作戰能力很差，大將阮進精於海戰，可以在海面擊敗來犯之清軍，確保舟山無虞；而乘江蘇、浙江清軍主力齊集定海，進軍長江口，將使清軍陷入進退兩難的處境。
舟山激戰
八月二十日，陳錦、金礪、劉之源、田雄和定海總兵張傑率軍登上戰船。次日晨大霧瀰漫，清軍乘潮蜂擁渡海。舟山群島明軍立即於各山頭傳烽告警，集合戰船，由盪胡侯阮進統領迎敵。雙方相遇於橫水洋（指舟山島與岑港即冊子山、瀝港即金塘山二島之間的海峽），炮火交加，戰況極為激烈。
阮進身先士卒，指揮所乘戰船直攻清軍統帥金礪的座船。他把火球扔向金船，不料火球撞在金船的桅桿上反彈回來落入自己的戰船上，頓時引起大火。阮進被火燒傷，棄船跳入海中，被清軍擒獲，第二天，因傷重而死。海戰既以明軍失利告終，清軍就在當天下午進抵舟山，分一半兵員登入攻城，一半兵員留在戰船上作攔截回援明軍和機動之用。在強弱異形的情況下，舟山城中的明軍將領如安洋將軍劉世勛、都督張名揚仍然奮不顧身，率領營兵五百名、義勇數千人背城力戰，給予清軍很大殺傷。
當時，明、清雙方主帥都認識到舟山城的得失是至關重要的。從八月二十二日激戰至九月初一日，明總兵金允彥（張名振麾下中軍）見城中火藥已盡，縋城出降；巡城主事邱元吉也接著降清。城中守軍在危急關頭志不稍減，把邱元吉的兒子斬首傳示四門，激勵眾心。魯監國和張名振、張煌言統率的主力雖然取得了在海上阻擊浙江台州清軍和江蘇吳淞清朝水師的勝利，“南北應敵師皆幸勝”，忽然接到阮進陣亡、舟山危急的報告，火速回援。但在舟山海域遭到清方留船軍隊的頑強阻擊。 九月初二日，圍城清軍採取挖城豎梯戰術，從舟山城西面突破明軍防禦，蜂擁入城。劉世勛、張名揚、馬泰率領部下將士英勇巷戰，力盡陣亡，舟山城遂告失守。明魯監國正妃陳氏等投井而死，西宮妃榮氏和世子留哥被清軍俘獲；大學士張肯堂、禮部尚書吳鍾巒、兵部尚書李向中、工部尚書朱永祐、通政使鄭遵儉、兵科給事中董志寧、兵部職方司郎中朱養時等都自殺殉國。
此外，也有一些文官武將為形勢所迫歸順了清朝。據陳錦向清廷報告，清軍占領舟山以後明魯監國下“偽總督部院李長祥、偽伯及偽將軍章雲飛、尹文舉、蔡應選、塗登華等；偽總兵金允彥等，偽禮部丘元吉、偽戶部孫延齡、倪三益等；偽太僕寺李師密，偽兵部中軍周士禮，偽副、參、都、守周名臣、鄭國化、王培元等”先後降清，“俱分發內地善行安插矣”。
結果
朱以海、張名振、張煌言、阮美、阮駿等人痛惜舟山失守，但已無可奈何，被迫移舟南下溫州海域的三盤，這裡原是周鶴芝部的駐地，“有房可居，有險可恃”。由於缺乏糧食，張名振等派兵船到溫州府屬的黃華、龍灣一帶搜括。陳錦乘機命金衢總兵馬進寶統兵攻克三盤，焚毀島上的房屋棚廠。
朱以海、張名振等又南下沙埕；“沙埕而南即是閩洋海道，非浙中水師所能熟識”，清浙閩總督陳錦命令福建兵將在閩安一帶堵剿，同浙江金衢總兵馬進寶合擊。魯監國和他的部將在舟山失守後，士氣大為低落，儘管他們的兵力還相當可觀，但是基地的喪失帶來了糧餉、住房的困難；親屬的被俘殺又在心理上造成難以言喻的隱痛。在海上飄泊無定的生活導致了部分將領對前途失望，都督靜洋將軍張英，都督掛印總兵阮述、阮玉，新襲盪胡侯阮美（即阮進之弟），都督總兵阮捷、魏賓等先後赴福建閩安向清方投降。張名振帶領其他兵將保護魯監國乘船來到海壇島，這裡已屬於鄭成功據守的範圍。鄭成功原是尊奉隆武帝，後來遙奉永曆帝，一直不承認朱以海的正統地位。朱以海和擁戴他的定西侯張名振、平夷侯周鶴芝、英義伯阮駿等在浙江沿海站不住腳，沒有自己的地盤的情況下，進入鄭成功的勢力範圍是迫不得已的。
1652年（順治九年）正月，鄭成功同意魯監國朱以海和部眾進駐廈門，隨行的有定西侯張名振、大學士沈宸荃、“兵部右侍郎張煌言、曹從龍、太常寺卿任廷貴、太僕卿沈光文、副使馬星、俞圖南、少司馬兼大理寺卿蔡應昌、任穎眉、兵部主事傅啟芳、錢肅遴、陳藎卿、張斌、葉時茂、林泌、侍讀崔相、中書丘子章、賜蟒玉侍郎張沖符、行人張吉生、張伯玉、總兵張之先等，錦衣衛楊燦、內官陳進忠、劉玉、張署、李國輔、劉文俊數人而已”。 由於鄭成功不承認朱以海政權，見面禮節成了問題。鄭成功同幕僚人士馮澄世、潘庚鍾等商議後，決定自己以隆武帝曾授予的宗人府宗正的身分出面接待。這意味著把朱以海當作明朝宗藩，只保護他的人身安全和在生活上給予優遇，不讓他作為恢復明朝的正統象徵。不久，朱以海被移往金門居住。
評價
張名振在給朱之瑜的信評價此戰說：“別後狡虜窺關（指定關，即定海），三路並至，不意盪胡以輕敵陣亡，虜騎遂得飛渡。不佞直指吳淞，幸獲全捷，而孤城（指舟山城）援絕，死守十日，竟為所破。不佞闔門自焚，而全城被僇矣！奈敗軍之餘，尚思卷土，但慮勢力單弱，遂揚帆南下。”
張煌言後來寫的《滃州行》里也詳細描述了當年舟山失守的情況，其中幾句是：“圻時帝子在行間，吳淞渡口凱歌還。誰知勝敗無常勢，明朝聞已破岩關。又聞巷戰戈旋倒，闔城草草塗肝腦。忠臣盡痤伯夷山，義士悉到田橫島。”
