立案標準
根據刑法第120條和《中華人民共和國刑法修正案（三）》的規定，對組織、領導、參加恐怖活動組織，足以危害公共安全的下列人員，應當立案追究：
（1）恐怖活動組織的組織領導者；
（2）積極參加的；
（3）其他參加的，
犯罪主體
本罪的主體為一般主體。年滿16周歲具有刑事責任能力的自然人，無論是中國公民，還是外國人、無國籍人，均可構成本罪。司法實踐中，本罪主體多為恐怖組織的成員，包括首要分子及其參加者。對於一般參加者；未能絕對化地不分情況一律以犯罪論處。於那些因不明真相而參加恐怖組織，一旦發現即脫離關係，實際上也未參加恐怖組織活動或只是一般性的日常活動的，或者受欺騙、蒙蔽、利誘或者脅迫參加恐怖活動組織，但消極對待，經教育後痛改前非，積極檢舉、揭發恐怖活動組織成員及其犯罪活動的，則可根據刑法第13條的規定認定為“情節顯著輕微危害不大”而不認為是犯罪。
年滿14周歲不滿16周歲的人僅僅參加甚至組織、領導恐怖組織，不能以本罪論處。如果組織、領導或者參加恐怖組織的故意殺人、傷害致人重傷或者死亡、放火、爆炸、投毒、強姦、搶劫、販賣毒品等8種犯罪的，則應追究其刑事責任。
犯罪客體
本罪侵犯的客體為公共安全，即不特定多數人的生命、健康和財產安全。行為對象可以是本國公民，也可以是外國人。
本罪在主觀方面必須出於故意。
犯罪客觀方面
本罪在客觀方面表現為組織、領導或者參加恐怖組組織的行為。
所謂組織，是指通過策劃、倡議、鼓動、召集、引誘、指使、脅迫、招攬、拉攏、安排等手段，使分散的個人基於進行恐怖活動犯罪的目的而成立一個比較穩定組織的行為，包括創立、組建恐怖組織，確定恐怖組織的目的、宗旨，以及組織機構、人員妥排、行為規範、活動方式，發展恐怖組織成員等具體活動。
所謂領導，是指在恐怖組織成立之後，處於統率、支配地位的成員通過策劃、決定、指揮、率領、安排、調查、協調等手段指揮、管理恐怖組織人員及其活動的行為，其對象為恐怖組織。
所謂參加，則是指明知為恐怖組織而主動、積極要求加人組織，或者基於組織者、中介人的鼓動、利誘、招攬、威脅、欺騙等而加人恐怖組織，成為其中一員。組織、領導、參加恐怖組織的行為既相區別，又相聯繫。組織行為，一般發生在恐怖組織建立之前。組織建立之後，為了壯大組織，採取各種手段使他人加人或者控制成員，不許脫離組織的行為，也應屬於組織的範疇。領導，作為指揮、管理恐怖組織的行為，必須在組織成立後實施。組織成立前，不存在對其的管理、指揮等領導行為，因此，在組織成立恐怖組織的過程中進行領導、策劃、指揮創建、成立組織的行為均應以組織行為論處。參加行為，則從恐怖組織創立初期到其整個持續存在的過程中，均可發生。
應當指出，就本罪的構成而言，並不要求三種行為皆備。
二、組織、領導、參加的必須是恐怖組織。
所謂恐怖組織，是指三人以上，包括三人，基於政治、報復社會等動機，共同進行恐怖犯罪活動，以恐嚇、要挾公眾、社會、政府而組成的較為固定的犯罪集團。
罪與非罪
區分罪與非罪的界限，要注意本罪是一個選擇性罪名。行為人只要實施組織、領導、參加恐怖組織行為之一的即構成本罪。
司法實踐中，對於參加恐怖組織罪而言；行為人必須明知是恐怖組織而自願參加，方可構成本罪。也就是說，對於那些不明真相、受騙上當而參加恐怖組織，一經發覺就表示並實際上與其脫離關係的人，則不能認定其構成參加恐怖組織罪。但是，如果行為人最初因受騙而參加恐怖組織，後來明知恐怖組織的性質後仍然不退出，甚至積極進行恐怖活動的，則當然構成本罪。
此罪與彼罪
一、本罪與放火、爆炸、投放危險物質、劫持航空器等危害公共安全犯罪的區別
（1）觀故意的內容不同。本罪在主觀方面表現為組織者企圖組建恐怖組織以進行恐怖活動，領導者、參加者明知是恐怖組織而仍對其進行領導、參加。雖然他們有進行恐怖活動的故意，但是否實施進行放火、爆炸等恐怖活動並不影響本罪成立。如果實施了放火、爆炸等危害公共安全犯罪，其意圖也是為了恐嚇、要挾公眾、社會或政府，從而使它們歸屬於恐怖活動的範疇；而放火、爆炸等犯罪如果不與恐怖目的聯繫在一起；則是一般的危害公共安全犯罪，不屬於恐怖犯罪活動，其故意內容則是明知其爆炸等行為會危害公共安全而仍決意實施，並且希望或者放任這一危害結果的發生。
（2）兩者的客觀行為方式不同。本罪的客觀行為表現為對恐怖組織的組織、領導或參如行為，並不表現為具體實施放火、爆炸等危害公共安全的行行為。組織、領導、參加恐怖組織後基於恐怖目的具體實施了放火、爆炸等危害公共安全犯罪的，則應以本罪與後罪並罰，而放火、爆炸等危害公共安全犯罪在客觀上則表現為具體的放火、爆炸等危害公共安全的行為；
（3）犯罪對象不同。本罪行為的對象是恐怖組織；而後者的行為對象則為具體的不特定人身和財產。
（4）犯罪形態不盡相同。本罪除組織者為1人且為未遂不能構成共同犯罪外，其他情形均屬共同犯罪，一般還為集團犯罪；而後者既可個人單獨實施，也可多人共同實施，共同犯罪並非其行為的普遍特徵等等。
二、本罪與組織、領導、參加黑社會性質組織罪的區別
（l）兩者的目的不同。本罪基於進行恐怖活動，恐嚇、要挾政府、社會、公眾的目的而成立；後罪則基於獲取不法的與經濟利益罪及一定的勢力範圍而成立。
（2）兩者的客觀方面表現不同。本罪在客觀方面表現為組織、領導、參加恐怖組織的行為；後罪則表現為組織、領導、參加黑社會組織的行為。
（3）兩者實施目的所採取的手段方式不同。本罪行為人之所以組織、領導、參加恐怖組織，是為了進行恐怖活動，恐嚇、要挾政府、社會、公眾，要實現這種目的，還要具體進行暗殺、放火、爆炸等具體的恐怖犯罪行為。這些行為，具有危害不特定多數人生命、健康及重大公私財物安全的危害大、範圍廣的危險性特徵；後罪行為人所實施的主要則是有助於攫取不法經濟利益，謀取、鞏固、擴大其勢力範圍，稱霸一方的目的的諸如開設賭場、組織、強迫賣淫、走私、羅販毒、搶劫、綁架、敲詐勒索、聚眾鬥毆、尋釁滋事、行賄等危害社會、經濟管理秩序的行為。
（4）兩者對象及所指向的客體不同。本罪行為的對象為恐怖組織，指向的客體為公共安全；後罪行為的對象則為黑社會性質組織，指向的客體為社會管理秩序。由此可以看出，從靜態上講，本罪與組織、領導、參加黑社會性質組織罪是不難區分的。但是，在司法實踐中，有時由於恐怖組織與黑社會性質組織的行為相互交錯，應當按照從一重處斷的適用原則擇重罪而以本罪論處。行為人既組織、領導、參加恐怖組織，又組織、領導、參加黑社會性質組織，且不同屬於一個組織的，則屬於在不同故意的支配下分別實施的兩種不同的組織、領導、參加恐怖組織和組織、領導、參加黑社會性質組織的行為，為數罪，應當依法對其分別定罪，然後實行並罰。
處罰
犯本罪的，組織、領導和積極參加恐怖活動組織的，處三年以上十年以下有期徒刑；其他參加的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制。本條所稱積極參加的，是指在建立、謀劃、實施犯罪活動中態度比較積極或者參加的活動較多，但不一定是首要分子。
