美國總統任期--1961.1.20--1963.11.22
國內政策
甘乃迪在國內政策方面提出了眾多計畫，如：改善城市住房條件、發展教育事業、改革稅收制度、修改農業計畫、保護和發展天然資源、為老年人提供良好的醫療保健、反對種族歧視、給黑人以公平權利等。但這些計畫在實施過程中大都遭到了來自各方的重重阻礙，尤其是國會。到1963年7月，美國媒體在評論甘乃迪的內政計畫實施情況時指出：政府開支已經達到940億美圓，1963年的財政赤字將達到70億美圓，黃金儲備量下降到了自1939年來的最低點。大規模減稅的議案和給予黑人公平權利的議案被拖延再三，直到甘乃迪遇刺身亡後的1964年才獲得通過。修改農業計畫、援助公立學校法案和其他一些議案，也紛紛擱淺或被迫放棄。
經濟政策
約翰甘乃迪在其任期內廢止了一些苛刻的財政方針，放鬆了貨幣政策以保持低利率，從而鼓勵經濟成長。這個舉措之後被當做20世紀70年代經濟問題的組成部分而受到批評，因為政府龐大的開銷助長了通貨膨脹。在1962年，約翰甘乃迪提出了總額為1000億美圓的年度財政預算，在1961年，甘乃迪任期內的第一個年度預算導致產生了美國歷史上的第一次非戰爭、非經濟衰退引起的財政赤字。
聯邦與軍事死刑
作為總統，甘乃迪審查了之前針對死刑政策的聯邦決議案和軍事決議案。愛荷華州州長哈羅德·休斯（Harold Hughes）是一名死刑反對者，他以個人名義联系甘乃迪，請求他寬待維克多·費戈爾（Victor Feguer）——一名曾經在愛荷華州法院被判處死刑的罪犯，但甘乃迪最終拒絕了這個請求，最後費戈爾於1963年3月15日被處以死刑。1962年2月12日，甘乃迪對一名被軍事法庭判處死刑的海軍士兵吉米·漢德森（Jimmie Henderson）予以減刑，把死刑減為無期徒刑。
公民自由
面對質疑馬丁·路德·金是共產主義者的指控，甘乃迪政府同意讓聯邦調查局對一些人實行竊聽，其中包括馬丁·路德·金。提出原始指控的除了J·埃德加·胡佛之外別無他人，他十分憎恨金，因為他認為金是個“經常製造麻煩的暴發戶”。儘管羅伯特·甘乃迪作為法務部長，只書面允許有限度的竊聽，但是在胡佛勢力控制下的聯邦調查局，將權力擴大到可以監控任何和金的生活有關的事，他們認為有必要這樣做。林登·詹森1967年在國家聯盟（State of the Union address）上的演說中，引用了“窺視”和“竊聽”來形容甘乃迪政府，而其實林登詹森自己還繼續默許對金和其他人的竊聽。
甘乃迪還使用了聯邦機構的權力去阻止美國鋼鐵的價格升勢。《華爾街日報》撰文寫到：政府利用“赤裸裸的權力、威脅和國家安全警察”控制了鋼鐵的價格。耶魯大學法學教授查爾斯·瑞克（Charles Reich）在《新共和》刊物上寫到：“行政當局利用大陪審團非常快的控制了美國鋼鐵，這個行為已經侵犯了公民自由。”
