參戰作品
★標誌為系列作初參戰作品、☆標誌為在攜帶機中的初參戰作品。
機動戰士高達（機動戦士ガンダム）
★機動戰士高達 第08MS小隊（機動戦士ガンダム 第08MS小隊）
機動戰士高達0083 星塵的回憶（機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY）
機動戰士Z高達（機動戦士Zガンダム）
機動戰士高達ZZ（機動戦士ガンダムZZ）
機動戰士高達 逆襲的夏亞（機動戦士ガンダム 逆襲のシャア）
機動武鬥傳G高達（機動武闘伝Gガンダム）
☆新機動戰記高達W（新機動戦記ガンダムW）
聖戰士丹拜因（聖戦士ダンバイン）
☆蒼之流星SPT雷茲納（蒼き流星SPTレイズナー）
魔神Z（マジンガーZ）
大魔神（グレートマジンガー）
UFO魔神古蘭戴薩（UFOロボ グレンダイザー）
蓋塔機器人（ゲッターロボ）
蓋塔機器人G（ゲッターロボG）
真·蓋塔機器人（原作漫畫版）（真・ゲッターロボ（原作漫畫版））
★六神合體雷霆王（六神合體ゴッドマーズ）
★機械巨神 THE ANIMATION -地球靜止之日（ジャイアントロボ THE ANIMATION -地球が靜止する日）
無敵鋼人泰坦3（無敵鋼人ダイターン3）
☆超電磁俠孔巴特拉V（超電磁ロボ コン・バトラーV）
超獸機神斷空我（超獣機神ダンクーガ）
Banpresto原創（バンプレストオリジナル）
------以下作品需要與《機戰64》聯動------
☆戰國魔神豪將軍（戦國魔神ゴーショーグン）
機動戰士高達F91（機動戦士ガンダムF91）
☆無敵超人贊波3（無敵超人ザンボット3）
特色系統
遊戲的系統與超級機器人大戰系列不同，主要重視對戰的部分。玩家可自由搭配同系列作品的駕駛員乘坐不同機體並且選擇最多五個機體組成隊伍與其他選手的隊伍進行對戰，在10回合中每個回合需要玩家選擇6個行動指令來進行攻防。玩家可用通信線和其他玩家交換機體駕駛或是對戰，遊戲中有一部分機體和駕駛員需要通過64GB轉換器（64GBパック）與《超級機器人大戰64》聯動才會出現。
