機構
1959年1月，成立福州鐵路局基本建設處，下轄設計事務所和第一、二、三、四工程隊。1960年9月，分編為福建省工程總隊福州鐵路局工程處，下轄第一、二、三工程隊。
1961年1月，重組福州鐵路局基本建設處，下轄第一、二、三、四、五、六工程隊、水電工程隊、磚瓦廠、機具管理站、採石場、設計事務所。
1963年7月，福州鐵路局基本建設處分編為工程處和基建處。工程處下轄第一、二、三、四、五工程隊、採石場和磚瓦廠。基建處下轄設計事務所、基建工程發包和工程監察。
1962年，西北工程局、大橋工程局和西南工程局先後調入福建。1963年7月，與工程處、基建處合併，組建為福州鐵路局工程指揮部，下轄第一工程處(含第十一至第十四工程段)、第二工程處(含第二十一至第二十四工程段)、房建工程隊、電務工程處。
1965年初，福州鐵路局工程指揮部併入華北工程局，福建省境內僅留第一工程處(駐永安西洋)。1965年7月，第一工程處改稱南昌鐵路局基建處。同年9月原第一工程處僅留下第一工程段，其它調往西南施工。
1965年10月，南昌鐵路局基建處(駐福州魁岐)下轄第一、二、三、四、五工程段、工程材料廠、工程機械修配廠、工程職工生活供應段和勘測設計事務所。
1971年1月，基建處撤銷，改編為2個工程團，第二工程團駐鷹潭，第一工程團駐福州，下轄第一、二工程段、邵武線路大修隊、福州電務工程隊和福州勘測設計所。
1973年1月，工程團撤銷，改稱南昌鐵路局工程總隊(駐鷹潭)，福州設工程辦事處，下轄第一、二工程段，邵武線路大修段和福州電務工程隊。1975年11月，工程總隊改稱基建處，福州工程辦事處下轄第一、二工程段、福州電務工程隊和永安採購供應站。
1980年1月，成立鷹廈外福鐵路工程改造指揮部，下轄第一、二工程段、第六工程段(1980年4月組建)、福州電務工程隊和永安採購供應站。
1983年10月，鷹廈外福鐵路工程改造指揮部改稱南昌鐵路局福州工程指揮部，下轄一、二、六、七工程段，福州電務工程段，龍巖水泥廠(1982年5月調入)、永安採購供應站、福州勘測設計所(1981年11月歸管)。
1985年1月至1995年，福州鐵路工程指揮部改稱為上海鐵路局福州鐵路工程總公司，直屬上海鐵路局，下轄第一、二、六、七工程段、福州電務工程段、龍巖水泥廠和永安採購供應站。
隊伍
1959年1月，福州鐵路局基本建設處職工總數4800餘人，包含在福建省境內鐵路建設、設計、施工等各單位人員。
1960年9月，福建省鐵路工程總隊整編為福州鐵路局工程處，下轄3個工程隊，職工總數4488人，其組成人員為修建鷹廈線時福建省各縣、市參加鐵路施工的地方幹部和民工。
1961年1月，重新組建福州鐵路局基建處，下轄6個工程隊，職工人數4400餘人。
1963年7月，成立福州鐵路局工程指揮部，併入西北工程局與西南工程局的施工隊伍，職工總數達13000餘人。
1965年5月，福州鐵路局工程指揮部撤銷後，施工隊伍除留下西洋第一工程處6000人外，其它人員均調往華北工程局轉赴西南參加三線建設。
1965年9月，西洋第一工程處除留下第一工程段1500人外，其它人員調往西南工程局。
1965年10月，在福州魁岐成立南昌鐵路局基建處，重新組建5個工程段，每個工程段正式鐵路工人500～600人、臨時契約工500人，總計有施工人員近6000人。
1971年1月，基建處撤銷後，福州魁岐第一工程團施工人員有2000餘人。
1972年，南昌鐵路局撤銷工程團建制，成立局工程總隊，在魁岐設福州工程辦事處，福建省境內有施工人員2000人。
1975年11月，南昌鐵路局工程總隊改為局基建處，福建省境內施工隊伍有1700餘人。
1978年6月，南昌鐵路局分設基建處和工程處，福州工程辦事處隸屬工程處領導，施工隊伍有2000餘人。
1980年1月，成立鷹廈外福鐵路工程改造指揮部，年末職工3261人，其中幹部454人，工人2807人；幹部人數中專業技術人員143人(其中高級職務1人、中級38人、初級104人)；幹部454人中，大專文化以上69人、中專60人、高中76人、國中及以下249人。
1983年10月，鷹廈外福鐵路工程改造指揮部改稱福州鐵路工程指揮部，職工總數4309人，其中幹部671人，工人3638人。幹部人數中專業技術人員334人，其中高級職務3人、中級93人、初級238人；幹部671人，大專文化以上186人、中專109人、高中99人、國中以下277人。
1985年1月，福州鐵路工程指揮部改稱上海鐵路局福州鐵路工程總公司，職工總數5189人，其中幹部884人，工人4305人。幹部人數中專業技術人員408人，其中高級職務4人、中級93人、初級311人；幹部884人中，大專以上257人、中專138人、高中144人、國中及以下345人。
