動物
痕跡器官的比較在動物體上尚殘存1種或數種對個體的生存無明顯功能的器官，稱為“痕跡器官”。如生活在海中的鯨的後肢已經完全退化，但在體內還有腰帶骨、股骨和脛骨等後肢骨的遺蹟。海牛的前肢變為槳狀，指端還保留有退化的蹄的痕跡，後肢退化，但仍保留著殘存的後肢骨。這些痕跡器官足以證明鯨和海牛起源於陸生脊椎動物。
這類器官在動物的進化過程中，一般都屬於退化器官，如無脊椎動物昆蟲綱中蚊、蠅的後翅，退化變成平衡棒；脊椎動物爬行綱中的蟒蛇，尚有殘存的後肢骨；哺乳綱中的鯨，有的種類在嘴邊尚保存有若干根毛，後肢雖已完全退化，但還有腰帶和後肢骨的痕跡。與此對比，家兔的盲腸連同蚓突長達半米，相當於一個大的發酵口袋，兔吃進去的草料中的纖維素就是依靠盲腸內的微生物進行發酵分解。
“痕跡器官”的存在，支持了生物進化論的觀點，有助於了解各種器官的演變過程和該種動物的進化歷程。
人類
人類的“痕跡器官”人類也有許多退化的“痕跡器官”，人的痕跡器官較多，如盲腸，人的盲腸連同其末端的蚓突都極度退化，已經失去了消化功能。
在人體，類似盲腸這樣的痕跡器官還有很多，如腹直肌、動耳肌、尾椎骨、瞬膜、體毛、瞬膜、尾椎骨、闌尾、尖形犬牙(俗稱虎牙)、體毛筆等不勝枚舉。
所有這些“痕跡器官”的存在只有用進化論的觀點才能作合理的解釋，即這些器官在它（他）們的祖先體內曾經是有用而存在。
列表
| 犁鼻器：現在已發揮不了任何功能的嗅覺器官，在過去可能是用來接受外激素的一種痕跡器官。 耳動筋：和兔子與狗一樣，起初人類通過這塊筋肉可以讓耳朵單獨動起來，通過訓練使耳朵動起來的正是這塊筋肉的作用。 智齒：過去的人為了攝取能量必須要咀嚼很多植物，因此作為最裡面的臼齒起了作用。現在能健康地長出全部智齒的人只有5%。 頸肋骨：是爬行動物時代所殘留下來的器官。現在不到1%的人仍有著這個器官，曾起到支撐神經和動脈的作用。 第三眼瞼：鳥和哺乳類用來撥出贓物保護眼睛的眼膜，人的眼睛底部仍有少量殘存。 達爾文關節：耳折處稍厚的部位，過去是為了聽到遠方的聲音所以很大，現在已經退化。 鎖骨下肌：肩下處的第一鎖骨到鎖骨拉伸的一小塊肌肉，在用四腳行走的時代中起到作用。有的人沒有，有的人卻仍有一兩塊。 掌長肌：手肘到手脖的細長伸展肌肉。11%的人已經沒有了，垂吊或攀登時用的重要器官，現在在移植手術中會將這部分器官取出來代用。 男性的乳頭：在胎兒時期男性荷爾蒙分別性別之前，是分泌乳汁的器官，但是男性已經沒有分泌乳汁的功能。 立毛肌：動物為保持體溫和威嚇敵人聳立毛的肌肉，和人在起雞皮疙瘩的時候一樣，只是人身上的毛已經退化。 盲腸：和大腸接合的細長肌肉，吃飯時在攝取富含纖維的時代作為分解食物而起到作用，同時也為腸內的消化細菌作出貢獻。在美國每年有30萬人切除闌尾。 體毛：眉毛是為了止汗，鬍子是為了發揮性的魅力，雖然都有小小的貢獻但是絕大多數的體毛是無用的。 腳底肌：遠古時期的人們用腳來抓東西，但是現在有9%的人已經喪失了這個器官。 第13根肋骨：猩猩和類人猿仍有13根肋骨，但是現代人基本上只有12根，不過還是有8%的成人會有13根。 男性子宮：垂吊在男性前列腺處，是未發達的女性生殖器官的殘留器官。 腳的第5指：猿的腳趾全部用來抓住物體或是攀緣樹枝，人在步行時主要是靠拇指來掌握方向和平衡。 女性的精管：將男性的精子運到尿道的管道，女性的情況是在卵巢附近一頭堵住沒有任何功能。 錐體肌：我們中有20%的人沒有這塊附著在恥骨上緣被稱作錐體肌的袋狀肌肉，據說這是有袋動物殘留下來的。 尾椎骨：幾乎所有的哺乳類為保持平衡而有的尾巴，因和椎骨進化融和而得此名。對於直立行走已經起不了任何作用。 副鼻腔：遠古時代的人類由於在野外生活，對嗅覺比現代人敏感，到現在已成為殘留黏液的空管。 |
