①協助局領導組織協調局務工作，管理局事務；
②制訂並貫徹執行本機關各項規章制度、檔案管理、文電處理、政務信息、機要保密、對外接待、政治學習、業務學習、會議組織、工作總結、匯報材料、檔案文稿草擬、治安保衛、後勤服務、工作督辦和協調；
③會同有關部門做好局機關及直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資、職工年度考核和專業技術人員的年度考核及管理工作；負責局機關及所屬事業單位退休幹部的管理工作；
④組織開展全區環境保護先進評選、表彰工作、環境宣傳教育、綠色系列創建工作；
⑤負責協調組織環保新聞報導和環境報刊征訂工作；以及重大環境污染事故、污染糾紛情況通報、聯絡工作；
⑥承擔玉州區環境保護局、上級環境保護部門委託和領導交辦的其他工作。
負責人：陳志
2、項目股
①編制環境功能區劃、環境保護規劃，參與制訂本轄區經濟、社會發展中長期規劃和年度計畫；
②負責轄區內環境保護系統項目（補助）、城市環保基礎社會建設項目、對外經濟合作交流及環境保護利用外資項目的洽談、審核、申報和項目管理；
③組織全區建設項目環境保護管理的行政規章、技術政策編制及監督實施，並對轄區內實施環境保護目標責任制、城市環境綜合整治開展定量考核工作；
④負責轄區內基本建設項目、區域開發建設項目、區一級立項項目、技術改造項目的環保審批；
⑤承擔重大經濟和技術政策、發展規劃和重大經濟開發計畫的環境影響評價工作；
⑥監督管理建設項目污染防治設施與主體工程同時設計、同時施工、同時投產使用，組織建設項目環保設施竣工驗收，並對建設項目環境影響評價開展評估工作。
⑦承擔玉州區環境保護局、上級環境保護部門委託的其他工作任務。
負責人：陳志
3、業務股
①貫徹執行國家環境保護有關標準和技術規範，起草轄區環境質量控制標準並監督實施；按國家有關規定編制飲用水源地保護規劃並組織實施；
②負責實施污染物減排工作，提出總量控制計畫，核算總量減排情況；負責監督管理轄區自然生態、農村生態和農村環境保護工作，組織實施農村面源污染治理。
③負責管理許可權內的環境統計、信息工作。負責轄區內國控重點污染源線上監控系統企業端的環境現場監管；負責轄區內污染源普查工作；
④協調環境保護科學研究和技術引進，組織環境保護重大科技攻關和技術示範工程等環境科技工作；
⑤草擬大氣、水體、噪聲、有毒化學品以及機動車的污染防治規章草案並依法組織實施；
⑥承擔玉州區環境保護局、上級環境保護部門委託的其他工作任務。
負責人：蔡家勇
4、區環境監察大隊
根據局機關的委託，行使如下職責：
①負責玉州區環境保護局管理許可權內的環境監察工作，組織開展轄區內環境破壞事件的調查處理工作，參與跨縣（市、區）的流域、區域環境保護破壞事件的調查處理工作；建立城區環境監察檔案；
②負責對管理許可權內的環境違法案件進行現場執法和調查處理；組織調查處理環境污染事故；組織轄區核心與輻射安全監管工作及協助上級環保部門做好相關行政許可事項；組織指導城市環境綜合整治；
③負責玉州區環境保護局管理許可權內的民眾來訪接待、環境投訴、污染事件和糾紛的調查處理，參與玉林市組織的跨縣（市、區）行政區域流域的污染事件和糾紛的調查處理工作；
④負責玉州區環境保護局管理許可權內，環境保護行政管理相關的行政徵收、行政確認、行政給付、行政強制、行政事業性收費的執收權等；
⑤負責管理許可權內的排污申報登記、排污許可證發放、排污費徵收工作；並對轄區內污染源的污染物排放和污染防治設施的運轉情況進行巡查監督；
⑥負責轄區工礦企業固體廢物污染防治的監管工作，臨時在岸灘堆放、處理固體廢棄物的審批，以及收集、利用、貯存、處置危險廢物經營許可證核發，拆除或者閒置環境保護設施的同意；
⑦負責飲用水源地環境監察工作；
⑧承擔玉州區環境保護局、上級環境保護部門委託的其他工作任務。
負責人：王俊
5、區環境監測站
根據局機關的委託，行使如下職責：
①貫徹執行《中華人民共和國環境保護法》及有關環境保護和環境監測的法律、法規、標準、技術規範和管理制度；
②負責玉州區環境保護局管理許可權內的環境監測信息收集、匯總和管理；負責轄區內環境狀況報告、污染源排污狀況報告的編寫，以及環境監測季報、年鑑及環境質量報告書的編寫，進行環境質量趨勢的預測預報工作；
③負責組織制定、管理許可權內環境監測技術規範、指南和技術標準；
④承擔管理許可權內地表水、噪音等常規監測任務，及病源微生物實驗室環境保護備案等；
⑤建立轄區管理許可權的環境應急監測網，包括對轄區內重點工業污染源的監測、轄區內污染源的監測以及轄區內環境污染事故調查和環境污染糾紛仲裁監測，並及時提供監測結果；
⑥承擔玉州區環保局審批的建設項目及限期治理項目環保設施的竣工驗收監測；
負責人：臧桂華
