概述
柯南、少年偵探隊、小蘭和小五郎等人一道參加鈴木列車推理題活動。由於之前吃藥變大的灰原在群馬救人時的視頻被波本看到，並發現其手指上戴有神秘列車車票，於是黑衣組織將在神秘列車上對灰原實施抓捕。在車上，灰原感受到黑衣組織一步步向她逼近的氣氛。另一方面，世良在走道里，看到了傷疤赤井，之後叫了他幾聲：“秀哥”後就被他給電暈了。黑衣組織的人知道雪莉（宮野志保，即灰原哀）也在這輛列車上，就給她發了一條要求性命的簡訊，想要把她引出來活捉殺掉。.....
基本資料
動畫目錄
| 集數 | 標題 | 日文標題 | 播出時間 | 收視率 |
|---|---|---|---|---|
701 | 漆黑的特快列車（發車） | 漆黒の特急列車（発車） | 2013年7月13日 | 8.1% |
702 | 漆黑的特快列車（隧道） | 漆黑の特急列車（隧道） | 2013年7月20日 | 8.3% |
703 | 漆黑的特快列車（交叉） | 漆黑の特急列車（交差） | 2013年7月27日 | 8.0% |
704 | 漆黑的特快列車（終點） | 漆黑の特急列車（終點） | 2013年8月3日 | 6.6% |
對應的漫畫目錄
| 卷數 | 話數 | 總話數 | 漫畫標題 | 對應動畫 |
|---|---|---|---|---|
78 | File.1 | File.818 | 神秘列車（發車） | 701 漆黑的特快列車（發車） |
| File.2 | File.819 | 神秘列車（隧道） | ||
| File.3 | File.820 | 神秘列車（一等） | 702~703漆黑的特快列車（隧道 交叉） | |
| File.4 | File.821 | 神秘列車（交叉） | ||
| File.5 | File.822 | 神秘列車（截攔） | 703~704漆黑的特快列車（交叉 終點） | |
| File.6 | File.823 | 神秘列車（冒煙） | ||
| File.7 | File.824 | 神秘列車（終點） |
演員表
| 角色 | 配音 | 備註 |
|---|---|---|
| 江戶川柯南 | 高山南 | ---- |
| 毛利蘭 | 山崎和佳奈 | ---- |
| 毛利小五郎 | 小山力也 | ---- |
| 鈴木園子 | 松井菜櫻子 | ---- |
| 阿笠博士 | 緒方賢一 | ---- |
| 灰原哀 | 林原惠美 | ---- |
| 宮野志保 | 林原惠美 | 由怪盜基德假扮 |
| 吉田步美 | 岩居由希子 | ---- |
| 圓谷光彥 | 大谷育江 | ---- |
| 小島元太 | 高木涉 | ---- |
| 世良真純 | 日高法子 | 毛利蘭和鈴木園子的同班同學,赤井秀一的妹妹 |
| 沖矢昴 | 置鮎龍太郎 | ---- |
| 安室透 | 古谷徹 | 真實身份為黑衣組織派來的偵探波本,欲殺死雪莉,但失敗 |
| 能登泰策 | 辻親八 | ---- |
| 安東諭 | 牛山茂 | ---- |
| 出波茉利 | 川浪葉子 | ---- |
| 住友晝花 | 山口由里子 | ---- |
| 工藤有希子 | 島本須美 | ---- |
| 鈴木次郎吉 | 永井一郎 | 鈴木園子的叔父,鈴木財團顧問,鈴木特快號活動的主辦人 |
| 琴酒 | 堀之紀 | 黑衣組織的幹部 |
| 伏特加 | 立木文彥 | 黑衣組織成員,琴酒的跟班 |
| 貝爾摩德 | 小山茉美 | ---- |
| 宮野艾蓮娜 | 鈴木弘子 | 宮野明美、宮野志保的母親,在灰原哀回憶出現;波本提及 |
| 宮野厚司 | ---- | 宮野明美、宮野志保的父親,在灰原哀回憶出現;波本提及 |
| 怪盜基德 | 山口勝平 | 受柯南拜託易容為雪莉來對抗波本 |
| 乘務員 | 志村知幸；小田敏充 | ---- |
| 傷疤男 | 池田秀一 | 由貝爾摩得假扮 |
| 小蓑夏江 | 羽島靖子 | ---- |
| 室橋悅人 | 石川ひろあき | ---- |
分集劇情
701 漆黑的特快列車（發車）
對應漫畫：Vol.78 File.1 《神秘列車（發車）》~File.2 《神秘列車（隧道）》
播映時間：2013年7月13日
簡介：柯南和少年偵探隊、還有小蘭等人一道參加了鈴木特快號活動。在車裡，還出現了暗中接近灰原的黑影。隨後，車上舉行的推理題環節。轉眼間，少年偵探隊在7號車廂里目擊了室橋先生被一個蒙面人槍殺而倒在椅子上，剛開始大家都一致認為那是推理活動題都沒怎么在意。後來，從這輛特快列車的服務員里得知推理活動題還沒開始。柯南便認為剛才目擊的那一切是真正的密室殺人案，大家就馬上趕回到剛才那個車廂前，但是沒有想到在剛才車廂里的是小蘭等人，據小蘭等人說這個是8號車廂，可是，少年偵探隊們認為這就是7號車廂。7號車廂消失不見了，這到底是怎么一回事？
702漆黑的特快列車（隧道）
對應漫畫：Vol.78File.3《神秘列車（一等）》~File.4《神秘列車（交叉）》播映時間：2013年7月20日
簡介：不久，柯南識破了蘭等人玩的推理遊戲，找到了7號車廂里那個被槍擊而死的室橋先生。隨後，少年偵
703 漆黑的特快列車（交叉）
對應漫畫：Vol.78 File.4《神秘列車（交叉）》~File.6《神秘列車（冒煙）》
播映時間：2013年7月27日
簡介：柯南、小五郎、世良等人詢問了乘客們的不在場證明後，就讓8號車廂的所有乘客在走道上跑一下，然後用這個方法來尋找兇手。他們在門縫裡詢問出波女士的不在場證明時，柯南突然發現從這個門縫外看裡面和之前在死者車廂的門縫外看東西有很多相同的地方，就覺得很可疑。之後，柯南看到列車的車窗就仿佛知道了一切真相。另一方面，在走道里，傷疤赤井與有希子擦身而過，之後，世良就來到了傷疤赤井的面前，叫他幾聲“秀哥”，然後對他說了一句：“怎么會，秀哥明明死了？”不料，傷疤赤井就馬上用電擊棒把她給電暈了。就在這時候，柯南開始進行推理秀，指出了安東先生就是兇手，就在另個地方，有希子正在誘惑傷疤赤井，而這個傷疤赤井原來就是貝爾摩德所喬裝的.，另一方面，沖矢昴將世良放在一個車廂的沙發上，世良嘴裡還叫了幾聲：“秀哥。”沖矢昴看後臉上便露出了微笑。
704 漆黑的特快列車（終點）
對應漫畫：Vol.78 File.6《神秘列車（冒煙）》~File.7《神秘列車（終點）》
播映時間：2013年8月3日
簡介：柯南成功破案後，黑衣組織的人立刻放出煙霧來，想要引誘雪莉出來，並把她給殺掉。一團團的煙霧四處飄遊著，大家都以為是發生了火災，立刻全都迅速的跑去前面的車廂里避難。接著，雪莉跑到死者室橋先生車廂外面的走道後，而這時，安室透也出現在她的面前並對她說出了自己的代號：波本（Bourbon）。另一方面，柯南給有希子打來了電話，詢問灰原的去處，並讓她好好執行作戰計畫，但是接電話的竟然是貝爾摩德。接著，貝爾摩德接到了同伴在八號車廂前發現雪莉的訊息。此時，波本也對灰原說自己曾經見過她的家人，在組織里，他和諸星大是競爭對手，相看兩厭，他也不相信秀一已經被黑衣組織的人給幹掉，相信只有自己才能幹掉他。之前，他也假扮成秀一在他的相關人員面前徘徊，試探秀一是不是真的已經死了。他也確定秀一的確是死掉了。接著，波本舉著槍威脅雪莉，最後再放出炸彈來準備迷昏雪莉，將她活捉。不一會兒，灰原就逃進了車廂里，把門給關上。就在這時候，無傷疤的秀一從後面的車廂里走了出來，放出了一個手榴彈。接著，秀一逃走後，波本所在的這個車廂，立刻爆炸，接著，列車斷為兩段。剛開始，貝爾摩德和波本以為雪莉是被炸彈給炸死了。忽然，
歌曲
片頭曲（OP 36）：《Q&A》（問與答）演唱：B'z
作詞：稻葉浩志
作曲：松本孝弘
片尾曲（ED44）：《瞳のメロディ》（眼睛的鏇律）
演唱：BOYFRIEND
作詞：山口教仁，辻本健司+DN
作曲：花澤耕太
編曲：岩倉さとし
