能專一性地識別並水解雙鏈DNA上的特異核苷酸順序,稱為限制性核酸內切酶,簡稱限制酶)。當外源DNA侵入細菌後,限制性內切酶可將其水解切成片段,從而限制了外源DNA在細菌細胞內的表達,而細菌本身的DNA由於在該特異核苷酸順序處被甲基化酶修飾,不被水解,從而得到保護。限制性核酸內切酶可被分成三種類型。
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