核糖體間隔基因分析

核糖體間隔基因分析(Ribosomal intergenic spacer analysis , RISA)技術由Bornemam和Triplett[11]首先使用於對土壤中微生物多樣性的研究。此技術套用到rRNA操縱子中16S和23S之間的基因的PCR擴增。16S-23SrRNA基因間隔區（Intergenic Spacer Region, ISR)因其具有相當好的保守性和可變性而備受關注,可套用於種以下水平的分類鑑定,對16S-23SrRNA基因的ISR進行擴增所用的引物往往是根據16SrRNA和23SrRNA基因兩側高度保守的區域進行設計的。RISA技術可以揭示片段長度的不同。長度不同的擴增產物可以通過聚丙烯醯胺凝膠電泳分離然後銀染顯象。此技術可以準確評估指紋結構群體，每一條帶至少代表一個物種。Fisher和Triplett[12]發展了RISA技術使其達到自動化，此技術被稱為自動核糖體間隔基因分析（Automated ribosomal intergenic spacer analysis，ARISA) ,它可以更快更高效的評估生物群體的多樣性。16S-23S之間區域的PCR擴增用的是螢光標記的快速引物，此引物可使自動毛細管電泳的進度得到直觀檢測。ARISA中可以分辨的螢光峰的總數代表被分析樣品中物種的總體數目，片段的大小也可以與基因庫中的數據進行比較，以得到更多生物信息。