早期歷史
舊石器時代
關於日本列島上被確認過的人類歷史，大約可追溯到10萬年乃至3萬年前。約3萬4千年前，從華北地區傳來被稱呼為小刀型石器的石器，在列島全區被廣泛的使用，但在約2萬年前由西伯利亞過來新的稱呼為細石刀片的石器主要在東日本傳開。一段時間裡，東日本細石刀片文化與西日本的小刀型石器文化並存，不久細石刀片也在西日本傳開，約1萬5千年前左右，小刀型石器的蹤影急速消失。約1萬2千年前左右，因末次冰期結束而開始急劇溫暖化，使得人們的文化與生活產生極大變化，除了琉球群島以外，全島進入下個繩文時代。
繩文式陶器繩文時代
約1萬2千年前左右開始被稱為繩文時代。分為草創期、早期、前期、中期、後期、晩期這6期。這個時候的人們製作繩文式陶器、早期以後邁向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竪穴式住居）。使用弓箭狩獵、貝冢漁撈、採集植物等經營生活，使用打制石器、磨製石器、骨角器等等。也進行栽培，後期到晩期間種植稻。彌生時代
公元前8世紀左右至3世紀前後的期間被稱為彌生時代。時代劃分的名稱，是由這個時期被視為代表特徵性的彌生式陶器而來。以種植稻米為中心成立的農耕社會，由北部九州至日本列島各地快速蔓延開。
彌生式陶器當時的日本列島被中國稱呼為倭、倭國。參見：倭奴國王印 邪馬台國
古墳時代
（公元300年至公元600年）
大仙陵古墳（前方後圓墳）
馬埴輪但大量小古墳群的出現，逐漸減弱了古墳作為統治者的建築物的性質。因此，從6世紀末到7世紀初，倭王權在畿內盡力建造寺院，同時限制修築小古墳群，大王和強大的豪族則葬於模仿中國皇帝陵墓而建的大型方墳。這樣，古墳時代臨近結束，而所謂大化《薄葬令》更進一步助長了這種傾向，留下來的只不過是高松冢古墳等貴族階層的古墳，墳丘小但很華麗。關東和東北地方古墳時代結束的比西日本晚，直到七世紀前半葉仍修造前方後圓墳。
參見：埴輪 倭王權 七支刀 倭五王
3世紀左右，在奈良縣一帶興起了大和國，並且逐漸征服了日本的大部分地區，首領稱為“大王”，後來改稱天皇。
封建時期
飛鳥時代
（公元600年至公元710年）
法隆寺五重塔592年，和蘇我氏有姻親關係的皇族女性豐御食炊屋姬即位為推古天皇。她提名聖德太子（馬廄門王子）為攝政進行了以加強皇權為核心的政治改革。聖德太子制定了十二階冠位和十七條憲法，奠定了中國式的官僚制度的基礎；同時還派遣使節和留學生到隋朝學習。為了維持自己的專權，蘇我氏極力反對改革，蘇我入鹿還殺害了聖德太子的兒子山背兄皇子，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣鐮足（藤原鐮足）合謀刺殺蘇我入鹿，結束了蘇我氏的專權。同年，孝德天皇即位，頒布大化改新詔，推行大化革新。
660年，唐滅百濟，為了復興自己的朝貢國百濟，日本出兵朝鮮，被唐朝和新羅聯軍在白村江擊敗。668年，天智天皇即位，模仿唐朝建立戶籍管理制度，並於670年製作了最早的全國性戶籍。672年，天智天皇駕崩，兒子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子與其爭位，爆發戰爭，史稱壬申之亂。大海人皇子在岐阜縣擊敗弘文天皇，即位天武天皇。天武天皇時期，日本出現了歷史上最早的錢幣“富本錢”。701年（大寶一年），頒布大寶律令。710年，元明天皇遷都平城京，飛鳥時代結束。
奈良時代
（公元710年至公元794年）
東大寺大佛平安時代
（公元794年至公元1185年）
以平安京（京都）為都城的歷史時代，始於794年（延曆十三年）桓武天皇遷都平安京，終於1185年（文治元年）鎌倉幕府成立，歷經400年。分為三個時期。前期（794-967年）為律令制鬆懈但繼續運用時期。中期（968-1068年）為攝關政治確立與全盛時期。後期（1069-1190）為院政與平氏政權時期。
平安時期
鎌倉時代
（公元1185年至公元1333年）
蒙古來襲繪詞源賴朝在打敗平氏以後，在後白河天皇(時為法皇)的挑撥下,與他的弟弟源義經交惡，後來義經轉投奧州藤原氏，賴朝迫奧州藤原氏殺死義經，但義經死後兩月，奧州藤原氏被鎌倉幕府所滅。
源賴朝死後，幕府的政權開始被他的妻子北條政子與外父北條時政掌握，北條政子又稱為尼姑將軍。北條氏借執權一職架空將軍的權力，甚至在第三代將軍死去以後，從京都迎接貴族藤原氏甚至皇子出任將軍。此後，幕府的政權被北條氏所世襲的執權所領導。
後期，幕府的統治日漸衰敗，無法維持，終於後醍醐天皇舉兵，然後被討伐大將、上野大族足利尊氏的倒戈而滅亡。
南北朝時代
（公元1334年至公元1392年）
後醍醐天皇消滅了鎌倉幕府後，就進行了第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於，新政未能滿足武士的要求，而且只重用京都的公卿貴族，故引來武士的不滿。其中，倒幕大將足利尊氏更為不滿，他雖然被賜給天皇名字中的尊字，但他想開幕府，結果足利尊氏迫後醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他為征夷大將軍，是為北朝。
而後醍醐天皇退位後，持著天皇象徵的三神器退往大和（今奈良縣）的吉野，是為南朝，至此南北朝終於形成，史書還稱為“一天二帝南北京”
經過多次攻防後，南朝的勢力衰退，終於南朝的天皇把三神器交給北朝的天皇，結束了南北朝時代。
室町時代
（公元1392年至公元1573年）
足利氏原是上野豪族，而且更是鎌倉幕府將軍源賴朝同族，足利尊氏在京都的室町開設幕府，是為室町幕府。
南北朝的統一是第三代將軍足利義滿進行的，他統一了以後，曾企圖篡奪皇位。但在他死後，第四代將軍足利義持阻止了此事。
由於當初足利氏為了對付南朝，必須於京都開設幕府，而在鎌倉設公方府，引來了關東大亂。
在第八代將軍足利義政在位的時候，因繼承權問題爆發了應仁之亂，自此幕府的權威日下。原本受幕府策封於各地的守護大名，有的漸漸被守護代(副官)、家臣、國人篡奪政權，有的可以保持政權至戰國時代。從應仁之亂開始，至足利幕府滅亡，人稱戰國時代。
在京都中，幕府的權威日漸衰落，被管領細川家所干涉、擁立。第十三代將軍足利義輝被殺，他的弟弟足利義昭被織田信長擁立，後因與信長作對而被流放，幕府滅亡，正式進入安土桃山時代。
戰國時代
詳情請參見日本戰國時代。
15世紀後期至16世紀後期間的時期稱為戰國時代。
安土桃山時代
（公元1573年至公元1603年）
織田信長此時，織田氏部將羽柴秀吉在山崎之戰中討滅明智光秀，並在後來的家族會議中取得優勢，而於隔年的賤岳之戰打敗另一重臣柴田勝家，成功整合織田氏的版圖。
1584年，羽柴秀吉與東海地方大名德川家康爆發會戰，雙方經過一番對峙後進行和解並結為同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此為根據地，開始進行統一全國的計畫。經歷四次的大規模討伐後，1590年，接受天皇賜姓豐臣的秀吉完成全國大致上的統一，使日本進入百年來首見的和平時期，全國的實際政治中心也轉移到大坂城的豐臣氏手上。
此後，豐臣秀吉鼓勵商業以廣開財源外，持續推動全國檢地與刀狩令的工作，並以各種手段削弱主要大名的封地。1592年起，他發動兩次侵略朝鮮的戰爭，史上合稱文祿·慶長之役（即萬曆韓戰，韓稱壬辰衛國戰爭）。這場戰爭導致西日本諸大名實力大損外，也造成豐臣氏財力上嚴重的負擔，並促使家臣嚴重分裂。
豐臣秀吉江戶時代
1603年（慶長8年）至1867年（慶應3年）間被稱為江戶時代，於江戶設定了江戶幕府。
豐臣秀吉死後，德川家康在關原之戰（関ヶ原の戦い）中獲得勝利並被委任為征夷大將軍，於大坂之戰中滅了豐臣氏。幕府藉由禁中並公家諸法度（禁中並公家諸法度）與武家諸法度駕馭朝廷和大名，各大名因參勤交替制度（參勤交代）被要求定期往返江戶與其領國。幕府禁止基督徒（キリシタン、cristão），經歷島原之亂並完成鎖國政策，只進行少部份在長崎出島與荷蘭和清朝的交易。和李氏朝鮮則透過朝鮮通信使維持關係。
德川家康江戶時代中葉，幕府財政陷入困境，德川吉宗實行享保改革（享保の改革）暫時恢復了財政，卻又再度惡化，在這之後的寛政改革（寛政の改革）、天保改革等企圖改善，但卻未解決根本。伴隨著貨商經濟的發展，化政文化（化政文化）等的町人文化（町人文化）盛行的另一邊，以往以米的年貢（年貢）為基本收入的大名與旗本轉為貧窮化。大名實行藩政改革（藩政改革），長州藩與薩摩藩在靠此改革成功後被稱呼為雄藩（雄藩）。
到了末期時稱為幕末，被歐美各國逼迫開國，經由佩里來航而簽下了日美神奈川條約（日米和親條約）等不平等條約使得鎖國崩裂。隨著開國尊皇攘夷的思想強烈，成為半內亂狀態後幕府的權威弱化，終於最後德川慶喜實行大政奉還而將政權歸還給朝廷。
近代時期
明治時代
明治年間（1868年-1912年）稱為明治時代。
明治天皇文化上，日本從歐美傳入了新的學問，藝術；帶有未曾在日本出現過的個人主義小說，文學閞始出現，與江戶時代以前不同的文化展開了。宗教上，改變了以往神佛合流的現象（神佛分離），出現了打壓佛教（廢佛毀釋）等等的運動。
大正時代
大正年間（1912年-1926年）稱為大正時代。
明治天皇於1912年駕崩，子嘉仁繼位，改元大正，是為大正時代。大正元年，因為陸軍倒閣而引起了第一次護憲運動(大正民主運動（大正デモクラシー），開始出現政黨政治。
大正時代前期，發生了第一次世界大戰，時為自明治維新以來日本國力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁攝政，數年後發生關東大地震，以及在國際會議中節節敗退，使日本日漸艱難。
權貴與政黨不斷抗爭，發生了第二次護憲運動，實行了全民普選（1925年）。亦由唯一的元老西園寺公望推薦首相，提倡“憲政之常道”。
昭和時代前期
前期（公元1926年至公元1945年）
在長崎投下核子彈產生的蘑菇雲1945年8月9日第一次世界大戰時期，日本經濟景氣；但戰後隨著經濟大衰退後，社會不安加劇。為了消除這種不安，日本開展了滿州的殖民地化。可是，引起中國，美國的反響，抗日戰爭，進而第二次世界大戰展開了。
昭和時代中期
亦稱日本經濟復活期（公元1945年至公元1972年）日本投降詔書發出的同時，昭和天皇所信任的鈴木貫太郎內閣總辭，授意與皇族東久邇宮稔彥王組閣，東久彌宮是皇后久彌宮良子的伯父。東久彌宮內閣，是日本歷史上唯一的皇族內閣。天皇大命降下，那就是為了穩定變局。當時，東久邇宮內閣中，有前首相近衛文麿任國務大臣、重光葵任外務大臣。後來重光葵因故辭職，由前奉天總領事，元老牧野伸顯的女婿吉田茂繼任。此時，盟軍送來一位太上皇，那就是道格拉斯·麥克阿瑟，盟軍總司令部要求罷免禁制不利皇室言論的內務大臣山崎巖，東久彌宮內閣於是總辭。成為日本史上最短命的內閣，壽命五十四日。
東久彌宮內閣倒台後，昭和天皇任命親美英派的幣原喜重郎組閣，昭和二十年（1945）十月九日，幣原內閣成立。幣原令人熟悉的就是二十年代的幣原外交。
戰後的政黨如雨後春筍一樣大量成立，包括日本自由黨（總裁鳩山一郎）、日本社會黨（片山哲書記長）、日本進步黨（總裁町田忠治）、日本協同黨（委員長山本實彥）、日本共產黨（書記長德田球一）也恢復活動。翌年一月，盟軍總部公布公職追放令，所謂公職追放令，就是要禁止戰犯出任公職。
戰後，第一次總選舉在昭和二十一年（1946）四月十日舉行，自由黨得到141席、進歩黨得到94席、社會黨得到93席、協同黨得到14席、共產黨得5席、其餘諸派38席、無黨籍81席。自由黨成為第一黨，鳩山一郎正準備組閣之際，總部的公職追放令也燒到他身上，使他失去組閣的權力，於是他把自由黨以及總理職位暫交給外務大臣吉田茂。
結果，吉田茂成為舊憲法下，最後一個被天皇大命降下而任命的總理大臣。他邀請前首相幣原入閣，與進步黨聯合組閣。戰後在盟軍的占領下，根據日本國憲法，天皇成為國家的象徵，國民主權與和平主義也在憲法中得到確立。日本國憲法下第一次國會大選，吉田的政黨大敗，以日本社會黨為首的在野政黨勝出，組成以日本社會黨及民主黨為首的聯合內閣，社會黨的片山哲、民主黨的蘆田均相繼出任首相，可惜當時社會黨內部左右派嚴重對立，而且又爆發昭電疑獄事件，這一個“中道政權”就這樣倒台了。吉田茂再次重登相位，連續四次組閣，合共第一次組閣為日本史上唯一的。舊金山和約簽定後，日本恢復了國家主權。
鳩山一郎復出後，與吉田茂對立，最後吉田茂在內外交困下，不得不下台，鳩山一郎以上台後立即解散國會為條件與在野黨妥協組閣，大選以後再次組閣，時已經分裂了的左右社會黨合併，再次結成日本社會黨。鳩山一郎再次結合他的民主黨及自由黨，結成自由民主黨，時稱為保守契約。1955年的選舉，自由民主黨得到過半議席，日本社會黨成為最大在野黨，這一個政治生態一直持續到1993年，稱為“五五年體制”。
鳩山一郎在促成日蘇建交後退下來，由石橋湛山繼任，誰知石橋組閣不久，身體出現重大問題，又不得不辭職，最後由曾被指為戰犯的外務大臣岸信介繼任。岸信介的目的，其實是為了要修改日美安保條約，為此，革新與保守兩大勢力進行最終對決，爆發日本現代史上最大規模的社會運動“安保鬥爭”。其後，日美安保條約修訂自然生效後，岸信介退任，由吉田茂的得意弟子，通產大臣池田勇人繼任。
池田上場後，面對岸信介所留下的社會對立局面，他提出“寬容與忍耐”口號。經濟高速增長（尤其在1960年代池田內閣時期，所得倍增計畫得到實現），還被稱為經濟大國。池田連續三次組閣，甚至與同屬吉田茂門下的佐藤榮作在自民黨總裁選舉中競爭，最後因患上喉癌不得不辭職。佐藤榮作繼任。佐藤組閣後，把沖澠縣回歸日本，並在池田打下的基礎上繼續發展，日本的經濟進一步上揚。
昭和時代後期
（公元1972年至公元1989年）
佐藤榮作連續四次當選自民黨總裁，並連續三次組閣，任期也超過了恩師吉田茂及明治時代的桂太郎。他宣布引退後，自民黨有五人參選黨總裁，分別是佐藤派的田中角榮、大平派的大平正芳、福田派的福田赳夫、三木派的三木武夫，四人參與總裁選舉。結果只有田中與福田二人出線，世稱為角福戰爭，田中角榮成功拉攏大平、三木以及中曾根（康弘）結果以擊敗福田當選總裁組閣。
田中角榮最重要政績，也是日本與中華人民共和國建交、日本列島改造計畫。同時田中被指責的是金權政治。自此自民黨走入一連串的弊案之中。昭和四十九年(1974)十月，文藝春秋刊出“田中角榮研究他的金脈及人脈問題”，引來黨內及國會的追究。田中在同年十一月宣布辭職。
自民黨副總裁椎名悅三郎召見大平正芳、福田赳夫、三木武夫、中曾根康弘。指定由三木武夫繼任總裁，世稱椎名裁定。三木武夫組閣後，美國白水門案所引發的餘波，揭發了洛瓦希德事件。田中涉及貪污醜聞。三木武夫企圖拿此事向田中角榮開刀。結果引來黨內大派系組成舉黨協，推舉福田赳夫為繼任總裁，結果在眾議院選舉中，自民黨大敗，三木辭職，由福田赳夫繼任。
福田赳夫原本與大平正芳有密約，福田把黨務交給大平，許諾只做一任，會讓給大平。但福田背約競選連任黨總裁，大平參選。結果在初選中壓倒性擊敗福田，福田宣布退選。大平組閣。
翌年眾議院選舉，自民黨由於一連串的醜聞落敗。福田、三木、中曾根三派要求大平辭職，大平得到田中派支持而拒絕，引發四十日抗爭。昭和五十四年(1979)十一月，自民黨創黨以來，首次在國會首相指名選舉中，自民黨黨總裁與黨員同時參與選舉，結果大平在田中派以及小黨新自由俱樂部支持下，在決選投票中擊敗福田赳夫組閣。
昭和五十五年(1980)，日本社會黨、公明黨、民社黨提出內閣不信任動議，非主流派組成黨風刷新聯盟。要求整頓綱紀。但領導層的回覆不完整，結果非主流派態度強硬，結果在非主流的支持及缺席下，不信任動議以243對187通過，大平被迫解散國會，在選舉中大平突然死去，由於大平之死，自民黨大勝。最後由鈴木善幸作為過渡人物組閣。
兩年後，鈴木善幸不連任，結果中曾根康弘當選黨總裁組閣，中曾根帶領自民黨再次走向高峰，總裁任期也曾被延長一年，直指1987年宣布辭職，指定竹下派的竹下登繼承總裁及組閣。
平成時代
（公元1989年至今）
昭和天皇於昭和64年（1989年）1月7日駕崩，子明仁繼位，駕崩隔日起（1月8日）改元平成，稱為平成時代（1989年─）。
自民黨受到瑞克魯特弊案所影響，竹下登內閣受到嚴重衝擊。竹下登被迫辭職。由外相宇野宗佑繼任。但由於宇野宗佑上任後被爆出與藝姬桃色醜聞，加上民眾不滿瑞克魯特弊案及自民黨政府施行消費稅，三大問題嚴重衝擊，結果在當年七月參議院選舉大敗。自民黨當選席次創歷史性新低。結果宇野內閣倒台。由海部俊樹繼任。
1991年末，海部俊樹放棄連任，由宮澤喜一繼任首相。翌年末，自民黨竹下派的會長金丸信因案辭去竹下派會長之職，為了繼任人的人選而分裂成為小淵派及羽田派。
1993年，由於自民黨未能實現政治改革，羽田派在不信任案中造反引致大選。在羽田派、武村正義等人離黨競選下，自民黨失去了國會過半的席位。以羽田派的核心人物小澤一郎的奔走下，成功拉攏日本新黨的細川護熙。組成非自民非共產黨的細川護熙八黨聯合內閣。五五年體制宣告瓦解，宮澤喜一辭去自民黨總裁，由河野洋平接任。
翌年，以細川護熙下台。由新進黨黨魁羽田孜繼任首相，但社會黨脫離執政聯盟。不到兩月，羽田內閣因為不信任動議下台。儘管小澤一郎拉攏自民黨的前首相海部俊樹，但自民黨執行部擁立社會黨委員長村山富市組閣。在五五年體制之下對立的兩大政黨，於這個時候聯手一致奪取政權。
1996年，村山富市下台，由自民黨新總裁橋本龍太郎繼任。社會黨改名為社民黨，改為於閣外合作。兩年後，橋本內閣因為參議院選舉大敗而倒台，由小淵惠三繼任。小淵惠三拉攏以前同一派系的小澤一郎(此時小澤已經建立自由黨)與新公明黨合作。
2000年，自由黨脫離執政聯盟，同時分裂出保守黨繼續留在執政聯盟。小淵惠三中風入院未幾死去，由幹事長森喜郎在黨內高層協定下繼任。森喜郎任內形象低落，時常失言。宣布不再連任，小泉純一郎與橋本龍太郎爭奪自民黨總裁，結果小泉勝出，開始了五年多的小泉時代。
2003年，小澤一郎的自由黨與民主黨合併，在眾議院選舉中，自民黨奪得過半，而合併後的民主黨在選舉大有斬獲。翌年的參議院選舉中，民主黨更越過自民黨成為第一黨。顯示小泉的改革受到挑戰。但2005年小泉的郵政改革案未被參議院通過後，解散眾議院。成功把所有反對者打成反改革，自民黨加上公明黨奪得議會三分之二席次，穩奪國會的控制權(儘管參議院否決法案，但眾議院三分之二再通過即為國會之決議)。
2006年，小泉表示不再連任，由官房長官安倍晉三當選新首相。安倍雖一反小泉反華的政策，但由於多位農林水產大臣身陷弊案，引致自民黨在2007年參議院選舉中受到空前慘敗，當選數與1989年的參議院選舉一樣，更被在野民主黨控制參議院。儘管內閣及黨領導層改組，但狀況百出，結果不得不下台。
福田赳夫之子、前內閣官房長官福田康夫當選自民黨總裁，以老成持重舉黨一致執政，但執政一年，內閣仍無法提振民意支持度，來屆眾議院選舉只餘下一年不到，宣告倒台，由四次參選黨總裁選舉、曾在安倍及福田時代出任幹事長的麻生太郎以在國民的人氣得到黨內支持而當選組閣。
到了平成時代，經濟泡沫爆破，陷入低迷。長期的不景氣下，失業率增加，貧富懸殊加劇，這個90年代被稱為“失去了的十年”（失われた10年）。在這段時期，中國、韓國等鄰近國家經濟急速增長，日本經濟實力相對地下降。
其後，雖然推出了正式的改革，但在改革下未能受惠的以低收入階層卻存在著不滿。有人說，這些不滿轉而至海外，就像昭和初期所出現的民族主義再次活躍起來。
歷史分期
先土器時代
舊石器時代
古代
繩文時代【約中國先秦】
彌生時代（紀元前3世紀-3世紀）【約兩漢】
古墳時代（3世紀後半、4世紀初-7世紀前半、8世紀初）【約魏晉南北朝】
飛鳥時代（6世紀終末-710年）【約隋、唐前期】
奈良時代（710年-794年）【唐代】
平安時代（794年-1184年）【唐、五代、宋】
中世
鎌倉時代（1192年-1334年）【宋、元】
南北朝時代（1334年-1392年）【元、明，註：日本歷史上的南北朝只是宮廷政變後，原來的天皇又跑到京都旁邊不遠的地方另立了朝廷，時間很短】
室町時代（1392年-1573年)（戦國時代）【明，註：其間日本的征夷大將軍被明朝冊封為“日本國王”】
近世
安土桃山時代（1573年-1598年）【明，即所謂“織豐時代”，織田信長和豐臣秀吉時期】
江戶時代（1603年-1868年）【明末、清】
近代-現代
明治（1868年-1911年）【同治朝、光緒朝、宣統朝】
大正（1911年-1926年）【北洋軍閥時期】
昭和（1926年-1989年）【國民政府、中華人民共和國】
平成（1989年-）【第三代領導人至今】
朝代觀
日本本身沒有朝代的概念，因為無論是哪個將軍當政，都是和天皇並存的。將軍雖然並不理會天皇的意思，但是都承認自己是由天皇冊封的。所以日本歷史上只有時代。但是每個時代都可以認為是換了一個統治集團。到明治以前的天皇並沒有形成自己的政權，也稱不上是什麼朝代。
研究
考古學家認為，早在十萬年前，日本還與亞洲大陸相連時群島上已有居住，歷史上稱為舊石器時代。當時的人以狩獵拾荒為生，到了大約一萬年前的新石器時代，人們開始製造較精細的石器和陶器，人們開始學用弓箭狩獵煮食物和儲藏食物。
公元前八世紀至三世紀史稱“繩紋時代”，人們已開始在陶器上製作繩狀花紋。
公元前三世紀左右，農業和製造金屬器具的方法從亞洲大陸傳入、鐵器的傳入使農業得到了發展，人們開始製造武器，並在宗教儀式中使用銅鏡和銅劍。由於分工的關係，社會出現了分化統治者和被統治者開始出現，部落和國家也隨之而產生。
公元前三世紀至公元三世紀史稱"彌生時代，轆轤窯窯等先進制陶工具及技術相繼傳入日本。到了四世紀，邪馬台國勢力強盛，統一了各國。
四世紀到六世紀，中國文化經由朝鮮傳入，儒家和佛家思想也傳到日本。日本和朝鮮建立了關係，從朝鮮引進中國漢朝發明的紡織、金工、鞣革、造船等技術。日本又從中國引入表意文字，學習中國的醫術、天文曆法和儒家思想。並模仿中國建立政制。
八世紀初，日本在奈良建立了第一個首都，開始了奈良時代。皇族成員在奈良居住了七十多年，勢力愈益強大，逐漸向全國伸展。
平安時代從公元794年開始。日本皇朝以當時的中國首都為藍本，在京都建立新都，稱為"平安京"。平安京作為首都幾乎延續了近一千年。前期日本大量吸收了中國文化，這是個吸收和同化的過程，外來的東西漸漸染上了日本的色彩。日本的文字"假名"就是在這一時期形成的。"假名"分"片假名"和"平假名"，是以漢字為基礎，取漢字的邊傍部首和部分草書而製成，建立了一套獨特的文字系統。
1192年，源賴朝在鎌倉(今東京附近)成立幕府，鎌倉幕府厲行新政，鼓勵幕府中人習武，加強紀律。鎌倉時代，武士道盛極一時。
1213年，北條氏從源氏手中奪得了政權。北條氏是源賴朝妻子的家族，攝政期間出掌幕府。
1333至1338年，尊氏在京都的室町成立新幕府，史稱室町時代。室町武士執政歷時二百多年。由於期間厲行武士道的嚴謹紀律，以致藝術及宗教活動都深受影響。時至今日，日本的藝術仍然十分拘謹，線條簡單。
十六世紀末，日本飽受內戰蹂躪，群雄並起，割據稱霸。1590年，大將軍豐臣秀吉統一天下。1592及1597年豐臣氏兩度出兵伐朝鮮，但遭到朝中兩國的反抗，終告失敗。
1598年豐臣秀吉病沒伏見城，將軍德川家康在關原一戰全殲對立派。1603年，德川氏在江戶建立幕府，歷史進入了江戶時代，江戶時代延續了二百六十四年。
德川家康完成了統一後，1853年，美國海軍準將培里率領四艘船開入東京灣，次年再度叩關，說服日本與美國簽訂了和約。同年，日本又與俄、英、荷先後訂立條約，恢復對外關係。四年後，又訂立了通商條約。不久又與法國締結了類似條約。德川幕府在1867年崩潰。
1868年開始明治維新，天皇再次重獲政權。明治時代從1868年到1912年，是日本歷史上輝煌顯赫的時代。
明治初年，天皇由京都遷都江戶，改稱東京，明治政府提了"富國強"、"殖產興業"、"文明開化"三大政策，以西方先進資本主為榜樣，發展先進科學技術。不到半個世紀，日本就走完了西方主要資本主義國家用了二百年時間才完成的近代化過程。不過，明治改革的成功反而刺激了日本的向外擴張野心，終於使日本走上了窮兵黷武的道路。兩次大戰，日本政府給全世界和日本人民造成了極大災難。
1985年，日本已成為世界最大債權國，1986年底海外淨資產一千八百零四億美元。1993年日本海外資產上升到六千八百五十億，估計到2000年可上升到一萬億以上。日本成了世界最大的供應國，東京國際金融市場的作用正在擴大，日本正在朝金融大國化方向發展。
朝代表
相關記載
鄭梁生著，國立編譯館主編，《日本通史》，台北：明文書局，1993年鄭梁生編著，《日本史》，台北：三民，2003年
趙建民、劉予葦主編，《日本通史》，台北：五南，1991年
許介鱗著，《日本現代史》，台北：三民，1991年
楊永良著，《日本文化史－日本文化的光與影》，台北：語橋文化，1999年
史料
六國史：日本書紀、續日本紀、日本後紀、續日本後紀、日本文德天皇實錄、日本三代實錄古史書：古事記、先代舊事本紀
史略：日本國史略、國史略
紀傳體：大日本史
狀疏：古語拾遺
地誌：風土記
私史：藤原家傳、聖得太子傳歷
戰記：將門記、陸奧話記
