1975年，Shapiro等提出了生物操縱(biomanipulation)的概念[8]，即通過對水生生物群及其棲息地的一系列調節，以增強其中的某些相互作用，促使浮游植物生物量下降。由於人們普遍注重位於較高營養級的魚類對水生生態系統結構與功能的影響，生物操縱的對象主要集中於魚類，特別是浮游生物食性的魚類，即通過去除食浮游生物者或添加食魚動物降低浮游生物食性魚的數量，使浮遊動物的生物量增加和體型增大，從而提高浮遊動物對浮游植物的攝食效率，降低浮游植物的數量。
經典的生物操縱法及其套用
經典的生物操作法，就是通過改變捕食者(魚類)的種類組成或多度來操縱植食性的浮遊動物群落的結構，促進濾食效率高的植食性大型浮遊動物，特別是枝角類種群的發展，進而降低藻類生物量，可提高水的透明度，改善水質[12-15]。具體方法為：（1）投放魚食性魚類間接控藻，通常是通過放養食魚性魚類來控制浮遊動物食性魚類，通過改變浮遊動物食性魚類的種類組成來操縱藻食性的浮遊動物群落的結構，藉此發展壯大濾食效率高的藻食性大型浮遊動物(特別是枝角類)的種群，通過浮遊動物種群的壯大來遏制浮游植物的發展，從而降低藻類生物量，提高水的透明度，最後達到改善水質的目的。另外底層魚類的活動有促進底泥中氮，磷向水體釋放的作用，因此對其也應限制。（2）人工去除浮遊動物食性魚類以間接控藻。這種類型的生物操縱技術是先用網具捕撈、化學方法(如魚藤酮毒殺)去除、電捕、放乾水體清除等方法將水體中的魚類全部去除掉，然後再重新投放以魚食性為主的魚類。以此來促進大型浮遊動物和底棲無脊椎動物(可攝食底棲、附生和浮游藻類)的發展，從而降低水體藻類的生物量。這種生物操縱的結果是重構了水體生態系統和生物組成，使之朝著人們所期望的生態系統自淨功能強化的方向發展。經典的生物操縱方法主要運用於小型的、封閉的、且浮游植物群落不是由水華藍藻而是由綠球藻、小型硅藻和包括隱藻在內的鞭毛藻等組成的淺水水體。在捷克的Rimov水庫中，研究者通過控制鯉科魚類的成功產卵，提高食魚性魚類的數量來去除浮游生物食性魚類，從而使得浮遊動物的數量增多，體型增大，控制藻類的過度生長[18]；在丹麥，對233個湖泊進行圍隔試驗，研究發現經典的生物操縱在淺水中比在深水中更有效[19]。
